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- PDB-6npy: Cryo-EM structure of NLRP3 bound to NEK7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6npy
タイトルCryo-EM structure of NLRP3 bound to NEK7
要素
  • NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3
  • Protein kinase R,Serine/threonine-protein kinase Nek7
キーワードIMMUNE SYSTEM / Inflammasome / Activator / Biological process Immunity / Inflammatory response / Innate immunity / Transcription / Transcription regulation Ligand / ATP binding / Nucleotide binding
機能・相同性
機能・相同性情報


NEK6-subfamily protein kinase / regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / Inhibition of PKR / small molecule sensor activity / detection of biotic stimulus / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / cysteine-type endopeptidase activator activity / phosphatidylinositol phosphate binding / response to interferon-alpha / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation ...NEK6-subfamily protein kinase / regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / Inhibition of PKR / small molecule sensor activity / detection of biotic stimulus / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / cysteine-type endopeptidase activator activity / phosphatidylinositol phosphate binding / response to interferon-alpha / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / Activation of NIMA Kinases NEK9, NEK6, NEK7 / negative regulation of osteoblast proliferation / NLRP3 inflammasome complex assembly / interphase microtubule organizing center / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of type 2 immune response / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / cellular response to potassium ion / NLRP3 inflammasome complex / protein phosphatase regulator activity / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / peptidoglycan binding / SUMOylation of immune response proteins / osmosensory signaling pathway / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / pattern recognition receptor signaling pathway / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / negative regulation of interleukin-1 beta production / microtubule organizing center / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / negative regulation of viral genome replication / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of interleukin-4 production / pyroptotic inflammatory response / positive regulation of telomere capping / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / negative regulation of acute inflammatory response / antiviral innate immune response / The NLRP3 inflammasome / protein maturation / spindle assembly / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / signaling adaptor activity / positive regulation of chemokine production / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / endoplasmic reticulum unfolded protein response / positive regulation of telomerase activity / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / regulation of mitotic cell cycle / cellular response to amino acid starvation / molecular condensate scaffold activity / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of cytokine production / molecular function activator activity / non-specific protein-tyrosine kinase / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / response to virus / PKR-mediated signaling / protein homooligomerization / Cytoprotection by HMOX1 / Evasion by RSV of host interferon responses / Metalloprotease DUBs / cellular response to virus / ISG15 antiviral mechanism / ADP binding / defense response / negative regulation of inflammatory response / spindle pole / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / double-stranded RNA binding / Interferon alpha/beta signaling / protein-macromolecule adaptor activity / kinase activity / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to lipopolysaccharide / DNA-binding transcription factor binding / defense response to virus / microtubule / sequence-specific DNA binding / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / non-specific serine/threonine protein kinase / ribosome / protein kinase activity / inflammatory response / translation / negative regulation of cell population proliferation / Golgi membrane / protein phosphorylation / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity
類似検索 - 分子機能
EIF2AK2, first double-stranded RNA binding domain / EIF2AK2, second double-stranded RNA binding domain / NACHT-associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / DAPIN domain ...EIF2AK2, first double-stranded RNA binding domain / EIF2AK2, second double-stranded RNA binding domain / NACHT-associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Death-like domain superfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Interferon-induced, double-stranded RNA-activated protein kinase / Serine/threonine-protein kinase Nek7 / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Sharif, H. / Wang, L. / Wang, W.L. / Wu, H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)1R01 Al124491 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)1DP1 HD087988 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Structural mechanism for NEK7-licensed activation of NLRP3 inflammasome.
著者: Humayun Sharif / Li Wang / Wei Li Wang / Venkat Giri Magupalli / Liudmila Andreeva / Qi Qiao / Arthur V Hauenstein / Zhaolong Wu / Gabriel Núñez / Youdong Mao / Hao Wu /
要旨: The NLRP3 inflammasome can be activated by stimuli that include nigericin, uric acid crystals, amyloid-β fibrils and extracellular ATP. The mitotic kinase NEK7 licenses the assembly and activation ...The NLRP3 inflammasome can be activated by stimuli that include nigericin, uric acid crystals, amyloid-β fibrils and extracellular ATP. The mitotic kinase NEK7 licenses the assembly and activation of the NLRP3 inflammasome in interphase. Here we report a cryo-electron microscopy structure of inactive human NLRP3 in complex with NEK7, at a resolution of 3.8 Å. The earring-shaped NLRP3 consists of curved leucine-rich-repeat and globular NACHT domains, and the C-terminal lobe of NEK7 nestles against both NLRP3 domains. Structural recognition between NLRP3 and NEK7 is confirmed by mutagenesis both in vitro and in cells. Modelling of an active NLRP3-NEK7 conformation based on the NLRC4 inflammasome predicts an additional contact between an NLRP3-bound NEK7 and a neighbouring NLRP3. Mutations to this interface abolish the ability of NEK7 or NLRP3 to rescue NLRP3 activation in NEK7-knockout or NLRP3-knockout cells. These data suggest that NEK7 bridges adjacent NLRP3 subunits with bipartite interactions to mediate the activation of the NLRP3 inflammasome.
履歴
登録2019年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年7月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02019年8月14日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.label_seq_id / _entity.formula_weight ..._atom_site.label_seq_id / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_mutation / _entity_name_com.name / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
改定 2.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0476
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3
B: Protein kinase R,Serine/threonine-protein kinase Nek7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,3333
ポリマ－149,9062
非ポリマー4271
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3 / Angiotensin/vasopressin receptor AII/AVP-like / Caterpiller protein 1.1 / CLR1.1 / Cold-induced ...Angiotensin/vasopressin receptor AII/AVP-like / Caterpiller protein 1.1 / CLR1.1 / Cold-induced autoinflammatory syndrome 1 protein / Cryopyrin / PYRIN-containing APAF1-like protein 1


