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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xav | ||||||
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タイトル | CryoEM Structure of E. coli Rho-dependent Transcription Pre-termination Complex bound with NusG | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / Rho-dependent transcription termination | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATP-dependent activity, acting on RNA / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility ...ATP-dependent activity, acting on RNA / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / helicase activity / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / DNA-templated transcription termination / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein complex oligomerization / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / ribosome biogenesis / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / response to antibiotic / nucleotide binding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.7 Å | ||||||
データ登録者 | Hao, Z.T. / Kim, H.K. / Walz, T. / Nudler, E. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021 タイトル: Pre-termination Transcription Complex: Structure and Function. 著者: Zhitai Hao / Vitaly Epshtein / Kelly H Kim / Sergey Proshkin / Vladimir Svetlov / Venu Kamarthapu / Binod Bharati / Alexander Mironov / Thomas Walz / Evgeny Nudler / 要旨: Rho is a general transcription termination factor playing essential roles in RNA polymerase (RNAP) recycling, gene regulation, and genomic stability in most bacteria. Traditional models of ...Rho is a general transcription termination factor playing essential roles in RNA polymerase (RNAP) recycling, gene regulation, and genomic stability in most bacteria. Traditional models of transcription termination postulate that hexameric Rho loads onto RNA prior to contacting RNAP and then translocates along the transcript in pursuit of the moving RNAP to pull RNA from it. Here, we report the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of two termination process intermediates. Prior to interacting with RNA, Rho forms a specific "pre-termination complex" (PTC) with RNAP and elongation factors NusA and NusG, which stabilize the PTC. RNA exiting RNAP interacts with NusA before entering the central channel of Rho from the distal C-terminal side of the ring. We map the principal interactions in the PTC and demonstrate their critical role in termination. Our results support a mechanism in which the formation of a persistent PTC is a prerequisite for termination. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xav.cif.gz | 1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6xav.ent.gz | 837 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xav.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6xav_validation.pdf.gz | 830.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6xav_full_validation.pdf.gz | 887 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6xav_validation.xml.gz | 140.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6xav_validation.cif.gz | 225.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/6xav ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/6xav | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Transcription termination/antitermination protein ... , 2種, 2分子 LG
#1: タンパク質 | 分子量: 20560.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: nusG, b3982, JW3945 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AFG0 |
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#9: タンパク質 | 分子量: 54932.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: nusA, b3169, JW3138 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AFF6 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 NT
#2: DNA鎖 | 分子量: 9434.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Non template strand DNA / 由来: (合成) Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 8813.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: template strand DNA / 由来: (合成) Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 WKHIJ
#5: タンパク質 | 分子量: 10249.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: rpoZ, b3649, JW3624 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A800, DNA-directed RNA polymerase | ||||
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#6: タンパク質 | 分子量: 36558.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: rpoA, pez, phs, sez, b3295, JW3257 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Z4, DNA-directed RNA polymerase #7: タンパク質 | | 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 遺伝子: rpoB, groN, nitB, rif, ron, stl, stv, tabD, b3987, JW3950 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8V2, DNA-directed RNA polymerase #8: タンパク質 | | 分子量: 156504.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: rpoC, tabB, b3988, JW3951 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8T7, DNA-directed RNA polymerase |
-RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 7分子 RCABDEF
#10: タンパク質 | 分子量: 47070.168 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: rho, nitA, psuA, rnsC, sbaA, tsu, b3783, JW3756 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0AG30, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 #4: RNA鎖 | | 分子量: 5859.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
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-非ポリマー , 2種, 3分子
#11: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#12: 化合物 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: E. coli Rho-dependent Transcription Pre-termination Complex タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#10 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.726 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 7.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 57227 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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