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- PDB-6v5b: Human Drosha and DGCR8 in complex with Primary MicroRNA (MP/RNA c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v5b
タイトルHuman Drosha and DGCR8 in complex with Primary MicroRNA (MP/RNA complex) - Active state
要素
  • Microprocessor complex subunit DGCR8
  • Pri-miR-16-2 (78-MER)
  • Ribonuclease 3
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Microprocessor / Drosha / DGCR8 / Primary MicroRNA / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of pre-miRNA processing / regulation of miRNA metabolic process / protein-RNA adaptor activity / DEAD/H-box RNA helicase binding / regulation of regulatory T cell differentiation / primary miRNA binding / Transcriptional Regulation by MECP2 / ribonuclease III / miRNA metabolic process / primary miRNA processing ...positive regulation of pre-miRNA processing / regulation of miRNA metabolic process / protein-RNA adaptor activity / DEAD/H-box RNA helicase binding / regulation of regulatory T cell differentiation / primary miRNA binding / Transcriptional Regulation by MECP2 / ribonuclease III / miRNA metabolic process / primary miRNA processing / regulation of stem cell proliferation / ribonuclease III activity / microprocessor complex / pre-miRNA processing / MicroRNA (miRNA) biogenesis / SMAD binding / R-SMAD binding / lipopolysaccharide binding / rRNA processing / double-stranded RNA binding / site of double-strand break / protein-macromolecule adaptor activity / regulation of inflammatory response / defense response to Gram-negative bacterium / postsynaptic density / nuclear body / defense response to Gram-positive bacterium / DNA damage response / glutamatergic synapse / heme binding / positive regulation of gene expression / nucleolus / protein homodimerization activity / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNase III, double-stranded RNA binding domain, animal / Microprocessor complex subunit DGCR8 / Ribonuclease-III-like / Ribonuclease III / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Double-stranded RNA binding motif ...RNase III, double-stranded RNA binding domain, animal / Microprocessor complex subunit DGCR8 / Ribonuclease-III-like / Ribonuclease III / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Microprocessor complex subunit DGCR8 / Ribonuclease 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Partin, A. / Zhang, K. / Jeong, B. / Herrell, E. / Li, S. / Chiu, W. / Nam, Y.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103832 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM079429 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10OD021600 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM122960 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM Structures of Human Drosha and DGCR8 in Complex with Primary MicroRNA.
著者: Alexander C Partin / Kaiming Zhang / Byung-Cheon Jeong / Emily Herrell / Shanshan Li / Wah Chiu / Yunsun Nam /
要旨: Metazoan microRNAs require specific maturation steps initiated by Microprocessor, comprising Drosha and DGCR8. Lack of structural information for the assembled complex has hindered an understanding ...Metazoan microRNAs require specific maturation steps initiated by Microprocessor, comprising Drosha and DGCR8. Lack of structural information for the assembled complex has hindered an understanding of how Microprocessor recognizes primary microRNA transcripts (pri-miRNAs). Here we present a cryoelectron microscopy structure of human Microprocessor with a pri-miRNA docked in the active site, poised for cleavage. The basal junction is recognized by a four-way intramolecular junction in Drosha, triggered by the Belt and Wedge regions that clamp over the ssRNA. The belt is important for efficiency and accuracy of pri-miRNA processing. Two dsRBDs form a molecular ruler to measure the stem length between the two dsRNA-ssRNA junctions. The specific organization of the dsRBDs near the apical junction is independent of Drosha core domains, as observed in a second structure in the partially docked state. Collectively, we derive a molecular model to explain how Microprocessor recognizes a pri-miRNA and accurately identifies the cleavage site.
履歴
登録2019年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_last
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21051
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease 3
C: Microprocessor complex subunit DGCR8
B: Microprocessor complex subunit DGCR8
D: Pri-miR-16-2 (78-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)273,2997
ポリマ－273,1284
非ポリマー1713
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease 3 / Protein Drosha / Ribonuclease III / RNase III / p241


分子量: 118379.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DROSHA, RN3, RNASE3L, RNASEN
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: Q9NRR4, ribonuclease III
#2: タンパク質 Microprocessor complex subunit DGCR8 / DiGeorge syndrome critical region 8


分子量: 60550.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DGCR8, C22orf12, DGCRK6, LP4941
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q8WYQ5
#3: RNA鎖 Pri-miR-16-2 (78-MER)


分子量: 33646.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Transcription vector pUC18-pES2 (その他) / 参照: GenBank: 21206011
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human Drosha and DGCR8 in complex with Primary MicroRNA (MP/RNA complex) - Active state
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.35 MDaYES
210.040 MDaYES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.1
試料濃度: 4.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Human Drosha and DGCR8 in complex with Primary MicroRNA (MP/RNA complex) - Active state
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R3.5/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1300 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 46.8 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 8 / 実像数: 12681
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 30 / 利用したフレーム数/画像: 1-30

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7UCSF Chimera1.13.1モデルフィッティング
9PHENIX1.14モデル精密化
10RELION3.0.2初期オイラー角割当
11RELION3.0.2最終オイラー角割当
12RELION3.0.2分類
13cryoSPARC2.0.5３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1385678
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 505640 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d117929
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.6727739
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0562012
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0072022

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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