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万見
- PDB-6q5u: High resolution electron cryo-microscopy structure of the bacteri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q5u
タイトルHigh resolution electron cryo-microscopy structure of the bacteriophage PR772
要素
  • Infectivity Protein (P16)
  • Major Capsid Protein (P3)
  • Minor Capsid Protein (P30)
  • Penton protein
  • Spike protein
キーワードVIRUS / Phage / Tectiviridae / Membrane / double-barrel / helix turn helix / helix with a kink / beta-propeller / heteropentamer / penton
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid / membrane
類似検索 - 分子機能
Tectiviridae, minor capsid / Tectiviridae, minor capsid / Domain of unknown function (DUF1970) / Viral coat protein p3 / Bacteriophage PRD1, spike protein P5, C-terminal / Bacteriophage PRD1, P5 C-terminal domain superfamily / Bacteriophage PRD1, spike protein P5, C-terminal / Bacteriophage PRD1, P5, spike N-terminal / Bacteriophage PRD1, P5, spike N-terminal / Adenovirus Type 2 Hexon; domain 4 ...Tectiviridae, minor capsid / Tectiviridae, minor capsid / Domain of unknown function (DUF1970) / Viral coat protein p3 / Bacteriophage PRD1, spike protein P5, C-terminal / Bacteriophage PRD1, P5 C-terminal domain superfamily / Bacteriophage PRD1, spike protein P5, C-terminal / Bacteriophage PRD1, P5, spike N-terminal / Bacteriophage PRD1, P5, spike N-terminal / Adenovirus Type 2 Hexon; domain 4 / Bacteriophage PRD1, P3 / Bacteriophage PRD1, P3, N-terminal / P3 major capsid protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein / Jelly Rolls - #20 / Distorted Sandwich / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Infectivity protein / Minor capsid protein / Major capsid protein / Spike / Penton
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage PR772 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Narayana Reddy, H.K. / Svenda, M.
資金援助 スウェーデン, 3件
組織認可番号国
Swedish Research Council628-20081109822-2010-6157, 822-2012-5260 and 828-2012-108 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg FoundationKAW-2011.081 スウェーデン
European Research CouncilERC-291602 スウェーデン
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Electron cryo-microscopy of bacteriophage PR772 reveals the elusive vertex complex and the capsid architecture.
著者: Hemanth Kn Reddy / Marta Carroni / Janos Hajdu / Martin Svenda /
要旨: Bacteriophage PR772, a member of the family, has a 70 nm diameter icosahedral protein capsid that encapsulates a lipid membrane, dsDNA, and various internal proteins. An icosahedrally averaged ...Bacteriophage PR772, a member of the family, has a 70 nm diameter icosahedral protein capsid that encapsulates a lipid membrane, dsDNA, and various internal proteins. An icosahedrally averaged CryoEM reconstruction of the wild-type virion and a localized reconstruction of the vertex region reveal the composition and the structure of the vertex complex along with new protein conformations that play a vital role in maintaining the capsid architecture of the virion. The overall resolution of the virion is 2.75 Å, while the resolution of the protein capsid is 2.3 Å. The conventional penta-symmetron formed by the capsomeres is replaced by a large vertex complex in the pseudo T = 25 capsid. All the vertices contain the host-recognition protein, P5; two of these vertices show the presence of the receptor-binding protein, P2. The 3D structure of the vertex complex shows interactions with the viral membrane, indicating a possible mechanism for viral infection.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2019
タイトル: Electron cryo-microscopy of Bacteriophage PR772 reveals the composition and structure of the elusive vertex complex and the capsid architecture
著者: Narayana Reddy, H.K. / Hajdu, J. / Carroni, M. / Svenda, M.
履歴
登録2018年12月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月3日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_map / pdbx_database_proc
Item: _em_admin.last_update / _em_map.contour_level / _em_map.contour_level_source
改定 1.22019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: em_3d_fitting / Item: _em_3d_fitting.target_criteria
改定 1.42019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - author_defined_assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-4461
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4461
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major Capsid Protein (P3)
B: Major Capsid Protein (P3)
C: Major Capsid Protein (P3)
D: Major Capsid Protein (P3)
E: Major Capsid Protein (P3)
F: Major Capsid Protein (P3)
G: Major Capsid Protein (P3)
H: Major Capsid Protein (P3)
I: Major Capsid Protein (P3)
J: Major Capsid Protein (P3)
K: Major Capsid Protein (P3)
L: Major Capsid Protein (P3)
M: Minor Capsid Protein (P30)
N: Infectivity Protein (P16)
O: Spike protein
P: Spike protein
Q: Spike protein
R: Penton protein
S: Penton protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)674,92419
ポリマ－674,92419
非ポリマー00
水00
1
A: Major Capsid Protein (P3)
B: Major Capsid Protein (P3)
C: Major Capsid Protein (P3)
D: Major Capsid Protein (P3)
E: Major Capsid Protein (P3)
F: Major Capsid Protein (P3)
G: Major Capsid Protein (P3)
H: Major Capsid Protein (P3)
I: Major Capsid Protein (P3)
J: Major Capsid Protein (P3)
K: Major Capsid Protein (P3)
L: Major Capsid Protein (P3)
M: Minor Capsid Protein (P30)
N: Infectivity Protein (P16)
x 60
O: Spike protein
P: Spike protein
Q: Spike protein
R: Penton protein
S: Penton protein
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,209,061900
ポリマ－34,209,061900
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation70
Buried area84240 Å2
ΔGint-318 kcal/mol
Surface area192120 Å2

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要素

#1: タンパク質
Major Capsid Protein (P3)


分子量: 43505.492 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage PR772 (ファージ) / 参照: UniProt: Q6EDX0
#2: タンパク質 Minor Capsid Protein (P30)


分子量: 9275.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage PR772 (ファージ) / 参照: UniProt: Q6EDW3
#3: タンパク質 Infectivity Protein (P16)


分子量: 12616.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage PR772 (ファージ) / 参照: UniProt: Q6EDW1
#4: タンパク質 Spike protein


分子量: 34483.898 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage PR772 (ファージ) / 参照: UniProt: Q6EDX8
#5: タンパク質 Penton protein


分子量: 13757.388 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage PR772 (ファージ) / 参照: UniProt: Q6EDY0

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Bacteriophage PR772 / タイプ: COMPLEX / 詳細: Wild type / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 86 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage PR772 (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Escherichia coli / 株: C-3000
ウイルス殻直径: 750 nm / 三角数 (T数): 25
緩衝液pH: 8
試料濃度: 7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat-2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3200
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 3-40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7Coot0.8.9.1モデルフィッティング
19PHENIXdev-3360モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 56000
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 46000 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 104.93 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
精密化最高解像度: 2.75 Å / 立体化学のターゲット値: CORRELATION COEFFCIENT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00642657
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.80658270
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.08225247
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0556594
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0077697

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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