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万見
- PDB-6wb9: Structure of the S. cerevisiae ER membrane complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wb9
タイトルStructure of the S. cerevisiae ER membrane complex
要素
  • (ER membrane protein complex subunit ...) x 6
  • Endoplasmic reticulum membrane protein complex subunit 10
  • Protein SOP4
キーワードMEMBRANE PROTEIN / insertase / complex / ER
機能・相同性
機能・相同性情報


EMC complex / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / protein folding in endoplasmic reticulum / phospholipid transport / autophagosome assembly / phospholipid metabolic process / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / protein transport / protein-folding chaperone binding / endoplasmic reticulum membrane ...EMC complex / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / protein folding in endoplasmic reticulum / phospholipid transport / autophagosome assembly / phospholipid metabolic process / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / protein transport / protein-folding chaperone binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
Protein Sop4 / Suppressor of PMA 1-7 protein / TMEM85/ER membrane protein complex subunit 4 / Protein of unknown function (DUF1077) / ER membrane protein complex subunit 6 / ER membrane protein complex subunit 3 / ER membrane protein complex subunit 1, C-terminal / Membrane magnesium transporter / ER membrane protein complex subunit 1 / ER membrane protein complex subunit 6-like ...Protein Sop4 / Suppressor of PMA 1-7 protein / TMEM85/ER membrane protein complex subunit 4 / Protein of unknown function (DUF1077) / ER membrane protein complex subunit 6 / ER membrane protein complex subunit 3 / ER membrane protein complex subunit 1, C-terminal / Membrane magnesium transporter / ER membrane protein complex subunit 1 / ER membrane protein complex subunit 6-like / EMC6 / ER membrane protein complex subunit 1, C-terminal / Membrane magnesium transporter / ER membrane protein complex subunit 10 / ER membrane protein complex subunit 2-like / Integral membrane protein EMC3/TMCO1-like / Integral membrane protein EMC3/TMCO1-like / Integral membrane protein DUF106 / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-POV / ER membrane protein complex subunit 1 / ER membrane protein complex subunit 3 / Protein SOP4 / ER membrane protein complex subunit 5 / ER membrane protein complex subunit 2 / ER membrane protein complex subunit 4 / Endoplasmic reticulum membrane protein complex subunit 10 / ER membrane protein complex subunit 6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Bai, L. / Li, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01-CA231466 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Structure of the ER membrane complex, a transmembrane-domain insertase.
著者: Lin Bai / Qinglong You / Xiang Feng / Amanda Kovach / Huilin Li /
要旨: The endoplasmic reticulum (ER) membrane complex (EMC) cooperates with the Sec61 translocon to co-translationally insert a transmembrane helix (TMH) of many multi-pass integral membrane proteins into ...The endoplasmic reticulum (ER) membrane complex (EMC) cooperates with the Sec61 translocon to co-translationally insert a transmembrane helix (TMH) of many multi-pass integral membrane proteins into the ER membrane, and it is also responsible for inserting the TMH of some tail-anchored proteins. How EMC accomplishes this feat has been unclear. Here we report the first, to our knowledge, cryo-electron microscopy structure of the eukaryotic EMC. We found that the Saccharomyces cerevisiae EMC contains eight subunits (Emc1-6, Emc7 and Emc10), has a large lumenal region and a smaller cytosolic region, and has a transmembrane region formed by Emc4, Emc5 and Emc6 plus the transmembrane domains of Emc1 and Emc3. We identified a five-TMH fold centred around Emc3 that resembles the prokaryotic YidC insertase and that delineates a largely hydrophilic client protein pocket. The transmembrane domain of Emc4 tilts away from the main transmembrane region of EMC and is partially mobile. Mutational studies demonstrated that the flexibility of Emc4 and the hydrophilicity of the client pocket are required for EMC function. The EMC structure reveals notable evolutionary conservation with the prokaryotic insertases, suggests that eukaryotic TMH insertion involves a similar mechanism, and provides a framework for detailed understanding of membrane insertion for numerous eukaryotic integral membrane proteins and tail-anchored proteins.
履歴
登録2020年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32020年9月2日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21587
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: Endoplasmic reticulum membrane protein complex subunit 10
1: ER membrane protein complex subunit 1
2: ER membrane protein complex subunit 2
3: ER membrane protein complex subunit 3
4: ER membrane protein complex subunit 4
5: ER membrane protein complex subunit 5
6: ER membrane protein complex subunit 6
7: Protein SOP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)251,61316
ポリマ－248,7668
非ポリマー2,8478
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area37330 Å2
ΔGint-213 kcal/mol
Surface area77600 Å2

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 07

#1: タンパク質 Endoplasmic reticulum membrane protein complex subunit 10


分子量: 22792.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12025
#8: タンパク質 Protein SOP4 / Suppressor of PMA1-7 protein 4


分子量: 26627.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) / 参照: UniProt: P39543

-
ER membrane protein complex subunit ... , 6種, 6分子 123456

#2: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 1


分子量: 87272.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) / 参照: UniProt: P25574
#3: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 2


分子量: 33893.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) / 参照: UniProt: P47133
#4: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 3 / Altered inheritance rate of mitochondria protein 27


分子量: 28372.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) / 参照: UniProt: P36039
#5: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 4


分子量: 21478.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) / 参照: UniProt: P53073
#6: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 5 / Killer toxin-resistance protein 27


分子量: 15926.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) / 参照: UniProt: P40540
#7: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 6


分子量: 12401.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12431

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糖 / 非ポリマー , 2種, 8分子

#10: 化合物 ChemComp-POV / (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / POPC


分子量: 760.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#9: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ER Membrane Complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10Cootモデル精密化
12RELION2.1最終オイラー角割当
13RELION分類
14Coot３次元再構成
15UCSF Chimera３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 590118
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 355991 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00514821
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7320074
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.6645464
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0492295
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0062505

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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