[日本語] English
万見
- PDB-6t72: Structure of the RsaA N-terminal domain bound to LPS -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t72
タイトルStructure of the RsaA N-terminal domain bound to LPS
要素S-layer protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / S-layer LPS RsaA
機能・相同性RsaA N-terminal domain / S-layer / RTX calcium-binding nonapeptide repeat / RTX calcium-binding nonapeptide repeat (4 copies) / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / calcium ion binding / extracellular region / S-layer protein
機能・相同性情報
生物種Caulobacter vibrioides CB15 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者von Kuegelgen, A. / Bharat, T.A.M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust202231/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: In Situ Structure of an Intact Lipopolysaccharide-Bound Bacterial Surface Layer.
著者: Andriko von Kügelgen / Haiping Tang / Gail G Hardy / Danguole Kureisaite-Ciziene / Yves V Brun / Phillip J Stansfeld / Carol V Robinson / Tanmay A M Bharat /
要旨: Most bacterial and all archaeal cells are encapsulated by a paracrystalline, protective, and cell-shape-determining proteinaceous surface layer (S-layer). On Gram-negative bacteria, S-layers are ...Most bacterial and all archaeal cells are encapsulated by a paracrystalline, protective, and cell-shape-determining proteinaceous surface layer (S-layer). On Gram-negative bacteria, S-layers are anchored to cells via lipopolysaccharide. Here, we report an electron cryomicroscopy structure of the Caulobacter crescentus S-layer bound to the O-antigen of lipopolysaccharide. Using native mass spectrometry and molecular dynamics simulations, we deduce the length of the O-antigen on cells and show how lipopolysaccharide binding and S-layer assembly is regulated by calcium. Finally, we present a near-atomic resolution in situ structure of the complete S-layer using cellular electron cryotomography, showing S-layer arrangement at the tip of the O-antigen. A complete atomic structure of the S-layer shows the power of cellular tomography for in situ structural biology and sheds light on a very abundant class of self-assembling molecules with important roles in prokaryotic physiology with marked potential for synthetic biology and surface-display applications.
履歴
登録2019年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月5日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp / citation / entity_src_gen
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_volume ..._chem_comp.type / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - author_defined_assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-10389
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10389
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: S-layer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1055
ポリマ－25,8201
非ポリマー2,2844
水00
1
A: S-layer protein
ヘテロ分子
x 14


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, The complex was intensively studied with native mass spectrometry. Using high energy tandem mass spectrometry the stochiometry of the complex was determined as a mixture of ...根拠: mass spectrometry, The complex was intensively studied with native mass spectrometry. Using high energy tandem mass spectrometry the stochiometry of the complex was determined as a mixture of 20 and 21 subunits of the N-terminal domain of RsaA, 6 full lipopolysaccharide molecules and 1 copy of hydrolysed polysaccharide. Submitted structure is a focussed refinement on the central 14 subunits.
  • 393 kDa, 14 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)393,46670
ポリマ－361,48514
非ポリマー31,98156
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation13
Buried area1250 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area12300 Å2

-
要素

#1: タンパク質 S-layer protein / Paracrystalline surface layer protein


分子量: 25820.354 Da / 分子数: 1 / 変異: TEV site added at the position 250 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LPS O-antigen bound to protein
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides CB15 (バクテリア)
遺伝子: rsaA, CC_1007 / 発現宿主: Caulobacter vibrioides CB15 (バクテリア) / 参照: UniProt: P35828
#2: 多糖 4-acetamido-4,6-dideoxy-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-4-acetamido-4,6-dideoxy-alpha-D-mannopyranose- ...4-acetamido-4,6-dideoxy-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-4-acetamido-4,6-dideoxy-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-4-acetamido-4,6-dideoxy-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-4-acetamido-4,6-dideoxy-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-4-acetamido-4,6-dideoxy-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-4-acetamido-4,6-dideoxy-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-4-acetamido-4,6-dideoxy-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-4-acetamido-4,6-dideoxy-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 2164.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,12,11/[a1122h-1b_1-5][a1122m-1a_1-5_4*NCC/3=O]/1-2-2-1-2-2-1-2-2-1-2-2/a3-b1_b3-c1_c3-d1_d3-e1_e3-f1_f3-g1_g3-h1_h3-i1_i3-j1_j3-k1_k3-l1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Manp]{[(3+1)][a-D-Rhap4NAc]{[(3+1)][a-D-Rhap4NAc]{[(3+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Rhap4NAc]{[(3+1)][a-D-Rhap4NAc]{[(3+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Rhap4NAc]{[(3+1)][a-D-Rhap4NAc]{[(3+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Rhap4NAc]{[(3+1)][a-D-Rhap4NAc]{}}}}}}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Structure of RsaA N-terminal domain bound to LPS / タイプ: COMPLEX / 詳細: Structure of RsaA N-terminal domain bound to LPS / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.577 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Caulobacter vibrioides CB15 (バクテリア) / 株: YB1001
緩衝液pH: 7.5
詳細: Buffer solutions were prepared fresh from sterile filtered concentrated stocksolutions. Solutions were filtered through a 0.22 um filter to avoid microbial contamination and degassed using a ...詳細: Buffer solutions were prepared fresh from sterile filtered concentrated stocksolutions. Solutions were filtered through a 0.22 um filter to avoid microbial contamination and degassed using a vacuum fold pump. The pH of the HEPES stock solution was adjusted with sodium hydroxide at 4 deg C.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMHEPESC8H18N2O4S1
2100 mMsodium chlorideNaCl1
31 mMmagnesium chlorideMgCl21
41 mMcalcium chlorideCaCl21
試料濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: RsaA N-terminal domain with LPS
試料支持詳細: 20 seconds, 15 mA / グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K
詳細: Vitrobot options: Blot time 3 seconds, Blot force -13,1, Wait time 10 seconds, Drain time 0.5 seconds,

