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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6n4c | ||||||
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タイトル | EM structure of the DNA wrapping in bacterial open transcription initiation complex | ||||||
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![]() | transcription/dna / DNA wrapping / bacterial transcription initiation complex / transmission electron microscopy / single particle analysis. / TRANSCRIPTION / transcription-dna complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation ...sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 17 Å | ||||||
![]() | Florez-Ariza, A. / Cassago, A. / de Oliveira, P.S.L. / Guerra, D.G. / Portugal, R.V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Interactions of Upstream and Downstream Promoter Regions with RNA Polymerase are Energetically Coupled and a Target of Regulation in Transcription Initiation 著者: Sosa, R. / Florez-Ariza, A. / Diaz-Celis, C. / Onoa, B. / Cassago, A. / de Oliveira, P.S.L. / Portugal, R.V. / Guerra, D.G. / Bustamante, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 779 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 876.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 99.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 163 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 F
#1: タンパク質 | 分子量: 64322.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 5種, 5分子 CDABE
#2: タンパク質 | 分子量: 150689.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A0A0GWV9, UniProt: P0A8V2*PLUS, DNA-directed RNA polymerase |
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#3: タンパク質 | 分子量: 150320.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A369F490, UniProt: P0A8T7*PLUS, DNA-directed RNA polymerase |
#4: タンパク質 | 分子量: 35275.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 34400.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 10118.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 ab
#7: DNA鎖 | 分子量: 29094.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: NT strand DNA (94-MER) 由来: (合成) ![]() |
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#8: DNA鎖 | 分子量: 28890.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: T strand DNA (94-MER) 由来: (合成) ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: E. coli RNAP-DNA wrapped open complex / タイプ: COMPLEX 詳細: Wrapped transcription initiation open complex assembled between E. coli RNAP-sigma 70 holoenzyme and lambda PR wild-type promoter (+18 to -76) Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 0.50 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.9 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: NO |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Negatively stained EM specimens were prepared using a 2% uranyl acetate solution. 染色剤: Uranyl Acetate |
試料支持 | 詳細: na |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL 2100 |
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電子銃 | 電子線源: LAB6 / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | |||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 60393 | |||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 17 Å / 解像度の算出法: FSC 1/2 BIT CUT-OFF / 粒子像の数: 16015 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER 詳細: Initial fiting was done using manual fitting in Chimera. Yasara software was used for energy minimizaton of the DNA and RNAP coordinates model. | |||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4YLN |