分子量: 117890.984 Da / 分子数: 1 / 変異: D133I, R135C, K136A, K140A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NLRP3, C1orf7, CIAS1, NALP3, PYPAF1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q96P20
#2: タンパク質 Protein kinase R,Serine/threonine-protein kinase Nek7 / Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 2 / eIF-2A protein kinase 2 / Interferon- ...Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 2 / eIF-2A protein kinase 2 / Interferon-inducible RNA-dependent protein kinase / P1/eIF-2A protein kinase / Protein kinase RNA-activated / Protein kinase R / Tyrosine-protein kinase EIF2AK2 / p68 kinase / Never in mitosis A-related kinase 7 / NimA-related protein kinase 7


分子量: 32015.150 Da / 分子数: 1 / 変異: L54R, V58K, P59T, K87A, A99V, S100C, E103T, D104G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2AK2, PKR, PRKR, NEK7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P19525, UniProt: Q8TDX7, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
配列の詳細The sequence is according to NP_001230062.1 isoform which lacks 2 residues from N-terminus. Total ...The sequence is according to NP_001230062.1 isoform which lacks 2 residues from N-terminus. Total residues are 1034aa as compared to 1036 in UNP Q96P20.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来詳細
1NL3-NEK7COMPLEX#20RECOMBINANT
2NLRP3COMPLEX#11RECOMBINANTThe sequence is according to NP_001230062.1 isoform which lacks 2 residues from N-terminus. Total residues are 1034aa as compared to 1036 in UNP Q96P20. There are mutations in YRKKYRKY instead its IYCAKYRAY mutations were intended to introduce so that the class of MBP and NLRP3 is avoided
3NEK7COMPLEX#21RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
23Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.1 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: -3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 55 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2SerialEM画像取得
4GctfCTF補正
7Cootモデルフィッティング
10RELION最終オイラー角割当
11RELION分類
12RELION３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 108771 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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