[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-3ux4: Crystal structure of the urea channel from the human gastric path... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ux4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the urea channel from the human gastric pathogen Helicobacter pylori | ||||||
![]() | Acid-activated urea channel | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | McNulty, R. / Luecke, H. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of the proton-gated urea channel from the gastric pathogen Helicobacter pylori. Authors: Strugatsky, D. / McNulty, R. / Munson, K. / Chen, C.K. / Soltis, S.M. / Sachs, G. / Luecke, H. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 249.2 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 204.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.6 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 30.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 37.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
---|
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS oper:
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 22533.258 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-XP4 / |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.1 Å3/Da / Density % sol: 69.99 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 285 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.3 Details: Drop: 1.57 mg/mL UreI protein, 0.04 M NaCl, 1 mM TlCl, 0.01 M CaCl2, 7% PEG400, 0.05% decylmaltoside, 2.25% octylglucoside, 0.8 mg/mL E. coli polar lipids, 0.035 M MES, pH5.3, reservoir: 20% ...Details: Drop: 1.57 mg/mL UreI protein, 0.04 M NaCl, 1 mM TlCl, 0.01 M CaCl2, 7% PEG400, 0.05% decylmaltoside, 2.25% octylglucoside, 0.8 mg/mL E. coli polar lipids, 0.035 M MES, pH5.3, reservoir: 20% PEG400, 0.1 M MES, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 23, 2011 |
Radiation | Monochromator: Kohzu HLD8-24 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97911 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.256→92.746 Å / Num. all: 17274 / Num. obs: 17263 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1.6 / Redundancy: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 21.2 |
Reflection shell | Resolution: 3.256→3.43 Å / Redundancy: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 1.108 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 97.9 |
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Resolution: 3.26→39.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 129.408 / SU ML: 0.853 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.524 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 164.174 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.26→39.35 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 3.26→3.344 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|