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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tqo | ||||||
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タイトル | rrn anti-termination complex | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / rrn / anti-termination complex / RNAP / Nus factors / SuhB / S4 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glycerol-2-phosphatase activity / : / lithium ion binding / inositol-phosphate phosphatase / inositol monophosphate 3-phosphatase activity / inositol monophosphate 4-phosphatase activity / inositol monophosphate 1-phosphatase activity / DNA-templated transcription elongation / inositol metabolic process / rRNA primary transcript binding ...glycerol-2-phosphatase activity / : / lithium ion binding / inositol-phosphate phosphatase / inositol monophosphate 3-phosphatase activity / inositol monophosphate 4-phosphatase activity / inositol monophosphate 1-phosphatase activity / DNA-templated transcription elongation / inositol metabolic process / rRNA primary transcript binding / RNA polymerase complex / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / transcription antitermination factor activity, RNA binding / protein complex oligomerization / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / ribonucleoside binding / mRNA 5'-UTR binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / ribosomal small subunit biogenesis / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / response to heat / cytosolic small ribosomal subunit / protein-containing complex assembly / cytoplasmic translation / intracellular iron ion homeostasis / tRNA binding / protein dimerization activity / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / response to antibiotic / nucleotide binding / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / signal transduction / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | Huang, Y.H. / Wahl, M.C. / Loll, B. / Hilal, T. / Said, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020 タイトル: Structure-Based Mechanisms of a Molecular RNA Polymerase/Chaperone Machine Required for Ribosome Biosynthesis. 著者: Yong-Heng Huang / Tarek Hilal / Bernhard Loll / Jörg Bürger / Thorsten Mielke / Christoph Böttcher / Nelly Said / Markus C Wahl / 要旨: Bacterial ribosomal RNAs are synthesized by a dedicated, conserved transcription-elongation complex that transcribes at high rates, shields RNA polymerase from premature termination, and supports co- ...Bacterial ribosomal RNAs are synthesized by a dedicated, conserved transcription-elongation complex that transcribes at high rates, shields RNA polymerase from premature termination, and supports co-transcriptional RNA folding, modification, processing, and ribosomal subunit assembly by presently unknown mechanisms. We have determined cryo-electron microscopy structures of complete Escherichia coli ribosomal RNA transcription elongation complexes, comprising RNA polymerase; DNA; RNA bearing an N-utilization-site-like anti-termination element; Nus factors A, B, E, and G; inositol mono-phosphatase SuhB; and ribosomal protein S4. Our structures and structure-informed functional analyses show that fast transcription and anti-termination involve suppression of NusA-stabilized pausing, enhancement of NusG-mediated anti-backtracking, sequestration of the NusG C-terminal domain from termination factor ρ, and the ρ blockade. Strikingly, the factors form a composite RNA chaperone around the RNA polymerase RNA-exit tunnel, which supports co-transcriptional RNA folding and annealing of distal RNA regions. Our work reveals a polymerase/chaperone machine required for biosynthesis of functional ribosomes. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6tqo.cif.gz | 919.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6tqo.ent.gz | 734.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6tqo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6tqo_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6tqo_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6tqo_validation.xml.gz | 148.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6tqo_validation.cif.gz | 229 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/6tqo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/6tqo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 TSB
#1: タンパク質 | 分子量: 29066.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: B9S25_006930 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5B7PBT3, UniProt: P0ADG4*PLUS |
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#2: タンパク質 | 分子量: 29537.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: suhB, ssyA, b2533, JW2517 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADG4, inositol-phosphate phosphatase |
#4: タンパク質 | 分子量: 15838.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli / 遺伝子: nusB, CCU01_023355 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4P8C5Y7, UniProt: P0A780*PLUS |
-Transcription termination/antitermination protein ... , 2種, 2分子 AG
#3: タンパク質 | 分子量: 55030.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: nusA, CCU01_003250 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4P8BVH6, UniProt: P0AFF6*PLUS |
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#6: タンパク質 | 分子量: 20817.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: nusG, HMPREF1611_01657 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: V0ZS55, UniProt: P0AFG0*PLUS |
-30S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 EC
#5: タンパク質 | 分子量: 12012.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsJ, AD31_3986 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A073G203, UniProt: P0A7R5*PLUS |
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#11: タンパク質 | 分子量: 23656.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsD, EC23916_1156 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I2X692, UniProt: P0A7V8*PLUS |
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 UVWXY
#7: タンパク質 | 分子量: 36558.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoA, pez, phs, sez, b3295, JW3257 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Z4, DNA-directed RNA polymerase #8: タンパク質 | | 分子量: 10249.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoZ, b3649, JW3624 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A800, DNA-directed RNA polymerase #9: タンパク質 | | 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoB, Z5560, ECs4910 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P0A8V4, UniProt: P0A8V2*PLUS, DNA-directed RNA polymerase #10: タンパク質 | | 分子量: 156748.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoC, A1WS_04718 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: S1HM87, UniProt: P0A8T7*PLUS, DNA-directed RNA polymerase |
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-RNA鎖 , 1種, 1分子 R
#12: RNA鎖 | 分子量: 27435.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 LK
#13: DNA鎖 | 分子量: 10645.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) |
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#14: DNA鎖 | 分子量: 10821.972 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) |
-非ポリマー , 2種, 5分子
#15: 化合物 | #16: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 670 kDa/nm / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 31000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 33821 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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