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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vyu | ||||||
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タイトル | Escherichia coli transcription-translation complex C2 (TTC-C2) containing a 27 nt long mRNA spacer | ||||||
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![]() | RIBOSOME / TRANSCRIPTION/TRANSLATION / Bacterial transcription-translation coupled complex / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-TRANSLATION complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() transcription elongation-coupled chromatin remodeling / DNA-directed RNA polymerase complex / DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of DNA-templated transcription elongation / ribosomal large subunit assembly / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / mRNA 5'-UTR binding ...transcription elongation-coupled chromatin remodeling / DNA-directed RNA polymerase complex / DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of DNA-templated transcription elongation / ribosomal large subunit assembly / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / mRNA 5'-UTR binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / protein dimerization activity / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / DNA-templated transcription / mRNA binding / magnesium ion binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7 Å | ||||||
![]() | Molodtsov, V. / Wang, C. / Su, M. / Ebright, R.H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of transcription-translation coupling. 著者: Chengyuan Wang / Vadim Molodtsov / Emre Firlar / Jason T Kaelber / Gregor Blaha / Min Su / Richard H Ebright / ![]() 要旨: In bacteria, transcription and translation are coupled processes in which the movement of RNA polymerase (RNAP)-synthesizing messenger RNA (mRNA) is coordinated with the movement of the first ...In bacteria, transcription and translation are coupled processes in which the movement of RNA polymerase (RNAP)-synthesizing messenger RNA (mRNA) is coordinated with the movement of the first ribosome-translating mRNA. Coupling is modulated by the transcription factors NusG (which is thought to bridge RNAP and the ribosome) and NusA. Here, we report cryo-electron microscopy structures of transcription-translation complexes (TTCs) containing different-length mRNA spacers between RNAP and the ribosome active-center P site. Structures of TTCs containing short spacers show a state incompatible with NusG bridging and NusA binding (TTC-A, previously termed "expressome"). Structures of TTCs containing longer spacers reveal a new state compatible with NusG bridging and NusA binding (TTC-B) and reveal how NusG bridges and NusA binds. We propose that TTC-B mediates NusG- and NusA-dependent transcription-translation coupling. | ||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 6.7 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 21472MC ![]() 6vu3C ![]() 6vyqC ![]() 6vyrC ![]() 6vysC ![]() 6vytC ![]() 6vywC ![]() 6vyxC ![]() 6vyyC ![]() 6vyzC ![]() 6vz2C ![]() 6vz3C ![]() 6vz5C ![]() 6vz7C ![]() 6vzjC ![]() 6x6tC ![]() 6x7fC ![]() 6x7kC ![]() 6x9qC ![]() 6xdqC ![]() 6xdrC ![]() 6xgfC ![]() 6xiiC ![]() 6xijC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
+50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 01234bcefghijklmnopqrstuvwxyz
-DNA鎖 , 2種, 2分子 56
#6: DNA鎖 | 分子量: 11042.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#7: DNA鎖 | 分子量: 10956.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-RNA鎖 , 6種, 7分子 7ABDYad
#8: RNA鎖 | 分子量: 5196.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||||||||
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#9: RNA鎖 | 分子量: 24496.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #16: RNA鎖 | | 分子量: 499690.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #37: RNA鎖 | | 分子量: 873.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #38: RNA鎖 | | 分子量: 941635.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #41: RNA鎖 | | 分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 AAACADAEAF
#10: タンパク質 | 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#12: タンパク質 | 分子量: 36558.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #13: タンパク質 | | 分子量: 155366.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #14: タンパク質 | | 分子量: 10249.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-タンパク質 , 1種, 1分子 AB
#11: タンパク質 | 分子量: 20560.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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+30S ribosomal protein ... , 21種, 21分子 CEFGHIJKLMNOPQRSTUVWX
-非ポリマー , 2種, 3分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#64: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#65: 化合物 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Escherichia coli transcription-translation complex C2 (TTC-C2) containing a 27 nt long mRNA spacer, NusG, and fMet-tRNAs in E-site and P-site タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#63 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 8928 / 対称性のタイプ: POINT |