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万見
- EMDB-7018: Human apo-TRPML3 channel at pH 7.4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7018
タイトルHuman apo-TRPML3 channel at pH 7.4
マップデータ
試料
  • 複合体: human TRPML3 apo channel at pH 7.4
    • タンパク質・ペプチド: Mucolipin-3
キーワードion channel / TRP channel / lysosomal / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


NAADP-sensitive calcium-release channel activity / inner ear auditory receptor cell differentiation / monoatomic anion channel activity / TRP channels / sodium channel activity / autophagosome membrane / potassium channel activity / locomotory behavior / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity ...NAADP-sensitive calcium-release channel activity / inner ear auditory receptor cell differentiation / monoatomic anion channel activity / TRP channels / sodium channel activity / autophagosome membrane / potassium channel activity / locomotory behavior / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / late endosome membrane / early endosome membrane / lysosomal membrane / lipid binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Mucolipin / : / Mucolipin, extracytosolic domain / Polycystin cation channel, PKD1/PKD2 / Polycystin cation channel
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.06 Å
データ登録者Zhou X / Li M
資金援助 中国, 米国, 9件
OrganizationGrant number国
National Basic Research Program of China (973 Program)2014CB910301 中国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM085234 米国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31370821 中国
Top Talents Program of Yunnan Province2011HA012 中国
High-level Overseas Talents of Yunnan Province 中国
China Youth 1000-Talent Program of the State Council of China 中国
Beijing Advanced Innovation Center for Structural Biology 中国
Tsinghua-Peking Joint Center for Life Sciences 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31570730 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2017
タイトル: Cryo-EM structures of the human endolysosomal TRPML3 channel in three distinct states.
著者: Xiaoyuan Zhou / Minghui Li / Deyuan Su / Qi Jia / Huan Li / Xueming Li / Jian Yang /
要旨: TRPML3 channels are mainly localized to endolysosomes and play a critical role in the endocytic pathway. Their dysfunction causes deafness and pigmentation defects in mice. TRPML3 activity is ...TRPML3 channels are mainly localized to endolysosomes and play a critical role in the endocytic pathway. Their dysfunction causes deafness and pigmentation defects in mice. TRPML3 activity is inhibited by low endolysosomal pH. Here we present cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of human TRPML3 in the closed, agonist-activated, and low-pH-inhibited states, with resolutions of 4.06, 3.62, and 4.65 Å, respectively. The agonist ML-SA1 lodges between S5 and S6 and opens an S6 gate. A polycystin-mucolipin domain (PMD) forms a luminal cap. S1 extends into this cap, forming a 'gating rod' that connects directly to a luminal pore loop, which undergoes dramatic conformational changes in response to low pH. S2 extends intracellularly and interacts with several intracellular regions to form a 'gating knob'. These unique structural features, combined with the results of electrophysiological studies, indicate a new mechanism by which luminal pH and other physiological modulators such as PIP regulate TRPML3 by changing S1 and S2 conformations.
履歴
登録2017年9月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年11月1日-
マップ公開2017年11月8日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6aye
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7018.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7018.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 160 pix.
= 211.2 Å		1.32 Å/pix.
x 160 pix.
= 211.2 Å		1.32 Å/pix.
x 160 pix.
= 211.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-0.45451486 - 0.5796037
平均 (標準偏差)0.0019367598 (±0.023540122)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 211.20001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.321.321.32
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z211.200211.200211.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.4550.5800.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human TRPML3 apo channel at pH 7.4

全体名称: human TRPML3 apo channel at pH 7.4
要素
  • 複合体: human TRPML3 apo channel at pH 7.4
    • タンパク質・ペプチド: Mucolipin-3

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超分子 #1: human TRPML3 apo channel at pH 7.4

超分子名称: human TRPML3 apo channel at pH 7.4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Mucolipin-3

分子名称: Mucolipin-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 64.625785 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GGGGSMADPE VVVSSCSSHE EENRCNFNQQ TSPSEELLLE DQMRRKLKFF FMNPCEKFWA RGRKPWKLAI QILKIAMVTI QLVLFGLSN QMVVAFKEEN TIAFKHLFLK GYMDRMDDTY AVYTQSDVYD QLIFAVNQYL QLYNVSVGNH AYENKGTKQS A MAICQHFY ...文字列:
GGGGSMADPE VVVSSCSSHE EENRCNFNQQ TSPSEELLLE DQMRRKLKFF FMNPCEKFWA RGRKPWKLAI QILKIAMVTI QLVLFGLSN QMVVAFKEEN TIAFKHLFLK GYMDRMDDTY AVYTQSDVYD QLIFAVNQYL QLYNVSVGNH AYENKGTKQS A MAICQHFY KRGNIYPGND TFDIDPEIET ECFFVEPDEP FHIGTPAENK LNLTLDFHRL LTVELQFKLK AINLQTVRHQ EL PDCYDFT LTITFDNKAH SGRIKISLDN DISIRECKDW HVSGSIQKNT HYMMIFDAFV ILTCLVSLIL CIRSVIRGLQ LQQ EFVNFF LLHYKKEVSV SDQMEFVNGW YIMIIISDIL TIIGSILKME IQAKSLTSYD VCSILLGTST MLVWLGVIRY LGFF AKYNL LILTLQAALP NVIRFCCCAA MIYLGYCFCG WIVLGPYHDK FRSLNMVSEC LFSLINGDDM FATFAKMQQK SYLVW LFSR IYLYSFISLF IYMILSLFIA LITDTYETIK QYQQDGFPET ELRTFISECK DLPNSGKYRL EDDPPVSLFC CCKK

UniProtKB: Mucolipin-3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.9 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClsodium chloride

詳細: The pH of the buffer was adjusted to 7.4 by NaOH.
グリッドモデル: Quantifoil holey carbon grid R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: waiting for 3 seconds before blotting for 4 seconds(double-sided, blot force 1),then the grid was immediately plunged into liquid ethane cooled by liquid-nitrogen.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7676 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7420 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-32 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 43542
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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