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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yba | ||||||||||||
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タイトル | HAdV-F41 Capsid | ||||||||||||
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![]() | VIRUS / Adenovirus | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() hexon binding / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / host cell nucleolus / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral release from host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / viral penetration into host nucleus ...hexon binding / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / host cell nucleolus / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral release from host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / viral penetration into host nucleus / viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | ||||||||||||
![]() | Perez Illana, M. / Martinez, M. / Mangroo, C. / Brown, M. / Marabini, R. / San Martin, C. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of enteric adenovirus HAdV-F41 highlights structural variations among human adenoviruses. 著者: Marta Pérez-Illana / Marta Martínez / Gabriela N Condezo / Mercedes Hernando-Pérez / Casandra Mangroo / Martha Brown / Roberto Marabini / Carmen San Martín / ![]() ![]() 要旨: Enteric adenoviruses, one of the main causes of viral gastroenteritis in the world, must withstand the harsh conditions found in the gut. This requirement suggests that capsid stability must be ...Enteric adenoviruses, one of the main causes of viral gastroenteritis in the world, must withstand the harsh conditions found in the gut. This requirement suggests that capsid stability must be different from that of other adenoviruses. We report the 4-Å-resolution structure of a human enteric adenovirus, HAdV-F41, and compare it with that of other adenoviruses with respiratory (HAdV-C5) and ocular (HAdV-D26) tropisms. While the overall structures of hexon, penton base, and internal minor coat proteins IIIa and VIII are conserved, we observe partially ordered elements reinforcing the vertex region, which suggests their role in enhancing the physicochemical capsid stability of HAdV-F41. Unexpectedly, we find an organization of the external minor coat protein IX different from all previously characterized human and nonhuman mastadenoviruses. Knowledge of the structure of enteric adenoviruses provides a starting point for the design of vectors suitable for oral delivery or intestinal targeting. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 276.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 435.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 5種, 23分子 ABCDEFGHIJKLMQRSTUVYuWw
#1: タンパク質 | 分子量: 104064.234 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: B2ZX09 #2: タンパク質 | | 分子量: 57142.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q9QAH8 #5: タンパク質 | 分子量: 13617.179 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: B5SNR3 #6: タンパク質 | 分子量: 29170.145 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: B5SNS4 #7: タンパク質 | 分子量: 20386.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: B5SNS1 |
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-Pre-hexon-linking protein ... , 2種, 3分子 NOP
#3: タンパク質 | 分子量: 64825.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q67716 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 25358.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: B5SNS9 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Human adenovirus 41 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Homo sapiens |
ウイルス殻 | 直径: 840 nm |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 42 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) |
3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9926 / 対称性のタイプ: POINT |