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- PDB-6ogd: Cryo-EM structure of YenTcA in its prepore state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ogd
タイトルCryo-EM structure of YenTcA in its prepore state
要素
  • Chitinase 2
  • Toxin subunit YenA1
  • Toxin subunit YenA2
キーワードTOXIN / Membrane protein Pore-forming toxin Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endochitinase activity / chitinase / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
ABC toxin, N-terminal domain / ABC toxin N-terminal region / Insecticidal toxin complex/plasmid virulence protein / Tc toxin complex TcA, C-terminal TcB-binding domain / Neuraminidase-like domain / Salmonella virulence plasmid 28.1kDa A protein / Tc toxin complex TcA C-terminal TcB-binding domain / Neuraminidase-like domain / : / Chitinase insertion domain superfamily ...ABC toxin, N-terminal domain / ABC toxin N-terminal region / Insecticidal toxin complex/plasmid virulence protein / Tc toxin complex TcA, C-terminal TcB-binding domain / Neuraminidase-like domain / Salmonella virulence plasmid 28.1kDa A protein / Tc toxin complex TcA C-terminal TcB-binding domain / Neuraminidase-like domain / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Toxin subunit YenA1 / Toxin subunit YenA2 / Chitinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia entomophaga (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Piper, S.J. / Brillault, L. / Box, J.K. / Landsberg, M.J.
資金援助 オーストラリア, ニュージーランド, 4件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP170104484 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP160101018 オーストラリア
Royal Society of New Zealand14-UOA-146 ニュージーランド
Foundation for Science and TechnologyC10X0804 ニュージーランド
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM structures of the pore-forming A subunit from the Yersinia entomophaga ABC toxin.
著者: Sarah J Piper / Lou Brillault / Rosalba Rothnagel / Tristan I Croll / Joseph K Box / Irene Chassagnon / Sebastian Scherer / Kenneth N Goldie / Sandra A Jones / Femke Schepers / Lauren Hartley- ...著者: Sarah J Piper / Lou Brillault / Rosalba Rothnagel / Tristan I Croll / Joseph K Box / Irene Chassagnon / Sebastian Scherer / Kenneth N Goldie / Sandra A Jones / Femke Schepers / Lauren Hartley-Tassell / Thomas Ve / Jason N Busby / Julie E Dalziel / J Shaun Lott / Ben Hankamer / Henning Stahlberg / Mark R H Hurst / Michael J Landsberg /
要旨: ABC toxins are pore-forming virulence factors produced by pathogenic bacteria. YenTcA is the pore-forming and membrane binding A subunit of the ABC toxin YenTc, produced by the insect pathogen ...ABC toxins are pore-forming virulence factors produced by pathogenic bacteria. YenTcA is the pore-forming and membrane binding A subunit of the ABC toxin YenTc, produced by the insect pathogen Yersinia entomophaga. Here we present cryo-EM structures of YenTcA, purified from the native source. The soluble pre-pore structure, determined at an average resolution of 4.4 Å, reveals a pentameric assembly that in contrast to other characterised ABC toxins is formed by two TcA-like proteins (YenA1 and YenA2) and decorated by two endochitinases (Chi1 and Chi2). We also identify conformational changes that accompany membrane pore formation by visualising YenTcA inserted into liposomes. A clear outward rotation of the Chi1 subunits allows for access of the protruding translocation pore to the membrane. Our results highlight structural and functional diversity within the ABC toxin subfamily, explaining how different ABC toxins are capable of recognising diverse hosts.
履歴
登録2019年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20053
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toxin subunit YenA1
B: Toxin subunit YenA2
C: Chitinase 2
D: Toxin subunit YenA1
E: Toxin subunit YenA2
F: Chitinase 2
G: Toxin subunit YenA1
H: Toxin subunit YenA2
I: Chitinase 2
J: Toxin subunit YenA1
K: Toxin subunit YenA2
L: Chitinase 2
M: Toxin subunit YenA1
N: Toxin subunit YenA2
O: Chitinase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,779,88915
ポリマ－1,779,88915
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Toxin subunit YenA1


分子量: 129912.320 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yersinia entomophaga (バクテリア) / 参照: UniProt: B6A877
#2: タンパク質
Toxin subunit YenA2


分子量: 156324.938 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yersinia entomophaga (バクテリア) / 参照: UniProt: B6A878
#3: タンパク質
Chitinase 2


分子量: 69740.609 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yersinia entomophaga (バクテリア) / 参照: UniProt: B6A879, chitinase

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Yersinia entomophaga toxin complex subunit A (YenTcA) in the pre-pore form
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 2.08 MDa
由来(天然)生物種: Yersinia entomophaga (バクテリア) / 株: MH96
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 80 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1EMAN2.2粒子像選択particle picking was done in e2boxer.py using the SWARM algorithm
4EMAN2.2CTF補正e2ctf.py was used to estiamte the CTF. CTF correction was performed as part of the e2refine.py routine
10EMAN2.2初期オイラー角割当
11EMAN2.2最終オイラー角割当
13EMAN2.2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 19713
対称性点対称性: C5 (5回回転対称)
3次元再構成解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9856 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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