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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vrc | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Cas13(crRNA) | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / CRISPR-Cas system / Cas13 / TypeVI | ||||||
機能・相同性 | : / defense response to virus / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / : / RNA / RNA (> 10) / CRISPR-associated endoribonuclease Cas13a 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Listeria seeligeri serovar 1/2b Listeria seeligeri serovar 1/2b str. SLCC3954 (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Jia, N. / Meeske, A.J. / Marraffini, L.A. / Patel, D.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: A phage-encoded anti-CRISPR enables complete evasion of type VI-A CRISPR-Cas immunity. 著者: Alexander J Meeske / Ning Jia / Alice K Cassel / Albina Kozlova / Jingqiu Liao / Martin Wiedmann / Dinshaw J Patel / Luciano A Marraffini / 要旨: The CRISPR RNA (crRNA)-guided nuclease Cas13 recognizes complementary viral transcripts to trigger the degradation of both host and viral RNA during the type VI CRISPR-Cas antiviral response. ...The CRISPR RNA (crRNA)-guided nuclease Cas13 recognizes complementary viral transcripts to trigger the degradation of both host and viral RNA during the type VI CRISPR-Cas antiviral response. However, how viruses can counteract this immunity is not known. We describe a listeriaphage (ϕLS46) encoding an anti-CRISPR protein (AcrVIA1) that inactivates the type VI-A CRISPR system of Using genetics, biochemistry, and structural biology, we found that AcrVIA1 interacts with the guide-exposed face of Cas13a, preventing access to the target RNA and the conformational changes required for nuclease activation. Unlike inhibitors of DNA-cleaving Cas nucleases, which cause limited immunosuppression and require multiple infections to bypass CRISPR defenses, a single dose of AcrVIA1 delivered by an individual virion completely dismantles type VI-A CRISPR-mediated immunity. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6vrc.cif.gz | 219.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6vrc.ent.gz | 170.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6vrc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6vrc_validation.pdf.gz | 754.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6vrc_full_validation.pdf.gz | 775.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6vrc_validation.xml.gz | 37.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6vrc_validation.cif.gz | 57.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/6vrc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/6vrc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 133295.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Listeria seeligeri serovar 1/2b (strain ATCC 35967 / DSM 20751 / CIP 100100 / SLCC 3954) (バクテリア) 株: ATCC 35967 / DSM 20751 / CIP 100100 / SLCC 3954 / 遺伝子: cas13, c2c2, lse_1149 / 発現宿主: Listeria seeligeri (バクテリア) 参照: UniProt: P0DPB8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 19049.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Listeria seeligeri serovar 1/2b str. SLCC3954 (バクテリア) 発現宿主: Listeria seeligeri (バクテリア) / 参照: GenBank: 289169617 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cas13-crRNA complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.13 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Listeria seeligeri (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Listeria seeligeri (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris, pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT |
緩衝液成分 | 式: Tris |
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 1.23 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 2.1 / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 190543 / 対称性のタイプ: POINT |