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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wik | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SLC40/ferroportin with Fab in the presence of hepcidin | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / SLC40 / Fpn / ferroportin / iron transporter / hepcidin | ||||||||||||
機能・相同性 | Ferroportin-1 / Ferroportin1 (FPN1) / iron ion transmembrane transporter activity / peptide hormone binding / MFS transporter superfamily / lateral plasma membrane / basolateral plasma membrane / metal ion binding / Solute carrier family 40 member 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Carlito syrichta (哺乳類) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Shen, J. / Ren, Z. / Pan, Y. / Gao, S. / Yan, N. / Zhou, M. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Structural basis of ion transport and inhibition in ferroportin. 著者: Yaping Pan / Zhenning Ren / Shuai Gao / Jiemin Shen / Lie Wang / Zhichun Xu / Ye Yu / Preetham Bachina / Hanzhi Zhang / Xiao Fan / Arthur Laganowsky / Nieng Yan / Ming Zhou / 要旨: Ferroportin is an iron exporter essential for releasing cellular iron into circulation. Ferroportin is inhibited by a peptide hormone, hepcidin. In humans, mutations in ferroportin lead to ...Ferroportin is an iron exporter essential for releasing cellular iron into circulation. Ferroportin is inhibited by a peptide hormone, hepcidin. In humans, mutations in ferroportin lead to ferroportin diseases that are often associated with accumulation of iron in macrophages and symptoms of iron deficiency anemia. Here we present the structures of the ferroportin from the primate Philippine tarsier (TsFpn) in the presence and absence of hepcidin solved by cryo-electron microscopy. TsFpn is composed of two domains resembling a clamshell and the structure defines two metal ion binding sites, one in each domain. Both structures are in an outward-facing conformation, and hepcidin binds between the two domains and reaches one of the ion binding sites. Functional studies show that TsFpn is an electroneutral H/Fe antiporter so that transport of each Fe is coupled to transport of two H in the opposite direction. Perturbing either of the ion binding sites compromises the coupled transport of H and Fe. These results establish the structural basis of metal ion binding, transport and inhibition in ferroportin and provide a blueprint for targeting ferroportin in pharmacological intervention of ferroportin diseases. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6wik.cif.gz | 153.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6wik.ent.gz | 116.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6wik.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6wik_validation.pdf.gz | 713.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6wik_full_validation.pdf.gz | 745.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6wik_validation.xml.gz | 32 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6wik_validation.cif.gz | 47.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/6wik ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/6wik | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23493.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) |
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#2: 抗体 | 分子量: 25815.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) |
#3: タンパク質 | 分子量: 63705.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Carlito syrichta (哺乳類) / 遺伝子: SLC40A1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A1U7U6F1 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM map of SLC40/ferroportin with Fab in the presence of hepcidin タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Carlito syrichta (哺乳類) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 13 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 305 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company | |||||||||||||||
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS | |||||||||||||||
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN | |||||||||||||||
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm | |||||||||||||||
撮影 |
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-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18rc5_3822: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 214136 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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