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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zb5 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | SARS CoV-2 Spike protein, Closed conformation, C3 symmetry | ||||||||||||||||||||||||
要素 | Spike glycoprotein | ||||||||||||||||||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / SARS-Cov2 / COVID / Linoleic Acid / Spike | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Toelzer, C. / Gupta, K. / Yadav, S.K.N. / Burucu, U. / Schaffitzel, C. / Berger, I. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 7件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Free fatty acid binding pocket in the locked structure of SARS-CoV-2 spike protein. 著者: Christine Toelzer / Kapil Gupta / Sathish K N Yadav / Ufuk Borucu / Andrew D Davidson / Maia Kavanagh Williamson / Deborah K Shoemark / Frederic Garzoni / Oskar Staufer / Rachel Milligan / ...著者: Christine Toelzer / Kapil Gupta / Sathish K N Yadav / Ufuk Borucu / Andrew D Davidson / Maia Kavanagh Williamson / Deborah K Shoemark / Frederic Garzoni / Oskar Staufer / Rachel Milligan / Julien Capin / Adrian J Mulholland / Joachim Spatz / Daniel Fitzgerald / Imre Berger / Christiane Schaffitzel / 要旨: Coronavirus disease 2019 (COVID-19), caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), represents a global crisis. Key to SARS-CoV-2 therapeutic development is unraveling the ...Coronavirus disease 2019 (COVID-19), caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), represents a global crisis. Key to SARS-CoV-2 therapeutic development is unraveling the mechanisms that drive high infectivity, broad tissue tropism, and severe pathology. Our 2.85-angstrom cryo-electron microscopy structure of SARS-CoV-2 spike (S) glycoprotein reveals that the receptor binding domains tightly bind the essential free fatty acid linoleic acid (LA) in three composite binding pockets. A similar pocket also appears to be present in the highly pathogenic severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV) and Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV). LA binding stabilizes a locked S conformation, resulting in reduced angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) interaction in vitro In human cells, LA supplementation synergizes with the COVID-19 drug remdesivir, suppressing SARS-CoV-2 replication. Our structure directly links LA and S, setting the stage for intervention strategies that target LA binding by SARS-CoV-2. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6zb5.cif.gz | 551.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6zb5.ent.gz | 454.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6zb5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6zb5_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6zb5_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6zb5_validation.xml.gz | 83.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6zb5_validation.cif.gz | 133 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/6zb5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/6zb5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 139735.922 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P0DTC2 #2: 多糖 | #3: 糖 | ChemComp-NAG / #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: SARS CoV-2 Spike protein, Closed conformation, C3 symmetry タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.54 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 1.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS TALOS |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): -2 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -0.8 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 11 sec. / 電子線照射量: 60.5 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3289 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 55 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17_3644: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 217815 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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