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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6y3y | |||||||||
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タイトル | Human Coronavirus HKU1 Haemagglutinin-Esterase | |||||||||
![]() | Hemagglutinin-esterase | |||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / Coronavirus / Glycoprotein / Nidovirus / Esterase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() sialate 9-O-acetylesterase activity / sialate 4-O-acetylesterase activity / sialate O-acetylesterase activity / sialate O-acetylesterase / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.39 Å | |||||||||
![]() | Hurdiss, D.L. / Drulyte, I. / Pronker, M.F. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of coronavirus-HKU1 haemagglutinin esterase reveals architectural changes arising from prolonged circulation in humans. 著者: Daniel L Hurdiss / Ieva Drulyte / Yifei Lang / Tatiana M Shamorkina / Matti F Pronker / Frank J M van Kuppeveld / Joost Snijder / Raoul J de Groot / ![]() 要旨: The human betacoronaviruses HKU1 and OC43 (subgenus Embecovirus) arose from separate zoonotic introductions, OC43 relatively recently and HKU1 apparently much longer ago. Embecovirus particles ...The human betacoronaviruses HKU1 and OC43 (subgenus Embecovirus) arose from separate zoonotic introductions, OC43 relatively recently and HKU1 apparently much longer ago. Embecovirus particles contain two surface projections called spike (S) and haemagglutinin-esterase (HE), with S mediating receptor binding and membrane fusion, and HE acting as a receptor-destroying enzyme. Together, they promote dynamic virion attachment to glycan-based receptors, specifically 9-O-acetylated sialic acid. Here we present the cryo-EM structure of the ~80 kDa, heavily glycosylated HKU1 HE at 3.4 Å resolution. Comparison with existing HE structures reveals a drastically truncated lectin domain, incompatible with sialic acid binding, but with the structure and function of the esterase domain left intact. Cryo-EM and mass spectrometry analysis reveals a putative glycan shield on the now redundant lectin domain. The findings further our insight into the evolution and host adaptation of human embecoviruses, and demonstrate the utility of cryo-EM for studying small, heavily glycosylated proteins. #1: ![]() タイトル: Cryo-EM structure of coronavirus-HKU1 haemagglutinin esterase reveals architectural changes arising from prolonged circulation in humans 著者: Hurdiss, D.L. / Drulyte, I. / Lang, Y. / Shamorkina, T.M. / Pronker, M.F. / van Kuppeveld, F.J.M. / Snijder, J. / de Groot, R.J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 139.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 112.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 10676MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 5.0 TB Data #1: Unaligned multi-frame gain-normalised movies of HCoV-HKU1 HE [micrographs - multiframe]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 40432.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: HE, 2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: ![]() |
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-糖 , 5種, 14分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | #3: 多糖 | #4: 多糖 | #5: 多糖 | #6: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Human Coronavirus HKU1 Haemagglutinin-Esterase / タイプ: COMPLEX / 詳細: Dimeric complex / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 20 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blot force = 1 Blot time = 5.5 seconds |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS 詳細: Titan Krios G4 was used with fringe-free imaging and aberration-free image shift. |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 96000 X / 最大 デフォーカス(公称値): -2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 5.6 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: OTHER / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6029 / 詳細: Falcon 4 Direct Electron Detector |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096 |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Falcon 4 Direct Electron Detector | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 936260 / 詳細: Relion autopicking | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 119717 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient 詳細: A homology model of HCOV-HKU1 HE (uniprot ID: Q5MQD1) was generated using the phyre2 server | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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