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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6u5z | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of E. coli LonA S679A | |||||||||
要素 | Lon protease | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / Lon protease / hexamer | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endopeptidase La / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / response to X-ray / peptidase activity / cellular response to heat / response to heat / sequence-specific DNA binding / serine-type endopeptidase activity / ATP hydrolysis activity ...endopeptidase La / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / response to X-ray / peptidase activity / cellular response to heat / response to heat / sequence-specific DNA binding / serine-type endopeptidase activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / DNA binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Botos, I. / Lountos, G.T. / Weimin, W. / Wlodawer, A. | |||||||||
資金援助 | 米国, ロシア, 2件
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引用 | ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM structure of substrate-free E. coli Lon protease provides insights into the dynamics of Lon machinery 著者: Botos, I. / Lountos, G.T. / Weimin, W. / Cherry, S. / Ghirlando, R. / Kudzhaev, A.M. / Rotanova, T.V. / de Val, N. / Tropea, J. / Gustchina, A. / Wlodawer, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6u5z.cif.gz | 540.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6u5z.ent.gz | 455.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6u5z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6u5z_validation.pdf.gz | 867.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6u5z_full_validation.pdf.gz | 892.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6u5z_validation.xml.gz | 81.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6u5z_validation.cif.gz | 121.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/6u5z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/6u5z | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 87546.266 Da / 分子数: 6 / 変異: S679A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: lon, ACN002_0456, CV83915_01127, ECs0493, EL75_3311, EL80_3360 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: C3TLS2, UniProt: P0A9M0*PLUS, endopeptidase La |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: ATP-dependent protease La / タイプ: COMPLEX / 詳細: S679A mutant / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.087 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.2 |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 889189 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 274765 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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