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万見
- PDB-6ty4: FAK structure with AMP-PNP from single particle analysis of 2D cr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ty4
タイトルFAK structure with AMP-PNP from single particle analysis of 2D crystals
要素Focal adhesion kinase 1
キーワードCELL ADHESION / Kinase / Focal Adhesion / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


Apoptotic cleavage of cellular proteins / NCAM signaling for neurite out-growth / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / RAF/MAP kinase cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / radial glia-guided pyramidal neuron migration / negative regulation of protein autophosphorylation / calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / positive regulation of substrate-dependent cell migration, cell attachment to substrate / Integrin signaling ...Apoptotic cleavage of cellular proteins / NCAM signaling for neurite out-growth / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / RAF/MAP kinase cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / radial glia-guided pyramidal neuron migration / negative regulation of protein autophosphorylation / calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / positive regulation of substrate-dependent cell migration, cell attachment to substrate / Integrin signaling / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / DCC mediated attractive signaling / MET activates PTK2 signaling / Extra-nuclear estrogen signaling / EPHB-mediated forward signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / VEGFA-VEGFR2 Pathway / angiogenesis involved in wound healing / signal complex assembly / response to pH / negative regulation of cell-substrate adhesion / wound healing, spreading of cells / positive regulation of focal adhesion assembly / negative regulation of anoikis / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / regulation of cell adhesion / response to muscle stretch / ciliary basal body / molecular function activator activity / actin filament organization / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / sarcolemma / integrin binding / positive regulation of protein binding / cell cortex / protein tyrosine kinase activity / protease binding / protein autophosphorylation / dendritic spine / positive regulation of cell migration / focal adhesion / centrosome / positive regulation of cell population proliferation / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Focal adhesion kinase, targeting (FAT) domain / Focal adhesion kinase, targeting (FAT) domain superfamily / Focal adhesion kinase, N-terminal / FAK1/PYK2, FERM domain C-lobe / Focal adhesion targeting region / FERM N-terminal domain / : / FAK1/PYK2, FERM domain C-lobe / FERM domain signature 2. / FERM central domain ...Focal adhesion kinase, targeting (FAT) domain / Focal adhesion kinase, targeting (FAT) domain superfamily / Focal adhesion kinase, N-terminal / FAK1/PYK2, FERM domain C-lobe / Focal adhesion targeting region / FERM N-terminal domain / : / FAK1/PYK2, FERM domain C-lobe / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Focal adhesion kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.96 Å
データ登録者Acebron, I. / Righetto, R. / Biyani, N. / Chami, M. / Boskovic, J. / Stahlberg, H. / Lietha, D.
資金援助 スペイン, スイス, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities スペイン
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2020
タイトル: Structural basis of Focal Adhesion Kinase activation on lipid membranes.
著者: Iván Acebrón / Ricardo D Righetto / Christina Schoenherr / Svenja de Buhr / Pilar Redondo / Jayne Culley / Carlos F Rodríguez / Csaba Daday / Nikhil Biyani / Oscar Llorca / Adam Byron / ...著者: Iván Acebrón / Ricardo D Righetto / Christina Schoenherr / Svenja de Buhr / Pilar Redondo / Jayne Culley / Carlos F Rodríguez / Csaba Daday / Nikhil Biyani / Oscar Llorca / Adam Byron / Mohamed Chami / Frauke Gräter / Jasminka Boskovic / Margaret C Frame / Henning Stahlberg / Daniel Lietha /
要旨: Focal adhesion kinase (FAK) is a key component of the membrane proximal signaling layer in focal adhesion complexes, regulating important cellular processes, including cell migration, proliferation, ...Focal adhesion kinase (FAK) is a key component of the membrane proximal signaling layer in focal adhesion complexes, regulating important cellular processes, including cell migration, proliferation, and survival. In the cytosol, FAK adopts an autoinhibited state but is activated upon recruitment into focal adhesions, yet how this occurs or what induces structural changes is unknown. Here, we employ cryo-electron microscopy to reveal how FAK associates with lipid membranes and how membrane interactions unlock FAK autoinhibition to promote activation. Intriguingly, initial binding of FAK to the membrane causes steric clashes that release the kinase domain from autoinhibition, allowing it to undergo a large conformational change and interact itself with the membrane in an orientation that places the active site toward the membrane. In this conformation, the autophosphorylation site is exposed and multiple interfaces align to promote FAK oligomerization on the membrane. We show that interfaces responsible for initial dimerization and membrane attachment are essential for FAK autophosphorylation and resulting cellular activity including cancer cell invasion, while stable FAK oligomerization appears to be needed for optimal cancer cell proliferation in an anchorage-independent manner. Together, our data provide structural details of a key membrane bound state of FAK that is primed for efficient autophosphorylation and activation, hence revealing the critical event in integrin mediated FAK activation and signaling at focal adhesions.
履歴
登録2020年1月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-10616
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10616
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Focal adhesion kinase 1
B: Focal adhesion kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,0146
ポリマ－150,9532
非ポリマー1,0614
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area5670 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area63600 Å2

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要素

#1: タンパク質 Focal adhesion kinase 1 / FADK 1 / Focal adhesion kinase-related nonkinase / p41/p43FRNK / Protein-tyrosine kinase 2 / ...FADK 1 / Focal adhesion kinase-related nonkinase / p41/p43FRNK / Protein-tyrosine kinase 2 / p125FAK / pp125FAK


分子量: 75476.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: PTK2, FAK, FAK1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q00944, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: 2D ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Focal adhesion kinase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.15 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 5.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ詳細
2SerialEM画像取得
7iMODFITモデルフィッティング
12cryoSPARC３次元再構成Single-particle reconstruction carried out in cryoSPARC with final CTF refinement carried out in cisTEM.
19PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 5.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 548394 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / PDB chain-ID: A / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDAccession codeInitial refinement model-IDPdb chain residue range
12AEH

2aeh

2AEH133-363
21MP8

1mp8

1MP82414-686
32J0J

2j0j

2J0J31260-1260

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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