+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tfk | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Vip3Aa toxin structure | ||||||||||||||||||
要素 | Vegetative insecticidal protein | ||||||||||||||||||
キーワード | TOXIN / Vip3Aa / beta prism / insecticidal protein / Vip3 | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | Vegetative insecticide protein 3 / Vegetative insecticide protein 3A N terminal / Carbohydrate-binding, CenC-like / Carbohydrate binding domain / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / Galactose-binding-like domain superfamily / Vegetative insecticidal protein 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||
生物種 | Bacillus thuringiensis (バクテリア) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Nunez-Ramirez, R. / Huesa, J. / Bel, Y. / Ferre, J. / Casino, P. / Arias-Palomo, E. | ||||||||||||||||||
資金援助 | スペイン, 5件
| ||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Molecular architecture and activation of the insecticidal protein Vip3Aa from Bacillus thuringiensis. 著者: Rafael Núñez-Ramírez / Juanjo Huesa / Yolanda Bel / Juan Ferré / Patricia Casino / Ernesto Arias-Palomo / 要旨: Bacillus thuringiensis Vip3 (Vegetative Insecticidal Protein 3) toxins are widely used in biotech crops to control Lepidopteran pests. These proteins are produced as inactive protoxins that need to ...Bacillus thuringiensis Vip3 (Vegetative Insecticidal Protein 3) toxins are widely used in biotech crops to control Lepidopteran pests. These proteins are produced as inactive protoxins that need to be activated by midgut proteases to trigger cell death. However, little is known about their three-dimensional organization and activation mechanism at the molecular level. Here, we have determined the structures of the protoxin and the protease-activated state of Vip3Aa at 2.9 Å using cryo-electron microscopy. The reconstructions show that the protoxin assembles into a pyramid-shaped tetramer with the C-terminal domains exposed to the solvent and the N-terminal region folded into a spring-loaded apex that, after protease activation, drastically remodels into an extended needle by a mechanism akin to that of influenza haemagglutinin. These results provide the molecular basis for Vip3 activation and function, and serves as a strong foundation for the development of more efficient insecticidal proteins. | ||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6tfk.cif.gz | 902 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6tfk.ent.gz | 744.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6tfk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6tfk_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6tfk_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6tfk_validation.xml.gz | 80.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6tfk_validation.cif.gz | 121.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/6tfk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/6tfk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 88762.805 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The sample was activated by trypsin digestion 由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis (バクテリア) 遺伝子: vip3LB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58XI2 #2: 化合物 | ChemComp-MG / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Vip3Aa toxin / タイプ: COMPLEX / 詳細: The protein was activated by trypsin digestion / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 値: 0.35 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Bacillus thuringiensis (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 92303 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL 詳細: The atomic coordinates were manually modeled de novo in the cryo-EM map using Coot, and then subjected to iterative rounds of real space refinement using Phenix | ||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 90.69 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|