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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6w62 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Cas12i-crRNA complex | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/DNA/RNA / CRISPR / HYDROLASE-DNA-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Lachnospiraceae bacterium ND2006 (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||
データ登録者 | Chang, L. / Li, Z. / Zhang, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020 タイトル: Mechanisms for target recognition and cleavage by the Cas12i RNA-guided endonuclease. 著者: Heng Zhang / Zhuang Li / Renjian Xiao / Leifu Chang / 要旨: Cas12i is a recently identified type V CRISPR-Cas endonuclease that predominantly cleaves the non-target strand of a double-stranded DNA substrate. This nicking activity of Cas12i could potentially ...Cas12i is a recently identified type V CRISPR-Cas endonuclease that predominantly cleaves the non-target strand of a double-stranded DNA substrate. This nicking activity of Cas12i could potentially be used for genome editing with high specificity. To elucidate its mechanisms for target recognition and cleavage, we determined cryo-EM structures of Cas12i in multiple functional states. Cas12i pre-orders a seven-nucleotide seed sequence of the crRNA for target recognition and undergoes a two-step activation through crRNA-DNA hybridization. Formation of 14 base pairs activates the nickase activity, and 28-bp hybridization promotes cleavage of the target strand. The atomic structures and mechanistic insights gained should facilitate the manipulation of Cas12i for genome editing applications. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6w62.cif.gz | 184.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6w62.ent.gz | 137.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6w62.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6w62_validation.pdf.gz | 716.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6w62_full_validation.pdf.gz | 735.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6w62_validation.xml.gz | 31.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6w62_validation.cif.gz | 47.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/6w62 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/6w62 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 125879.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lachnospiraceae bacterium ND2006 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 9581.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Lachnospiraceae bacterium ND2006 (バクテリア) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of CRISPR-Cas complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Lachnospiraceae bacterium ND2006 (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company | |||||||||||||||
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS | |||||||||||||||
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN | |||||||||||||||
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD | |||||||||||||||
撮影 |
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-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.1_3865: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 122435 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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