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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zp2 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of SARS-CoV-2 Spike Protein Trimer (K986P, V987P, single Arg S1/S2 cleavage site) in Locked State | |||||||||||||||
要素 | Spike glycoprotein | |||||||||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / coronavirus / SARS-CoV-2 / Spike protein / S protein / S antigen / COVID-19 / receptor binding / membrane fusion / vaccine design | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Xiong, X. / Qu, K. / Scheres, S.H.W. / Briggs, J.A.G. | |||||||||||||||
資金援助 | 英国, European Union, ドイツ, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020 タイトル: A thermostable, closed SARS-CoV-2 spike protein trimer. 著者: Xiaoli Xiong / Kun Qu / Katarzyna A Ciazynska / Myra Hosmillo / Andrew P Carter / Soraya Ebrahimi / Zunlong Ke / Sjors H W Scheres / Laura Bergamaschi / Guinevere L Grice / Ying Zhang / / ...著者: Xiaoli Xiong / Kun Qu / Katarzyna A Ciazynska / Myra Hosmillo / Andrew P Carter / Soraya Ebrahimi / Zunlong Ke / Sjors H W Scheres / Laura Bergamaschi / Guinevere L Grice / Ying Zhang / / James A Nathan / Stephen Baker / Leo C James / Helen E Baxendale / Ian Goodfellow / Rainer Doffinger / John A G Briggs / 要旨: The spike (S) protein of SARS-CoV-2 mediates receptor binding and cell entry and is the dominant target of the immune system. It exhibits substantial conformational flexibility. It transitions from ...The spike (S) protein of SARS-CoV-2 mediates receptor binding and cell entry and is the dominant target of the immune system. It exhibits substantial conformational flexibility. It transitions from closed to open conformations to expose its receptor-binding site and, subsequently, from prefusion to postfusion conformations to mediate fusion of viral and cellular membranes. S-protein derivatives are components of vaccine candidates and diagnostic assays, as well as tools for research into the biology and immunology of SARS-CoV-2. Here we have designed mutations in S that allow the production of thermostable, disulfide-bonded S-protein trimers that are trapped in the closed, prefusion state. Structures of the disulfide-stabilized and non-disulfide-stabilized proteins reveal distinct closed and locked conformations of the S trimer. We demonstrate that the designed, thermostable, closed S trimer can be used in serological assays. This protein has potential applications as a reagent for serology, virology and as an immunogen. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6zp2.cif.gz | 594.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6zp2.ent.gz | 499.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6zp2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6zp2_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6zp2_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6zp2_validation.xml.gz | 92.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6zp2_validation.cif.gz | 136.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/6zp2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/6zp2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 125296.844 Da / 分子数: 3 / 変異: K986P, V987P, Single Arg S1/S2 cleavage site / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / Variant: K986P / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2 #2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 化合物 | #4: 糖 | ChemComp-NAG / #5: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: SARS-CoV-2 Spike Protein Trimer / タイプ: COMPLEX / 詳細: K986P, V987P, Single Arg S1/S2 cleavage site / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 株: WIV-04 | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: Expi293 / プラスミド: pCDNA3.1 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドのタイプ: C-flat-2/2 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4563 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 3376871 / 詳細: template picking | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 55580 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 80 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6VXX PDB chain-ID: A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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