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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qi5 | ||||||
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タイトル | Near Atomic Structure of an Atadenovirus Shows a possible gene duplication event and Intergenera Variations in Cementing Proteins | ||||||
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![]() | VIRUS / adenovirus atadenovirus virus evolution | ||||||
機能・相同性 | ![]() hexon binding / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / endocytosis involved in viral entry into host cell / viral capsid / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
![]() | Condezo, G.N. / Marabini, R. / Gomez-Blanco, J. / SanMartin, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Near-atomic structure of an atadenovirus reveals a conserved capsid-binding motif and intergenera variations in cementing proteins. 著者: Roberto Marabini / Gabriela N Condezo / Mart Krupovic / Rosa Menéndez-Conejero / Josué Gómez-Blanco / Carmen San Martín / ![]() ![]() 要旨: Of five known adenovirus genera, high-resolution structures are available only for mammalian-infecting mastadenoviruses. We present the first high-resolution structure of an adenovirus with ...Of five known adenovirus genera, high-resolution structures are available only for mammalian-infecting mastadenoviruses. We present the first high-resolution structure of an adenovirus with nonmammalian host: lizard atadenovirus LAdV-2. We find a large conformational difference in the internal vertex protein IIIa between mast- and atadenoviruses, induced by the presence of an extended polypeptide. This polypeptide, and α-helical clusters beneath the facet, likely correspond to genus-specific proteins LH2 and p32k. Another genus-specific protein, LH3, with a fold typical of bacteriophage tailspikes, contacts the capsid surface via a triskelion structure identical to that used by mastadenovirus protein IX, revealing a conserved capsid-binding motif and an ancient gene duplication event. Our data also suggest that mastadenovirus E1B-55 K was exapted from the atadenovirus-like LH3 protein. This work provides new information on the evolution of adenoviruses, emphasizing the importance of minor coat proteins for determining specific physicochemical properties of virions and most likely their tropism. #1: ![]() タイトル: Near Atomic Structure of an Atadenovirus Reveals a Conserved Capsid-Binding Motif and Intergenera Variations in Cementing Proteins 著者: Marabini, R. / Condezo, G.N. / Gomez-Blanco, J. / San Martin, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 60
対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 101861.930 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 41158.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 30744.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 67049.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #5: タンパク質 | | 分子量: 50619.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Lizard adenovirus 2 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 150 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Heloderma horridum |
ウイルス殻 | 直径: 940 nm / 三角数 (T数): 25 |
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: PBS |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/4 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 54 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 16071 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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