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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pkv | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the zebrafish TRPM2 channel in the apo conformation, processed with C4 symmetry | ||||||
要素 | Transient receptor potential cation channel subfamily M member 2 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / warmth sensor / redox sensor / calcium-permeable ion channel / TRP channel / TRPM channel / ion channel / ADP-ribose | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 TRP channels / Neutrophil degranulation / ADP-D-ribose binding / mono-ADP-D-ribose binding / ligand-gated calcium channel activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol / monoatomic ion channel activity / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity ...TRP channels / Neutrophil degranulation / ADP-D-ribose binding / mono-ADP-D-ribose binding / ligand-gated calcium channel activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol / monoatomic ion channel activity / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / protein homotetramerization / calcium ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | ||||||
データ登録者 | Yin, Y. / Wu, M. / Hsu, A.L. / Borschel, W.F. / Borgnia, M.J. / Lander, G.C. / Lee, S.-Y. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Visualizing structural transitions of ligand-dependent gating of the TRPM2 channel. 著者: Ying Yin / Mengyu Wu / Allen L Hsu / William F Borschel / Mario J Borgnia / Gabriel C Lander / Seok-Yong Lee / 要旨: The transient receptor potential melastatin 2 (TRPM2) channel plays a key role in redox sensation in many cell types. Channel activation requires binding of both ADP-ribose (ADPR) and Ca. The ...The transient receptor potential melastatin 2 (TRPM2) channel plays a key role in redox sensation in many cell types. Channel activation requires binding of both ADP-ribose (ADPR) and Ca. The recently published TRPM2 structures from Danio rerio in the ligand-free and the ADPR/Ca-bound conditions represent the channel in closed and open states, which uncovered substantial tertiary and quaternary conformational rearrangements. However, it is unclear how these rearrangements are achieved within the tetrameric channel during channel gating. Here we report the cryo-electron microscopy structures of Danio rerio TRPM2 in the absence of ligands, in complex with Ca alone, and with both ADPR and Ca, resolved to ~4.3 Å, ~3.8 Å, and ~4.2 Å, respectively. In contrast to the published results, our studies capture ligand-bound TRPM2 structures in two-fold symmetric intermediate states, offering a glimpse of the structural transitions that bridge the closed and open conformations. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6pkv.cif.gz | 712.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6pkv.ent.gz | 530.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6pkv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6pkv_validation.pdf.gz | 987.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6pkv_full_validation.pdf.gz | 1002.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6pkv_validation.xml.gz | 94.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6pkv_validation.cif.gz | 153.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/6pkv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/6pkv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 167608.625 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: trpm2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0R4IMY7*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 2 タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 3.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: 15 mA / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil |
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 298.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 22500 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 750 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 4.6 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3776 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 301199 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 58005 詳細: No symmetry (C1) was imposed during reconstructions and classifications. C4 symmetry was imposed during the final 3D auto-refinement. 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 150 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6D73 PDB chain-ID: A / Accession code: 6D73 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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