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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mdp | ||||||
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タイトル | The D1 and D2 domain rings of NSF engaging the SNAP-25 N-terminus within the 20S supercomplex (focused refinement on D1/D2 rings, class 2) | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / SNARE / NSF / SNAP / ATPase / AAA / disassembly / synapse / membrane fusion / exocytosis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 BLOC-1 complex / SNARE complex disassembly / exocytic insertion of neurotransmitter receptor to postsynaptic membrane / Other interleukin signaling / ribbon synapse / extrinsic component of presynaptic membrane / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin II complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a complex / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin I complex ...BLOC-1 complex / SNARE complex disassembly / exocytic insertion of neurotransmitter receptor to postsynaptic membrane / Other interleukin signaling / ribbon synapse / extrinsic component of presynaptic membrane / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin II complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a complex / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin I complex / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / presynaptic dense core vesicle exocytosis / regulation of establishment of protein localization / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / ATP-dependent protein disaggregase activity / SNARE complex / SNAP receptor activity / intra-Golgi vesicle-mediated transport / Golgi to plasma membrane protein transport / neurotransmitter secretion / positive regulation of hormone secretion / Golgi stack / neurotransmitter receptor internalization / vesicle-fusing ATPase / syntaxin-1 binding / SNARE complex assembly / Neutrophil degranulation / endosomal transport / synaptic vesicle priming / regulation of synapse assembly / myosin binding / positive regulation of receptor recycling / regulation of neuron projection development / exocytosis / voltage-gated potassium channel activity / synaptic vesicle exocytosis / associative learning / long-term memory / axonal growth cone / presynaptic active zone membrane / voltage-gated potassium channel complex / somatodendritic compartment / ionotropic glutamate receptor binding / photoreceptor inner segment / axonogenesis / SNARE binding / filopodium / locomotory behavior / intracellular protein transport / PDZ domain binding / long-term synaptic potentiation / trans-Golgi network / potassium ion transport / positive regulation of insulin secretion / neuron differentiation / terminal bouton / positive regulation of protein catabolic process / calcium-dependent protein binding / actin cytoskeleton / lamellipodium / synaptic vesicle / presynapse / presynaptic membrane / cell cortex / midbody / growth cone / transmembrane transporter binding / postsynapse / cytoskeleton / endosome / neuron projection / protein domain specific binding / axon / neuronal cell body / lipid binding / glutamatergic synapse / synapse / protein-containing complex binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | White, K.I. / Zhao, M. / Brunger, A.T. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2018 タイトル: Structural principles of SNARE complex recognition by the AAA+ protein NSF. 著者: K Ian White / Minglei Zhao / Ucheor B Choi / Richard A Pfuetzner / Axel T Brunger / 要旨: The recycling of SNARE proteins following complex formation and membrane fusion is an essential process in eukaryotic trafficking. A highly conserved AAA+ protein, NSF (-ethylmaleimide sensitive ...The recycling of SNARE proteins following complex formation and membrane fusion is an essential process in eukaryotic trafficking. A highly conserved AAA+ protein, NSF (-ethylmaleimide sensitive factor) and an adaptor protein, SNAP (soluble NSF attachment protein), disassemble the SNARE complex. We report electron-cryomicroscopy structures of the complex of NSF, αSNAP, and the full-length soluble neuronal SNARE complex (composed of syntaxin-1A, synaptobrevin-2, SNAP-25A) in the presence of ATP under non-hydrolyzing conditions at ~3.9 Å resolution. These structures reveal electrostatic interactions by which two αSNAP molecules interface with a specific surface of the SNARE complex. This interaction positions the SNAREs such that the 15 N-terminal residues of SNAP-25A are loaded into the D1 ring pore of NSF via a spiral pattern of interactions between a conserved tyrosine NSF residue and SNAP-25A backbone atoms. This loading process likely precedes ATP hydrolysis. Subsequent ATP hydrolysis then drives complete disassembly. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6mdp.cif.gz | 959.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6mdp.ent.gz | 788.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6mdp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6mdp_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6mdp_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6mdp_validation.xml.gz | 82 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6mdp_validation.cif.gz | 121.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/6mdp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/6mdp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 85509.227 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 遺伝子: NSF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18708, vesicle-fusing ATPase #2: タンパク質 | | 分子量: 23512.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Snap25, Snap / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60881 #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ATP / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K / 詳細: Blot for 3.5 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 58 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 5418 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 2-40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: CTF correction was carried out in Relion with reconstruction step. タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 475680 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 184555 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3J96 Accession code: 3J96 / Source name: PDB / タイプ: experimental model |