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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vi0 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of VRC01.23 in complex with HIV-1 Env BG505 DS.SOSIP | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / CD4 / HIV-1 / SOSIP / Vaccine | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.43 Å | ||||||
![]() | Gorman, J. / Kwong, P.D. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A matrix of structure-based designs yields improved VRC01-class antibodies for HIV-1 therapy and prevention. 著者: Young D Kwon / Mangaiarkarasi Asokan / Jason Gorman / Baoshan Zhang / Qingbo Liu / Mark K Louder / Bob C Lin / Krisha McKee / Amarendra Pegu / Raffaello Verardi / Eun Sung Yang / Vrc ...著者: Young D Kwon / Mangaiarkarasi Asokan / Jason Gorman / Baoshan Zhang / Qingbo Liu / Mark K Louder / Bob C Lin / Krisha McKee / Amarendra Pegu / Raffaello Verardi / Eun Sung Yang / Vrc Production Program / Kevin Carlton / Nicole A Doria-Rose / Paolo Lusso / John R Mascola / Peter D Kwong / ![]() 要旨: Passive transfer of broadly neutralizing antibodies is showing promise in the treatment and prevention of HIV-1. One class of antibodies, the VRC01 class, appears especially promising. To improve ...Passive transfer of broadly neutralizing antibodies is showing promise in the treatment and prevention of HIV-1. One class of antibodies, the VRC01 class, appears especially promising. To improve VRC01-class antibodies, we combined structure-based design with a matrix-based approach to generate VRC01-class variants that filled an interfacial cavity, used diverse third-complementarity-determining regions, reduced potential steric clashes, or exploited extended contacts to a neighboring protomer within the envelope trimer. On a 208-strain panel, variant VRC01.23LS neutralized 90% of the panel at a geometric mean IC less than 1 μg/ml, and in transgenic mice with human neonatal-Fc receptor, the serum half-life of VRC01.23LS was indistinguishable from that of the parent VRC01LS, which has a half-life of 71 d in humans. A cryo-electron microscopy structure of VRC01.23 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP.664 Env trimer determined at 3.4-Å resolution confirmed the structural basis for its ~10-fold improved potency relative to VRC01. Another variant, VRC07-523-F54-LS.v3, neutralized 95% of the 208-isolated panel at a geometric mean IC of less than 1 μg/ml, with a half-life comparable to that of the parental VRC07-523LS. Our matrix-based structural approach thus enables the engineering of VRC01 variants for HIV-1 therapy and prevention with improved potency, breadth, and pharmacokinetics. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 476 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 399.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 80.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 117.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 3種, 9分子 BAFGCILDJ
#1: タンパク質 | 分子量: 17146.482 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: env / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 54086.324 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: env / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 22761.166 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-抗体 , 1種, 3分子 HEK
#4: 抗体 | 分子量: 25109.400 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-糖 , 7種, 60分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#5: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #6: 多糖 | #7: 多糖 | #8: 多糖 | #9: 多糖 | #10: 多糖 | #11: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||
緩衝液成分 | 式: PBS | ||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 293 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / C2レンズ絞り径: 70 µm |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 70.41 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1882 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 153590 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 55046 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6NNF | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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