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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vej | |||||||||||||||||||||
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タイトル | TriABC transporter from Pseudomonas aeruginosa | |||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN / RND transporter / Pseudomonas aeruginosa / transmembrane / TriABC / TriC / PMF / cryoEM | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 efflux pump complex / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / cell division / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Sygusch, J. / Fabre, L. / Rouiller, I. / Bhattacharyya, S. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | カナダ, 米国, オーストラリア, 6件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2021 タイトル: A "Drug Sweeping" State of the TriABC Triclosan Efflux Pump from Pseudomonas aeruginosa. 著者: Lucien Fabre / Abigail T Ntreh / Amira Yazidi / Inga V Leus / Jon W Weeks / Sudipta Bhattacharyya / Jakob Ruickoldt / Isabelle Rouiller / Helen I Zgurskaya / Jurgen Sygusch / 要旨: The structure of the TriABC inner membrane component of the triclosan/SDS-specific efflux pump from Pseudomonas aeruginosa was determined by cryoelectron microscopy to 4.5 Å resolution. The ...The structure of the TriABC inner membrane component of the triclosan/SDS-specific efflux pump from Pseudomonas aeruginosa was determined by cryoelectron microscopy to 4.5 Å resolution. The complete structure of the inner membrane transporter TriC of the resistance-nodulation-division (RND) superfamily was solved, including a partial structure of the fused periplasmic membrane fusion subunits, TriA and TriB. The substrate-free conformation of TriABC represents an intermediate step in efflux complex assembly before the engagement of the outer membrane channel. Structural analysis identified a tunnel network whose constriction impedes substrate efflux, indicating inhibition of TriABC in the unengaged state. Blind docking studies revealed binding to TriC at the same loci by substrates and bulkier non-substrates. Together with functional analyses, we propose that selective substrate translocation involves conformational gating at the tunnel narrowing that, together with conformational ordering of TriA and TriB, creates an engaged state capable of mediating substrate efflux. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6vej.cif.gz | 649.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6vej.ent.gz | 538.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6vej.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6vej_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6vej_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6vej_validation.xml.gz | 109.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6vej_validation.cif.gz | 157.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/6vej ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/6vej | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 21363MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10128 (タイトル: A "drug sweeping" state of the TriABC triclosan efflux pump from Pseudomonas aeruginosa Data size: 238.7 Data #1: Unaligned multi-frame micrographs [micrographs - multiframe] Data #2: Single particles stacks with polished particles [picked particles - multiframe - processed] Data #3: Relion repertory of the final refinement with a symmetry C3 [picked particles - single frame - processed] Data #4: Relion repertory of the final refinement with no symmetry [picked particles - multiframe - processed]) |
実験データセット #1 | データ参照: 10.6019/EMPIAR-10128 / データの種類: EMPIAR |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 112962.609 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA0158 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I6X4*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 74070.781 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA0156, PA0157 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I6X6, UniProt: Q9I6X5 #3: 糖 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: TriABC / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.560 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 詳細: 100 mM Tris HCl (pH 8.0), 150 mM NaCl, 1 mM PMSF, 0.03% (w/v) DDM. |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GRAPHENE OXIDE / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 75000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1600 nm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3483 詳細: 1084 images kept for single particle analysis after exclusion of images that had no graphene oxide and proteins. |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 35530 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 35220 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL 詳細: Subunits A-C were modeled by I-TASSER using CusA (3NE5) and then fitted into the EM density and refined with Phenix and model rebuilt using Coot. The N-terminal regions of subunits P-R were ...詳細: Subunits A-C were modeled by I-TASSER using CusA (3NE5) and then fitted into the EM density and refined with Phenix and model rebuilt using Coot. The N-terminal regions of subunits P-R were modeled by I-TASSER based on MP domain of 3LNN while C-terminal regions of subunits P-R were modelled based on MP domain of 2V4D and similarly refined and model rebuilt. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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