+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tqf | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The structure of ABC transporter Rv1819c in AMP-PNP bound state | ||||||
![]() | ABC transporter ATP-binding protein/permease | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / cobalamin / vitamin B12 / ABC transporter / exporter fold / import / tuberculosis | ||||||
機能・相同性 | ![]() long-chain fatty acid import into peroxisome / very long-chain fatty acid catabolic process / peroxisome organization / response to host immune response / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / peroxisomal membrane / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / fatty acid beta-oxidation / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity ...long-chain fatty acid import into peroxisome / very long-chain fatty acid catabolic process / peroxisome organization / response to host immune response / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / peroxisomal membrane / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / fatty acid beta-oxidation / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / ATP hydrolysis activity / extracellular region / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
![]() | Rempel, S. / Gati, C. / Slotboom, D.J. / Guskov, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A mycobacterial ABC transporter mediates the uptake of hydrophilic compounds. 著者: S Rempel / C Gati / M Nijland / C Thangaratnarajah / A Karyolaimos / J W de Gier / A Guskov / D J Slotboom / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Mycobacterium tuberculosis (Mtb) is an obligate human pathogen and the causative agent of tuberculosis. Although Mtb can synthesize vitamin B (cobalamin) de novo, uptake of cobalamin has been linked ...Mycobacterium tuberculosis (Mtb) is an obligate human pathogen and the causative agent of tuberculosis. Although Mtb can synthesize vitamin B (cobalamin) de novo, uptake of cobalamin has been linked to pathogenesis of tuberculosis. Mtb does not encode any characterized cobalamin transporter; however, the gene rv1819c was found to be essential for uptake of cobalamin. This result is difficult to reconcile with the original annotation of Rv1819c as a protein implicated in the transport of antimicrobial peptides such as bleomycin. In addition, uptake of cobalamin seems inconsistent with the amino acid sequence, which suggests that Rv1819c has a bacterial ATP-binding cassette (ABC)-exporter fold. Here, we present structures of Rv1819c, which reveal that the protein indeed contains the ABC-exporter fold, as well as a large water-filled cavity of about 7,700 Å, which enables the protein to transport the unrelated hydrophilic compounds bleomycin and cobalamin. On the basis of these structures, we propose that Rv1819c is a multi-solute transporter for hydrophilic molecules, analogous to the multidrug exporters of the ABC transporter family, which pump out structurally diverse hydrophobic compounds from cells. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 236.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 191.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 39.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 59.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 72422.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: yddA, yddA_3, DSI35_15825, ERS007665_02362, ERS007670_02474, ERS023446_03427, ERS027651_03600, ERS027652_02163, ERS027654_01933, ERS027656_03005, ERS027659_02286, ERS027661_01835, ...遺伝子: yddA, yddA_3, DSI35_15825, ERS007665_02362, ERS007670_02474, ERS023446_03427, ERS027651_03600, ERS027652_02163, ERS027654_01933, ERS027656_03005, ERS027659_02286, ERS027661_01835, ERS027666_01377, ERS124361_03074, EZX46_07135, FDK60_09470, SAMEA2682835_03741, SAMEA2682864_01404, SAMEA2683035_00870 発現宿主: ![]() ![]() #2: 糖 | ChemComp-LMT / #3: 化合物 | #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: dimer of Rv1819c / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 6.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: OTHER |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-
解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 314691 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|