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万見
- PDB-6vxn: Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana MSL1 A320V -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vxn
タイトルCryo-EM structure of Arabidopsis thaliana MSL1 A320V
要素Mechanosensitive ion channel protein 1, mitochondrial
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


mechanosensitive monoatomic ion channel activity / chloroplast envelope / chloroplast / cellular response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Mechanosensitive ion channel MscS, transmembrane-2 / Mechanosensitive ion channel MscS / Mechanosensitive ion channel, beta-domain / Mechanosensitive ion channel MscS, beta-domain superfamily / LSM domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DODECANE / Mechanosensitive ion channel protein 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Deng, Z. / Zhang, J. / Yuan, P.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural mechanism for gating of a eukaryotic mechanosensitive channel of small conductance.
著者: Zengqin Deng / Grigory Maksaev / Angela M Schlegel / Jingying Zhang / Michael Rau / James A J Fitzpatrick / Elizabeth S Haswell / Peng Yuan /
要旨: Mechanosensitive ion channels transduce physical force into electrochemical signaling that underlies an array of fundamental physiological processes, including hearing, touch, proprioception, ...Mechanosensitive ion channels transduce physical force into electrochemical signaling that underlies an array of fundamental physiological processes, including hearing, touch, proprioception, osmoregulation, and morphogenesis. The mechanosensitive channels of small conductance (MscS) constitute a remarkably diverse superfamily of channels critical for management of osmotic pressure. Here, we present cryo-electron microscopy structures of a MscS homolog from Arabidopsis thaliana, MSL1, presumably in both the closed and open states. The heptameric MSL1 channel contains an unusual bowl-shaped transmembrane region, which is reminiscent of the evolutionarily and architecturally unrelated mechanosensitive Piezo channels. Upon channel opening, the curved transmembrane domain of MSL1 flattens and expands. Our structures, in combination with functional analyses, delineate a structural mechanism by which mechanosensitive channels open under increased membrane tension. Further, the shared structural feature between unrelated channels suggests the possibility of a unified mechanical gating mechanism stemming from membrane deformation induced by a non-planar transmembrane domain.
履歴
登録2020年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21445
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mechanosensitive ion channel protein 1, mitochondrial
B: Mechanosensitive ion channel protein 1, mitochondrial
C: Mechanosensitive ion channel protein 1, mitochondrial
D: Mechanosensitive ion channel protein 1, mitochondrial
E: Mechanosensitive ion channel protein 1, mitochondrial
F: Mechanosensitive ion channel protein 1, mitochondrial
G: Mechanosensitive ion channel protein 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)327,42414
ポリマ－326,2327
非ポリマー1,1927
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area34150 Å2
ΔGint-189 kcal/mol
Surface area97320 Å2

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要素

#1: タンパク質
Mechanosensitive ion channel protein 1, mitochondrial / Mechanosensitive channel of small conductance-like 1 / MscS-Like protein 1 / MSL1


分子量: 46604.586 Da / 分子数: 7 / 断片: UNP residues 80-497 / 変異: A320V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: MSL1, At4g00290, A_IG005I10.9, F5I10.9 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q8VZL4
#2: 化合物
ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン


分子量: 170.335 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: MSL1 A320V / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
由来(組換発現)生物種: Komagataella pastoris (菌類)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER
撮影
IDImaging-ID電子線照射量 (e/Å2)フィルム・検出器のモデル
1162GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
2162GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 52883 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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