+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wjv | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the Saccharomyces cerevisiae polymerase epsilon holoenzyme | ||||||||||||
要素 |
| ||||||||||||
キーワード | CELL CYCLE / DNA replication / DNA polymerase | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / chromatin remodeling => GO:0006338 / CHRAC / : / DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / gene conversion / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / SUMO binding ...: / : / chromatin remodeling => GO:0006338 / CHRAC / : / DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / gene conversion / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / SUMO binding / Activation of the pre-replicative complex / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / Termination of translesion DNA synthesis / mitotic DNA replication checkpoint signaling / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / mitotic sister chromatid cohesion / leading strand elongation / nuclear replication fork / Dual incision in TC-NER / error-prone translesion synthesis / nucleosomal DNA binding / base-excision repair, gap-filling / replication fork / heterochromatin formation / base-excision repair / DNA-templated DNA replication / chromatin DNA binding / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / mitotic cell cycle / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / double-stranded DNA binding / cell cycle / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / mRNA binding / DNA damage response / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Yuan, Z. / Georgescu, R. / Schauer, G.D. / O'Donnell, M. / Li, H. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Structure of the polymerase ε holoenzyme and atomic model of the leading strand replisome. 著者: Zuanning Yuan / Roxana Georgescu / Grant D Schauer / Michael E O'Donnell / Huilin Li / 要旨: The eukaryotic leading strand DNA polymerase (Pol) ε contains 4 subunits, Pol2, Dpb2, Dpb3 and Dpb4. Pol2 is a fusion of two B-family Pols; the N-terminal Pol module is catalytic and the C-terminal ...The eukaryotic leading strand DNA polymerase (Pol) ε contains 4 subunits, Pol2, Dpb2, Dpb3 and Dpb4. Pol2 is a fusion of two B-family Pols; the N-terminal Pol module is catalytic and the C-terminal Pol module is non-catalytic. Despite extensive efforts, there is no atomic structure for Pol ε holoenzyme, critical to understanding how DNA synthesis is coordinated with unwinding and the DNA path through the CMG helicase-Pol ε-PCNA clamp. We show here a 3.5-Å cryo-EM structure of yeast Pol ε revealing that the Dpb3-Dpb4 subunits bridge the two DNA Pol modules of Pol2, holding them rigid. This information enabled an atomic model of the leading strand replisome. Interestingly, the model suggests that an OB fold in Dbp2 directs leading ssDNA from CMG to the Pol ε active site. These results complete the DNA path from entry of parental DNA into CMG to exit of daughter DNA from PCNA. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6wjv.cif.gz | 459.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6wjv.ent.gz | 366.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6wjv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6wjv_validation.pdf.gz | 759 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6wjv_full_validation.pdf.gz | 780.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6wjv_validation.xml.gz | 68.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6wjv_validation.cif.gz | 103.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/6wjv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/6wjv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 255992.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: POL2, DUN2, YNL262W, N0825 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 参照: UniProt: P21951, DNA-directed DNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 78425.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: DPB2, YPR175W, P9705.7 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P24482 |
#3: タンパク質 | 分子量: 22694.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: DPB3, YBR278W, YBR2015 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P27344 |
#4: タンパク質 | 分子量: 22029.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: DPB4, YDR121W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q04603 |
#5: 化合物 | ChemComp-ZN / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: DNA polymerase epsilon / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c |
由来(組換発現) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / プラスミド: pRS |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
---|---|
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 187298 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL |