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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6u0h | ||||||||||||
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タイトル | Tubulin lattice of the ciliary doublet microtubule from Tetrahymena thermophila | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / cilia / doublet / axoneme / microtubule inner protein | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / mitotic cell cycle / microtubule / hydrolase activity / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Tetrahymena thermophila (真核生物) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Ichikawa, M. / Khalifa, A.A.Z. / Vargas, J. / Basu, K. / Bui, K.H. | ||||||||||||
資金援助 | カナダ, 3件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019 タイトル: Tubulin lattice in cilia is in a stressed form regulated by microtubule inner proteins. 著者: Muneyoshi Ichikawa / Ahmad Abdelzaher Zaki Khalifa / Shintaroh Kubo / Daniel Dai / Kaustuv Basu / Mohammad Amin Faghfor Maghrebi / Javier Vargas / Khanh Huy Bui / 要旨: Cilia, the hair-like protrusions that beat at high frequencies to propel a cell or move fluid around are composed of radially bundled doublet microtubules. In this study, we present a near-atomic ...Cilia, the hair-like protrusions that beat at high frequencies to propel a cell or move fluid around are composed of radially bundled doublet microtubules. In this study, we present a near-atomic resolution map of the doublet microtubule by cryoelectron microscopy. The map demonstrates that the network of microtubule inner proteins weaves into the tubulin lattice and forms an inner sheath. From mass spectrometry data and de novo modeling, we identified Rib43a proteins as the filamentous microtubule inner proteins in the protofilament ribbon region. The Rib43a-tubulin interaction leads to an elongated tubulin dimer distance every 2 dimers. In addition, the tubulin lattice structure with missing microtubule inner proteins (MIPs) by sarkosyl treatment shows significant longitudinal compaction and lateral angle change between protofilaments. These results are evidence that the MIPs directly affect and stabilize the tubulin lattice. It suggests that the doublet microtubule is an intrinsically stressed filament and that this stress could be manipulated in the regulation of ciliary waveforms. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6u0h.cif.gz | 170.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6u0h.ent.gz | 134.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6u0h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6u0h_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6u0h_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6u0h_validation.xml.gz | 40.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6u0h_validation.cif.gz | 58.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/6u0h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/6u0h | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 138
2 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: C1 (非対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49639.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Tetrahymena thermophila (真核生物) 発現宿主: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: P41351 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 49617.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Tetrahymena thermophila (真核生物) 遺伝子: BTU1, BTU2 / 発現宿主: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: P41352 |
#3: 化合物 | ChemComp-GTP / |
#4: 化合物 | ChemComp-MG / |
#5: 化合物 | ChemComp-GDP / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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緩衝液 | pH: 7.4 | |||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | |||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: Blot force 3 for 5 seconds |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 59000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.4 sec. / 電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 5983 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 7 / 利用したフレーム数/画像: 1-7 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 60386 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 60386 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 詳細: Relion Gold Standard Refinement / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 190 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL |