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- PDB-6t34: Atomic model for Turnip mosaic virus (TuMV) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t34
タイトルAtomic model for Turnip mosaic virus (TuMV)
要素
  • Coat protein
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードVIRUS / potyvirus / virion / helical virus
機能・相同性Potyvirus coat protein / Potyvirus coat protein / viral capsid / RNA / Genome polyprotein / Genome polyprotein
機能・相同性情報
生物種Turnip mosaic virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.2 Å
データ登録者Valle, M.V. / Cuesta, R.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPGC2018-098996-B-I00 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBFU2015-66326-P スペイン
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Structure of Turnip mosaic virus and its viral-like particles.
著者: Rebeca Cuesta / Carmen Yuste-Calvo / David Gil-Cartón / Flora Sánchez / Fernando Ponz / Mikel Valle /
要旨: Turnip mosaic virus (TuMV), a potyvirus, is a flexible filamentous plant virus that displays a helical arrangement of coat protein copies (CPs) bound to the ssRNA genome. TuMV is a bona fide ...Turnip mosaic virus (TuMV), a potyvirus, is a flexible filamentous plant virus that displays a helical arrangement of coat protein copies (CPs) bound to the ssRNA genome. TuMV is a bona fide representative of the Potyvirus genus, one of most abundant groups of plant viruses, which displays a very wide host range. We have studied by cryoEM the structure of TuMV virions and its viral-like particles (VLPs) to explore the role of the interactions between proteins and RNA in the assembly of the virions. The results show that the CP-RNA interaction is needed for the correct orientation of the CP N-terminal arm, a region that plays as a molecular staple between CP subunits in the fully assembled virion.
履歴
登録2019年10月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-10373
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10373
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coat protein
a: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
B: Coat protein
b: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
C: Coat protein
c: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
D: Coat protein
d: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
E: Coat protein
e: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
F: Coat protein
f: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
G: Coat protein
g: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
H: Coat protein
h: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
I: Coat protein
i: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
J: Coat protein
j: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
K: Coat protein
k: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
L: Coat protein
l: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
M: Coat protein
m: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
N: Coat protein
n: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
O: Coat protein
o: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
P: Coat protein
p: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Q: Coat protein
q: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
R: Coat protein
r: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
S: Coat protein
s: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)485,62638
ポリマ－485,62638
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area136340 Å2
ΔGint-684 kcal/mol
Surface area232490 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
Coat protein


分子量: 24073.395 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Turnip mosaic virus (strain Japanese) (ウイルス)
株: Japanese / 参照: UniProt: A0A1B1RVA3, UniProt: A0A346TKY7*PLUS
#2: RNA鎖
RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 1485.872 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Model of ssRNA as polyU / 由来: (天然) Turnip mosaic virus (ウイルス)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Turnip mosaic virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Turnip mosaic virus (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Brassica rapa subsp. rapa
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 3-31

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION2粒子像選択
4CTFFIND3CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9RELION2初期オイラー角割当
10RELION2最終オイラー角割当
11RELION2分類
12RELION2３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
らせん対称回転角度/サブユニット: -40.8 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 444678
3次元再構成解像度: 5.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 194432 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築B value: 270 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 5ODV

5odv


PDB chain-ID: A / Accession code: 5ODV / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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