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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xp5 | ||||||
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タイトル | Head-Middle module of Mediator | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION | ||||||
機能・相同性 | ![]() meiotic gene conversion / meiotic sister chromatid segregation / core mediator complex / mediator complex / transcription coregulator activity / transcription by RNA polymerase II / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | ||||||
![]() | Zhang, H.Q. / Chen, D.C. / Kornberg, R.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mediator structure and conformation change. 著者: Heqiao Zhang / Dong-Hua Chen / Rayees U H Mattoo / David A Bushnell / Yannan Wang / Chao Yuan / Lin Wang / Chunnian Wang / Ralph E Davis / Yan Nie / Roger D Kornberg / ![]() ![]() 要旨: Mediator is a universal adaptor for transcription control. It serves as an interface between gene-specific activator or repressor proteins and the general RNA polymerase II (pol II) transcription ...Mediator is a universal adaptor for transcription control. It serves as an interface between gene-specific activator or repressor proteins and the general RNA polymerase II (pol II) transcription machinery. Previous structural studies revealed a relatively small part of Mediator and none of the gene activator-binding regions. We have determined the cryo-EM structure of the Mediator at near-atomic resolution. The structure reveals almost all amino acid residues in ordered regions, including the major targets of activator proteins, the Tail module, and the Med1 subunit of the Middle module. Comparison of Mediator structures with and without pol II reveals conformational changes that propagate across the entire Mediator, from Head to Tail, coupling activator- and pol II-interacting regions. | ||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 537 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 399.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Mediator of RNA polymerase II transcription subunit ... , 12種, 12分子 UDFGINQZHKRa
#1: タンパク質 | 分子量: 15718.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0029550 / 発現宿主: ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 37924.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: MED4, CTHT_0037540 / 発現宿主: ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 36470.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: MED6, CTHT_0067530 / 発現宿主: ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 27738.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0064270 / 発現宿主: ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 18325.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: MED9, CTHT_0016410 / 発現宿主: ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 133450.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0057660 / 発現宿主: ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 69616.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: MED17, CTHT_0014540 / 発現宿主: ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 14486.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0015060 / 発現宿主: ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 32098.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: MED8, CTHT_0058900 / 発現宿主: ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 25504.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: MED11, CTHT_0068270 / 発現宿主: ![]() |
#11: タンパク質 | 分子量: 38725.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: MED18, CTHT_0007510 / 発現宿主: ![]() |
#13: タンパク質 | 分子量: 81633.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0063280 / 発現宿主: ![]() |
-タンパク質 , 2種, 2分子 Vc
#12: タンパク質 | 分子量: 18341.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0021510 / 発現宿主: ![]() |
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#15: タンパク質 | 分子量: 17038.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 b
#14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1805.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0063280 / 発現宿主: ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Head-Middle module of Mediator / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: OTHER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 108348 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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