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万見
- PDB-6qt9: Cryo-EM structure of SH1 full particle. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qt9
タイトルCryo-EM structure of SH1 full particle.
要素
  • (ORF 24) x 3
  • (ORF 25) x 2
  • ORF 31
  • VP12
  • VP13
キーワードVIRUS / euryarcheal virus / SH1
機能・相同性ORF 31 / ORF 25 / ORF 24
機能・相同性情報
生物種Haloarcula hispanica virus SH1 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者De Colibus, L. / Roine, E. / Walter, T.S. / Ilca, S.L. / Wang, X. / Wang, N. / Roseman, A.M. / Bamford, D. / Huiskonen, J.T. / Stuart, D.I.
資金援助 英国, フィンランド, 4件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/N00065X/1 英国
European Research Council649053 英国
Academy of Finland255342 フィンランド
Academy of Finland256518 フィンランド
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Assembly of complex viruses exemplified by a halophilic euryarchaeal virus.
著者: Luigi De Colibus / Elina Roine / Thomas S Walter / Serban L Ilca / Xiangxi Wang / Nan Wang / Alan M Roseman / Dennis Bamford / Juha T Huiskonen / David I Stuart /
要旨: Many of the largest known viruses belong to the PRD1-adeno structural lineage characterised by conserved pseudo-hexameric capsomers composed of three copies of a single major capsid protein (MCP). ...Many of the largest known viruses belong to the PRD1-adeno structural lineage characterised by conserved pseudo-hexameric capsomers composed of three copies of a single major capsid protein (MCP). Here, by high-resolution cryo-EM analysis, we show that a class of archaeal viruses possess hetero-hexameric MCPs which mimic the PRD1-adeno lineage trimer. These hetero-hexamers are built from heterodimers and utilise a jigsaw-puzzle system of pegs and holes, and underlying minor capsid proteins, to assemble the capsid laterally from the 5-fold vertices. At these vertices proteins engage inwards with the internal membrane vesicle whilst 2-fold symmetric horn-like structures protrude outwards. The horns are assembled from repeated globular domains attached to a central spine, presumably facilitating multimeric attachment to the cell receptor. Such viruses may represent precursors of the main PRD1-adeno lineage, similarly engaging cell-receptors via 5-fold spikes and using minor proteins to define particle size.
履歴
登録2019年2月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: em_3d_fitting / Item: _em_3d_fitting.target_criteria
改定 1.22019年11月27日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.name
改定 1.32019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - software_defined_assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-4633
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4633
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF 25
C: ORF 25
D: ORF 25
E: ORF 25
F: ORF 25
G: ORF 25
H: ORF 25
I: ORF 25
J: ORF 25
K: ORF 25
L: ORF 25
M: ORF 25
a: ORF 24
b: ORF 24
c: ORF 24
d: ORF 24
e: ORF 24
f: ORF 24
g: ORF 24
h: ORF 24
i: ORF 24
j: ORF 24
k: ORF 24
l: ORF 24
m: ORF 24
n: ORF 24
o: ORF 24
Y: ORF 31
X: VP12
W: VP13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)604,18830
ポリマ－604,18830
非ポリマー00
水00
1
A: ORF 25
C: ORF 25
D: ORF 25
E: ORF 25
F: ORF 25
G: ORF 25
H: ORF 25
I: ORF 25
J: ORF 25
K: ORF 25
L: ORF 25
M: ORF 25
a: ORF 24
b: ORF 24
c: ORF 24
d: ORF 24
e: ORF 24
f: ORF 24
g: ORF 24
h: ORF 24
i: ORF 24
j: ORF 24
k: ORF 24
l: ORF 24
m: ORF 24
n: ORF 24
o: ORF 24
Y: ORF 31
X: VP12
W: VP13
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,251,3051800
ポリマ－36,251,3051800
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
Buried area68770 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area233330 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 7種, 29分子 ADCEFGHIJKLMabcdefijkmoglnhYW

#1: タンパク質 ORF 25


分子量: 25042.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Haloarcula hispanica virus SH1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q4KPG2
#2: タンパク質
ORF 25


分子量: 24913.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Haloarcula hispanica virus SH1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q4KPG2
#3: タンパク質
ORF 24


分子量: 18840.627 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Haloarcula hispanica virus SH1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q4KPG3
#4: タンパク質 ORF 24


分子量: 18272.000 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Haloarcula hispanica virus SH1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q4KPG3
#5: タンパク質 ORF 24


分子量: 19040.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Haloarcula hispanica virus SH1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q4KPG3
#6: タンパク質 ORF 31


分子量: 14982.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Haloarcula hispanica virus SH1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q4KPF6
#8: タンパク質 VP13


分子量: 6826.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Haloarcula hispanica virus SH1 (ウイルス)

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 X

#7: タンパク質・ペプチド VP12


分子量: 2060.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Haloarcula hispanica virus SH1 (ウイルス)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Haloarcula hispanica virus SH1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Haloarcula hispanica virus SH1 (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Haloarcula hispanica virus SH1
ウイルス殻名称: Capsid / 直径: 1000 nm / 三角数 (T数): 28
緩衝液pH: 7.2 / 詳細: 20mM Tris-HCl pH 7.2, 1M NaCl, 10 mM MnCl2
試料濃度: 15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 4 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 160000 X / 倍率（補正後）: 37037 X
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER
撮影平均露光時間: 4.4 sec. / 電子線照射量: 1 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 22

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1ETHAN粒子像選択
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4.1.5CTF補正
7Rosetta2018.33.60351モデルフィッティング
8Coot0.8.9.1モデルフィッティング
10RELION2.1初期オイラー角割当
11RELION2.1最終オイラー角割当custom
12RELION2.1分類custom
13cisTEM３次元再構成
20PHENIX1.14_3260モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 16185
詳細: This number of particle was generated by merging the datasets of full particles with and without spikes.
対称性点対称性: C532 (532回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 16185 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 144.281 / プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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