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万見
- PDB-6tb4: Structure of SAGA bound to TBP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tb4
タイトルStructure of SAGA bound to TBP
要素
  • (Subunit of the SAGA ...) x 2
  • (Transcriptional ...) x 2
  • SAGA-associated factor 73 (Sgf73)
  • Spt20
  • Subunit (17 kDa) of TFIID and SAGA complexes, involved in RNA polymerase II transcription initiation
  • Subunit (60 kDa) of TFIID and SAGA complexes
  • Subunit (61/68 kDa) of TFIID and SAGA complexes
  • Subunit (90 kDa) of TFIID and SAGA complexes
  • TATA-box Binding Protein (TBP)
  • Transcription initiation factor TFIID subunit 10
  • Transcription-associated protein
キーワードTRANSCRIPTION / Transcriptional co-activator / Histone-acetylation
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase I transcription regulator complex / regulation of cellular biosynthetic process / regulation of primary metabolic process / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / SLIK (SAGA-like) complex / SAGA complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription factor TFIID complex ...RNA polymerase I transcription regulator complex / regulation of cellular biosynthetic process / regulation of primary metabolic process / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / SLIK (SAGA-like) complex / SAGA complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / TBP-class protein binding / promoter-specific chromatin binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription coregulator activity / chromatin organization / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / molecular adaptor activity / transcription coactivator activity / protein heterodimerization activity / DNA repair / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / structural molecule activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcriptional activator Spt7 / Transcriptional coactivator Hfi1/Transcriptional adapter 1 / Transcriptional regulator of RNA polII, SAGA, subunit / Transcription factor Spt20 / Spt20-like, SEP domain / Spt20, SEP domain / SAGA-associated factor 73 / SCA7 domain / SCA7, zinc-binding domain / SCA7 domain profile. ...Transcriptional activator Spt7 / Transcriptional coactivator Hfi1/Transcriptional adapter 1 / Transcriptional regulator of RNA polII, SAGA, subunit / Transcription factor Spt20 / Spt20-like, SEP domain / Spt20, SEP domain / SAGA-associated factor 73 / SCA7 domain / SCA7, zinc-binding domain / SCA7 domain profile. / Tra1, HEAT repeat ring region / Tra1, HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat ring region / LisH / TATA-Binding Protein / Transcription initiation factor IID, subunit 13 / Transcription initiation factor IID, 18kD subunit / Transcription initiation factor IID, 31kD subunit / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Transcription initiation factor TFIID subunit A / TFIID subunit TAF5, NTD2 domain superfamily / WD40 associated region in TFIID subunit, NTD2 domain / Transcription initiation factor TAFII31 / TAF6, C-terminal HEAT repeat domain superfamily / TATA box binding protein associated factor (TAF) / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 domain / TFIID subunit TAF5, NTD2 domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / TAF6 C-terminal HEAT repeat domain / TAF6, C-terminal HEAT repeat domain / Transcription initiation factor TFIID 23-30kDa subunit / Transcription initiation factor TFIID, 23-30kDa subunit / Lissencephaly type-1-like homology motif / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-Binding Protein / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / TBP domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone-fold / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Subunit (60 kDa) of TFIID and SAGA complexes / Transcription initiation factor TFIID subunit 10 / TATA-binding protein, general transcription factor / Transcription-associated protein / Spt20-like SEP domain-containing protein / Subunit of SAGA histone acetyltransferase complex / Transcriptional coactivator HFI1/ADA1 / Transcription initiation factor TFIID subunit 9 / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Subunit of the SAGA and SAGA-like transcriptional regulatory complexes, interacts with Spt15p to act ...Subunit (60 kDa) of TFIID and SAGA complexes / Transcription initiation factor TFIID subunit 10 / TATA-binding protein, general transcription factor / Transcription-associated protein / Spt20-like SEP domain-containing protein / Subunit of SAGA histone acetyltransferase complex / Transcriptional coactivator HFI1/ADA1 / Transcription initiation factor TFIID subunit 9 / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Subunit of the SAGA and SAGA-like transcriptional regulatory complexes, interacts with Spt15p to act / Transcription initiation factor TFIID subunit 5 / Subunit of the SAGA transcriptional regulatory complex, involved in proper assembly of the complex
類似検索 - 構成要素
生物種Komagataella phaffii (菌類)
Komagataella phaffii GS115 (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Papai, G. / Frechard, A. / Kolesnikova, O. / Crucifix, C. / Schultz, P. / Ben-Shem, A.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-15-CE11-0022-01 フランス
French National Research AgencyANR-10-LABX-0030-INRT フランス
French National Research AgencyANR-10-IDEX-0002-02 フランス
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Structure of SAGA and mechanism of TBP deposition on gene promoters.
著者: Gabor Papai / Alexandre Frechard / Olga Kolesnikova / Corinne Crucifix / Patrick Schultz / Adam Ben-Shem /
要旨: SAGA (Spt-Ada-Gcn5-acetyltransferase) is a 19-subunit complex that stimulates transcription via two chromatin-modifying enzymatic modules and by delivering the TATA box binding protein (TBP) to ...SAGA (Spt-Ada-Gcn5-acetyltransferase) is a 19-subunit complex that stimulates transcription via two chromatin-modifying enzymatic modules and by delivering the TATA box binding protein (TBP) to nucleate the pre-initiation complex on DNA, a pivotal event in the expression of protein-encoding genes. Here we present the structure of yeast SAGA with bound TBP. The core of the complex is resolved at 3.5 Å resolution (0.143 Fourier shell correlation). The structure reveals the intricate network of interactions that coordinate the different functional domains of SAGA and resolves an octamer of histone-fold domains at the core of SAGA. This deformed octamer deviates considerably from the symmetrical analogue in the nucleosome and is precisely tuned to establish a peripheral site for TBP, where steric hindrance represses binding of spurious DNA. Complementary biochemical analysis points to a mechanism for TBP delivery and release from SAGA that requires transcription factor IIA and whose efficiency correlates with the affinity of DNA to TBP. We provide the foundations for understanding the specific delivery of TBP to gene promoters and the multiple roles of SAGA in regulating gene expression.
履歴
登録2019年10月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年6月30日Group: Source and taxonomy
カテゴリ: em_entity_assembly_naturalsource / entity_src_gen / entity_src_nat
Item: _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id / _em_entity_assembly_naturalsource.organism ..._em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id / _em_entity_assembly_naturalsource.organism / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific / _entity_src_nat.strain
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10438
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
M: TATA-box Binding Protein (TBP)
A: Transcriptional coactivator HFI1/ADA1
C: SAGA-associated factor 73 (Sgf73)
F: Spt20
D: Subunit of the SAGA and SAGA-like transcriptional regulatory complexes, interacts with Spt15p to act
E: Subunit of the SAGA transcriptional regulatory complex, involved in proper assembly of the complex
J: Transcription initiation factor TFIID subunit 10
K: Subunit (61/68 kDa) of TFIID and SAGA complexes
G: Subunit (90 kDa) of TFIID and SAGA complexes
H: Subunit (60 kDa) of TFIID and SAGA complexes
I: Subunit (17 kDa) of TFIID and SAGA complexes, involved in RNA polymerase II transcription initiation
L: Transcription-associated protein
B: Transcriptional adapter 3 (Ada3)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,080,38013
ポリマ－1,080,38013
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area68760 Å2
ΔGint-374 kcal/mol
Surface area248140 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 9種, 9分子 MCFJKGHIL

