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万見
- PDB-6nsj: CryoEM structure of Helicobacter pylori urea channel in closed state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nsj
タイトルCryoEM structure of Helicobacter pylori urea channel in closed state
要素Acid-activated urea channel
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Helicobacter pylori / urea channel / closed state
機能・相同性
機能・相同性情報


identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
AmiS/UreI transporter / AmiS/UreI transporter / AmiS/UreI transporter superfamily / AmiS/UreI family transporter / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / Acid-activated urea channel
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Cui, Y.X. / Zhou, K. / Strugatsky, D. / Wen, Y. / Sachs, G. / Munson, K. / Zhou, Z.H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)R01GM071940/AI094386/DE025567 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)R01DK46917/DK53462/DK58333 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: pH-dependent gating mechanism of the urea channel revealed by cryo-EM.
著者: Yanxiang Cui / Kang Zhou / David Strugatsky / Yi Wen / George Sachs / Z Hong Zhou / Keith Munson /
要旨: The urea channel of (UreI) is an ideal drug target for preventing gastric cancer but incomplete understanding of its gating mechanism has hampered development of inhibitors for the eradication of . ...The urea channel of (UreI) is an ideal drug target for preventing gastric cancer but incomplete understanding of its gating mechanism has hampered development of inhibitors for the eradication of . Here, we present the cryo-EM structures of UreI in closed and open conformations, both at a resolution of 2.7 Å. Our hexameric structures of this small membrane protein (~21 kDa/protomer) resolve its periplasmic loops and carboxyl terminus that close and open the channel, and define a gating mechanism that is pH dependent and requires cooperativity between protomers in the hexamer. Gating is further associated with well-resolved changes in the channel-lining residues that modify the shape and length of the urea pore. Site-specific mutations in the periplasmic domain and urea pore identified key residues important for channel function. Drugs blocking the urea pore based on our structures should lead to a new strategy for eradication.
履歴
登録2019年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0498
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acid-activated urea channel
B: Acid-activated urea channel
C: Acid-activated urea channel
D: Acid-activated urea channel
E: Acid-activated urea channel
F: Acid-activated urea channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,85224
ポリマ－135,2006
非ポリマー10,65218
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Acid-activated urea channel / Urease accessory protein UreI


分子量: 22533.260 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain J99 / ATCC 700824) (ピロリ菌)
株: J99 / ATCC 700824 / 遺伝子: ureI, jhp_0066 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56874
#2: 化合物
ChemComp-XP4 / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE


分子量: 591.777 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H60O8P / コメント: DMPA, リン脂質*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: 2D ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: urea channel of Helicobacter pylori / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.02 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: J99
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度式Buffer-ID
110 mMBisTris1
2150 mMNaCl1
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 倍率（補正後）: 46730 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm / Calibrated defocus min: 1200 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 100 K / 最低温度: 98 K
撮影平均露光時間: 15 sec. / 電子線照射量: 72 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4026
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 100 / 利用したフレーム数/画像: 2-99

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatch0.56粒子像選択
2Leginon3.1画像取得
4CTFFIND4.1.18CTF補正
7UCSF Chimera1.9モデルフィッティング
9RELION2初期オイラー角割当
10RELION2最終オイラー角割当
11RELION2分類
12RELION2３次元再構成
13PHENIX1.14モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 1221897
対称性点対称性: C6 (6回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 393930 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 71.9 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 3UX4

3ux4


Accession code: 3UX4 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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