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万見
- PDB-6zgl: Structure of DPS determined by movement-free cryoEM with zero dos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zgl
タイトルStructure of DPS determined by movement-free cryoEM with zero dose extrapolation
要素DNA protection during starvation protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


DnaA-Dps complex / 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / oxidoreductase activity, acting on metal ions / nucleoid / chromosome condensation / response to starvation / response to stress / ferric iron binding / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / intracellular iron ion homeostasis ...DnaA-Dps complex / 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / oxidoreductase activity, acting on metal ions / nucleoid / chromosome condensation / response to starvation / response to stress / ferric iron binding / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / intracellular iron ion homeostasis / DNA binding / membrane / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA protection during starvation protein, gammaproteobacteria / Dps protein family signature 2. / Dps protein family signature 1. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA protection during starvation protein / DNA protection during starvation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Naydenova, K. / Russo, C.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC UP 120117 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM with sub-1 Å specimen movement.
著者: Katerina Naydenova / Peipei Jia / Christopher J Russo /
要旨: Most information loss in cryogenic electron microscopy (cryo-EM) stems from particle movement during imaging, which remains poorly understood. We show that this movement is caused by buckling and ...Most information loss in cryogenic electron microscopy (cryo-EM) stems from particle movement during imaging, which remains poorly understood. We show that this movement is caused by buckling and subsequent deformation of the suspended ice, with a threshold that depends directly on the shape of the frozen water layer set by the support foil. We describe a specimen support design that eliminates buckling and reduces electron beam-induced particle movement to less than 1 angstrom. The design allows precise foil tracking during imaging with high-speed detectors, thereby lessening demands on cryostage precision and stability. It includes a maximal density of holes, which increases throughput in automated cryo-EM without degrading data quality. Movement-free imaging allows extrapolation to a three-dimensional map of the specimen at zero electron exposure, before the onset of radiation damage.
履歴
登録2020年6月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-11210
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11210
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA protection during starvation protein
B: DNA protection during starvation protein
C: DNA protection during starvation protein
D: DNA protection during starvation protein
E: DNA protection during starvation protein
F: DNA protection during starvation protein
G: DNA protection during starvation protein
H: DNA protection during starvation protein
I: DNA protection during starvation protein
J: DNA protection during starvation protein
K: DNA protection during starvation protein
L: DNA protection during starvation protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,64412
ポリマ－224,64412
非ポリマー00
水17,366964
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area43700 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area53270 Å2

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要素

#1: タンパク質
DNA protection during starvation protein


分子量: 18720.295 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A073HPB2, UniProt: P0ABT2*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 964 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: DNA protection during starvation protein (DPS) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 35 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0256 / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: T (正4面体型対称)
3次元再構成解像度: 1.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 275623 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 1.9→1.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.764 / ESU R: 0.168
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.32924 --
obs0.32924 284873 100 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.636 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0.01 Å2-0 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 15616
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0180.01314868
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0360.01714028
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.9371.6320148
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg2.3881.58432424
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg3.47851836
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg37.87523.188828
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg17.204152676
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg20.2391596
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.1170.22040
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0090.0216680
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0260.023000
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it2.3891.6477380
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other2.3751.6467379
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it3.5342.4659204
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other3.5382.4669205
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it5.7082.3457488
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other5.7012.3437485
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other9.163.20510943
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined15.43721.35718681
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other15.43921.36118682
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.92→1.97 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.597 21106 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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