#1: タンパク質 TATA-box Binding Protein (TBP)


分子量: 26931.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: C4QXP3*PLUS
#3: タンパク質 SAGA-associated factor 73 (Sgf73)


分子量: 79995.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4QZ39*PLUS
#4: タンパク質 Spt20


分子量: 59530.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4QZ05
#7: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 10


分子量: 23879.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4QXP2
#8: タンパク質 Subunit (61/68 kDa) of TFIID and SAGA complexes


分子量: 66690.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R150
#9: タンパク質 Subunit (90 kDa) of TFIID and SAGA complexes


分子量: 80933.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R4L4
#10: タンパク質 Subunit (60 kDa) of TFIID and SAGA complexes


分子量: 54888.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4QW33
#11: タンパク質 Subunit (17 kDa) of TFIID and SAGA complexes, involved in RNA polymerase II transcription initiation


分子量: 17303.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4QZS5
#12: タンパク質 Transcription-associated protein


分子量: 438055.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4QYV4

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Transcriptional ... , 2種, 2分子 AB

#2: タンパク質 Transcriptional coactivator HFI1/ADA1


分子量: 49888.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4QZA3
#13: タンパク質 Transcriptional adapter 3 (Ada3)


分子量: 6485.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864

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Subunit of the SAGA ... , 2種, 2分子 DE

#5: タンパク質 Subunit of the SAGA and SAGA-like transcriptional regulatory complexes, interacts with Spt15p to act


分子量: 39030.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R3E4
#6: タンパク質 Subunit of the SAGA transcriptional regulatory complex, involved in proper assembly of the complex


分子量: 136768.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R5C7

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1SAGA bound to TBPCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2TATA-box Binding Protein (TBP)COMPLEX#11RECOMBINANT
3SAGA complexCOMPLEX#2-#131NATURAL
分子量値: 1.6 MDa / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Komagataella phaffii GS115 (菌類)644223
23Komagataella phaffii GS115 (菌類)644223
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Calibrated defocus min: 0.8 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 4.5 nm / Cs: 0.01 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 52.8 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM3.8 beta画像取得
4WarpCTF補正
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1068534
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 354104 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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