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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zyd | |||||||||
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タイトル | YnaI | |||||||||
要素 | Low conductance mechanosensitive channel YnaI,Low conductance mechanosensitive channel YnaI | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / YnaI small-conductance mechanosensitive channel DIBMALPs | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mechanosensitive monoatomic ion channel activity / cellular response to osmotic stress / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | |||||||||
データ登録者 | Flegler, V.J. / Rasmussen, A. / Rao, S. / Wu, N. / Zenobi, R. / Sansom, M.S.P. / Hedrich, R. / Rasmussen, T. / Boettcher, B. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020 タイトル: The MscS-like channel YnaI has a gating mechanism based on flexible pore helices. 著者: Vanessa Judith Flegler / Akiko Rasmussen / Shanlin Rao / Na Wu / Renato Zenobi / Mark S P Sansom / Rainer Hedrich / Tim Rasmussen / Bettina Böttcher / 要旨: The mechanosensitive channel of small conductance (MscS) is the prototype of an evolutionarily diversified large family that fine-tunes osmoregulation but is likely to fulfill additional functions. ...The mechanosensitive channel of small conductance (MscS) is the prototype of an evolutionarily diversified large family that fine-tunes osmoregulation but is likely to fulfill additional functions. has six osmoprotective paralogs with different numbers of transmembrane helices. These helices are important for gating and sensing in MscS but the role of the additional helices in the paralogs is not understood. The medium-sized channel YnaI was extracted and delivered in native nanodiscs in closed-like and open-like conformations using the copolymer diisobutylene/maleic acid (DIBMA) for structural studies. Here we show by electron cryomicroscopy that YnaI has an extended sensor paddle that during gating relocates relative to the pore concomitant with bending of a GGxGG motif in the pore helices. YnaI is the only one of the six paralogs that has this GGxGG motif allowing the sensor paddle to move outward. Access to the pore is through a vestibule on the cytosolic side that is fenestrated by side portals. In YnaI, these portals are obstructed by aromatic side chains but are still fully hydrated and thus support conductance. For comparison with large-sized channels, we determined the structure of YbiO, which showed larger portals and a wider pore with no GGxGG motif. Further in silico comparison of MscS, YnaI, and YbiO highlighted differences in the hydrophobicity and wettability of their pores and vestibule interiors. Thus, MscS-like channels of different sizes have a common core architecture but show different gating mechanisms and fine-tuned conductive properties. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6zyd.cif.gz | 698 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6zyd.ent.gz | 591.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6zyd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6zyd_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6zyd_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6zyd_validation.xml.gz | 70 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6zyd_validation.cif.gz | 96.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/6zyd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/6zyd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45650.605 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: ynaI, b1330, JW1323 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEB5 #2: 化合物 | ChemComp-PEE / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: YnaI in DIBMA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.278 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 75000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1400 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 81 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: EPU / カテゴリ: 画像取得 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 327161 / 対称性のタイプ: POINT |