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: EPU software
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 倍率（補正後）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: -4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1000 nm / Calibrated defocus min: -1000 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: -4000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 70 K / 最低温度: 70 K
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 43 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2422
詳細: Images were collected in movie-mode and subjected to 8 seconds of exposure where a total dose of 43 e-/A2 was applied, and 20 frames were recorded per movie.
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 20 / 利用したフレーム数/画像: 1-20

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION3粒子像選択RELION was used throughout the entire single particle analysis.
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1.13CTF補正CTFFIND was used as implemented in Relion 3.0
7Coot0.9-preモデルフィッティング
9RELION3初期オイラー角割当
10RELION3最終オイラー角割当
11RELION3分類
12RELION3３次元再構成
13REFMAC5モデル精密化
画像処理詳細: Movies were motion corrected and dose weighted with MotionCor2 (Zheng et al., 2017) implemented in Relion 3.0 (Zivanov et al., 2018). Contrast transfer functions (CTFs) of the resulting ...詳細: Movies were motion corrected and dose weighted with MotionCor2 (Zheng et al., 2017) implemented in Relion 3.0 (Zivanov et al., 2018). Contrast transfer functions (CTFs) of the resulting motion corrected micrographs were estimated using CTFFIND4 (Rohou and Grigorieff, 2015).
CTF補正詳細: RELION refinement with in-built CTF correction. The function is similar to a Wiener filter, so amplitude correction included.
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 129633
詳細: Particles were automatically picked from the motion and CTF corrected micrographs using the AutoPick function in Relion 3.0 (Zivanov et al., 2018). As particle reference a 3 dimensional ...詳細: Particles were automatically picked from the motion and CTF corrected micrographs using the AutoPick function in Relion 3.0 (Zivanov et al., 2018). As particle reference a 3 dimensional reconstruction from an earlier dataset with different pixelsize was used which was reconstructed using an unbiased subtomogram average structure of the same sample.
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 115776 / アルゴリズム: FOURIER SPACE
詳細: Particles from two main 3D classes containing 21 or 20 RsaA subunits were combined for a focused 3D auto refinement on the central 14 subunits using the output from the 3D classification as a ...詳細: Particles from two main 3D classes containing 21 or 20 RsaA subunits were combined for a focused 3D auto refinement on the central 14 subunits using the output from the 3D classification as a starting model. The final map was obtained from 115,776 particles and post-processed using a soft mask focused on the inner fourteen subunits.
クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 85.819 / プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: Best fit
詳細: The carbon backbone of the RsaA protein was manually traced through a single subunit of the cryo-EM density using Coot (Emsley et al., 2010). Initially, side chains were assigned in regions ...詳細: The carbon backbone of the RsaA protein was manually traced through a single subunit of the cryo-EM density using Coot (Emsley et al., 2010). Initially, side chains were assigned in regions with density corresponding to characteristic aromatic residues allowing us to deduce the register of the amino acid sequence in the map. Side chains for residues 2-243 of RsaA were thus assigned unambiguously and the structure was refined and manually rebuilt using Refmac5 (Murshudov et al., 2011) inside the CCP-EM (Burnley et al., 2017) software suite and Coot.

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る