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万見
- PDB-6rkd: Molybdenum storage protein under turnover conditions -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rkd
タイトルMolybdenum storage protein under turnover conditions
要素(Molybdenum storage protein subunit ...) x 2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / molybdenum storage protein / ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity / molybdenum ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Molybdenum storage protein subunit alpha/beta / Carbamate kinase / Acetylglutamate kinase-like / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Acetylglutamate kinase-like superfamily / Amino acid kinase family / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8M0 / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-J8E / MOLYBDATE ION / MO(VI)(=O)(OH)2 CLUSTER / Molybdenum storage protein subunit beta / Molybdenum storage protein subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Bruenle, S. / Mills, D.J. / Vonck, J. / Ermler, U.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019
タイトル: Molybdate pumping into the molybdenum storage protein via an ATP-powered piercing mechanism.
著者: Steffen Brünle / Martin L Eisinger / Juliane Poppe / Deryck J Mills / Julian D Langer / Janet Vonck / Ulrich Ermler /
要旨: The molybdenum storage protein (MoSto) deposits large amounts of molybdenum as polyoxomolybdate clusters in a heterohexameric (αβ) cage-like protein complex under ATP consumption. Here, we suggest ...The molybdenum storage protein (MoSto) deposits large amounts of molybdenum as polyoxomolybdate clusters in a heterohexameric (αβ) cage-like protein complex under ATP consumption. Here, we suggest a unique mechanism for the ATP-powered molybdate pumping process based on X-ray crystallography, cryoelectron microscopy, hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry, and mutational studies of MoSto from . First, we show that molybdate, ATP, and Mg consecutively bind into the open ATP-binding groove of the β-subunit, which thereafter becomes tightly locked by fixing the previously disordered N-terminal arm of the α-subunit over the β-ATP. Next, we propose a nucleophilic attack of molybdate onto the γ-phosphate of β-ATP, analogous to the similar reaction of the structurally related UMP kinase. The formed instable phosphoric-molybdic anhydride becomes immediately hydrolyzed and, according to the current data, the released and accelerated molybdate is pressed through the cage wall, presumably by turning aside the Metβ149 side chain. A structural comparison between MoSto and UMP kinase provides valuable insight into how an enzyme is converted into a molecular machine during evolution. The postulated direct conversion of chemical energy into kinetic energy via an activating molybdate kinase and an exothermic pyrophosphatase reaction to overcome a proteinous barrier represents a novelty in ATP-fueled biochemistry, because normally, ATP hydrolysis initiates large-scale conformational changes to drive a distant process.
履歴
登録2019年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4907
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Molybdenum storage protein subunit alpha
B: Molybdenum storage protein subunit beta
C: Molybdenum storage protein subunit alpha
D: Molybdenum storage protein subunit beta
E: Molybdenum storage protein subunit alpha
F: Molybdenum storage protein subunit beta
G: Molybdenum storage protein subunit alpha
H: Molybdenum storage protein subunit beta
I: Molybdenum storage protein subunit alpha
J: Molybdenum storage protein subunit beta
K: Molybdenum storage protein subunit alpha
L: Molybdenum storage protein subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)381,494102
ポリマ－346,53312
非ポリマー34,96090
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy, The dimeric assembly is also seen in crystal structures, but is not distinguishable from crystal contacts.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area98340 Å2
ΔGint-577 kcal/mol
Surface area91140 Å2
手法PISA

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要素

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Molybdenum storage protein subunit ... , 2種, 12分子 ACEGIKBDFHJL

#1: タンパク質
Molybdenum storage protein subunit alpha / Mo storage protein subunit alpha / MoSto subunit alpha


分子量: 29376.773 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (strain DJ / ATCC BAA-1303) (窒素固定)
遺伝子: mosA, Avin_43200 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P84308
#2: タンパク質
Molybdenum storage protein subunit beta / MoSto subunit beta


分子量: 28378.775 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (strain DJ / ATCC BAA-1303) (窒素固定)
遺伝子: mosB, Avin_43210 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P84253

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非ポリマー , 6種, 90分子

#3: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-8M0 / bis(mu4-oxo)-tetrakis(mu3-oxo)-hexakis(mu2-oxo)-hexadecaoxo-octamolybdenum (VI) / Octamolybdate [Mo(VI)8O28]8-


分子量: 1215.503 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo8O28
#6: 化合物
ChemComp-J8E / oxidanyl-[[2,2,4,4,4-pentakis($l^{1}-oxidanyl)-1-(oxidanylmolybdenio)-1$l^{3},3-dioxa-2$l^{5},4$l^{5}-dimolybdacyclobut-2-yl]oxy]molybdenum


分子量: 545.770 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2Mo4O10
#7: 化合物...
ChemComp-MOO / MOLYBDATE ION / MOLYBDATE


分子量: 159.938 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 合成 / 式: MoO4
#8: 化合物
ChemComp-OMO / MO(VI)(=O)(OH)2 CLUSTER


分子量: 145.954 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2MoO3

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Dimer of A3B3 heterohexamer of molybdenum storage protein
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.38 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 6.5
詳細: 1 mM molybdate and 1 mM mg-ATP were added before vitrification.
緩衝液成分濃度: 50 mM / 名称: MOPS/NaOH
試料濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 70 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL 3200FSC
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 30000 X / 倍率（補正後）: 45045 X / Calibrated defocus min: 900 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 54 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 1238
電子光学装置エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION2粒子像選択
4CTFFIND4CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION2初期オイラー角割当
11RELION2最終オイラー角割当
13RELION2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 174681
対称性点対称性: D3 (2回x3回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 137558 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL / 詳細: Phenix_real_space_refine
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Accession code: 4F6T / Initial refinement model-ID: 1 / PDB-ID: 4F6T

4f6t

/ Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB chain-ID
1A
2B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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