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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xzc | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of the ring-shaped virulence factor EspB from Mycobacterium tuberculosis | ||||||
要素 | ESX-1 secretion-associated protein EspB | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / M. tuberculosis / ESX-1 / Type VII secretion system / EspB / Rv3881c / EsxA / CFP10 / ESAT-6 | ||||||
機能・相同性 | ESX-1 secretion-associated protein EspB, PE domain / ESX-1 secreted protein B PE domain / protein secretion by the type VII secretion system / PPE superfamily / biological process involved in interaction with host / extracellular region / identical protein binding / ESX-1 secretion-associated protein EspB 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å | ||||||
データ登録者 | Piton, J. / Pojer, F. / Wakatsuki, S. / Gati, C. / Cole, S.T. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2020 タイトル: High resolution CryoEM structure of the ring-shaped virulence factor EspB from . 著者: Jérémie Piton / Florence Pojer / Soichi Wakatsuki / Cornelius Gati / Stewart T Cole / 要旨: The EspB protein of is a 60 kDa virulence factor, implicated in conjugation and exported by the ESX-1 system of which it may also be a component. Previous attempts to obtain high-resolution maps of ...The EspB protein of is a 60 kDa virulence factor, implicated in conjugation and exported by the ESX-1 system of which it may also be a component. Previous attempts to obtain high-resolution maps of EspB by cryo-electron microscopic examination of single particles have been thwarted by severe orientation bias of the particles. This was overcome by using detergent as a surfactant thereby allowing reconstruction of the EspB structure at 3.37 Å resolution. The final structure revealed the N-terminal domain of EspB to be organized as a cylindrical heptamer with dimensions of 90 Å x 90 Å and a central channel of 45 Å diameter whereas the C-terminal domain was unstructured. New atomic insight was obtained into the helical packing required for protomer interactions and the overall electrostatic potential. The external surface is electronegatively charged while the channel is lined with electropositive patches. EspB thus has many features of a pore-like transport protein that might allow the passage of an ESX-1 substrate such as the 35 Å diameter EsxA-EsxB heterodimer or B-form DNA consistent with its proposed role in DNA uptake. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xzc.cif.gz | 306.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6xzc.ent.gz | 244.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xzc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/6xzc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/6xzc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47637.527 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: espB, mtb48, Rv3881c, MTV027.16c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WJD9 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: EspB Heptameric complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||
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分子量 | 値: 0.329 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) | ||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodiperse | ||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE 詳細: 0.05% fluorinated octylmaltoside was add into protein solution and immediately applied to a freshly glow-discharged holey carbon grid. ). Excess liquid was blotted for 2.3 s using an FEI ...詳細: 0.05% fluorinated octylmaltoside was add into protein solution and immediately applied to a freshly glow-discharged holey carbon grid. ). Excess liquid was blotted for 2.3 s using an FEI Vitrobot Mark IV and the sample was plunge frozen in liquid ethane. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3000 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 2600 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 292964 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C7 (7回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 143350 / クラス平均像の数: 50 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4XXX PDB chain-ID: A / Accession code: 4XXX / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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