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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6sj6 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of 50S-RsfS complex from Staphylococcus aureus | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / Stress / S.aureus / RsfS / Hibernation | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of ribosome biogenesis / ribosomal large subunit binding / cytosolic ribosome assembly / large ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation ...negative regulation of ribosome biogenesis / ribosomal large subunit binding / cytosolic ribosome assembly / large ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Khusainov, I. / Pellegrino, S. / Yusupova, G. / Yusupov, M. / Fatkhullin, B. | ||||||||||||
資金援助 | フランス, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Mechanism of ribosome shutdown by RsfS in Staphylococcus aureus revealed by integrative structural biology approach. 著者: Iskander Khusainov / Bulat Fatkhullin / Simone Pellegrino / Aydar Bikmullin / Wen-Ti Liu / Azat Gabdulkhakov / Amr Al Shebel / Alexander Golubev / Denis Zeyer / Natalie Trachtmann / Georg A ...著者: Iskander Khusainov / Bulat Fatkhullin / Simone Pellegrino / Aydar Bikmullin / Wen-Ti Liu / Azat Gabdulkhakov / Amr Al Shebel / Alexander Golubev / Denis Zeyer / Natalie Trachtmann / Georg A Sprenger / Shamil Validov / Konstantin Usachev / Gulnara Yusupova / Marat Yusupov / 要旨: For the sake of energy preservation, bacteria, upon transition to stationary phase, tone down their protein synthesis. This process is favored by the reversible binding of small stress-induced ...For the sake of energy preservation, bacteria, upon transition to stationary phase, tone down their protein synthesis. This process is favored by the reversible binding of small stress-induced proteins to the ribosome to prevent unnecessary translation. One example is the conserved bacterial ribosome silencing factor (RsfS) that binds to uL14 protein onto the large ribosomal subunit and prevents its association with the small subunit. Here we describe the binding mode of Staphylococcus aureus RsfS to the large ribosomal subunit and present a 3.2 Å resolution cryo-EM reconstruction of the 50S-RsfS complex together with the crystal structure of uL14-RsfS complex solved at 2.3 Å resolution. The understanding of the detailed landscape of RsfS-uL14 interactions within the ribosome shed light on the mechanism of ribosome shutdown in the human pathogen S. aureus and might deliver a novel target for pharmacological drug development and treatment of bacterial infections. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6sj6.cif.gz | 1.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6sj6.ent.gz | 1.3 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6sj6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6sj6_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6sj6_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6sj6_validation.xml.gz | 121.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6sj6_validation.cif.gz | 205 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/6sj6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/6sj6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 2種, 2分子 AB
#1: RNA鎖 | 分子量: 946696.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: GenBank: 1613890206 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 36974.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: GenBank: 1569642733 |
+50S ribosomal protein ... , 23種, 23分子 DEFMNOPQRSTUVWXYZ012467
-タンパク質 , 1種, 1分子 9
#26: タンパク質 | 分子量: 13497.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / 遺伝子: rsfS, SAOUHSC_01695 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2G298 |
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-非ポリマー , 2種, 59分子
#27: 化合物 | ChemComp-MG / #28: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 1.35 MDa / 実験値: YES | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 96000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 43 sec. / 電子線照射量: 24.6 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 1856 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 172729 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 83885 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5LI0 Accession code: 5LI0 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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