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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6m6a | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Thermus thermophilus Mfd in complex with RNA polymerase | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / DNA repair (DNA修復) / Mfd | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transcription-coupled nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / damaged DNA binding / hydrolase activity / protein dimerization activity ...transcription-coupled nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / damaged DNA binding / hydrolase activity / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5 Å | ||||||
データ登録者 | Shi, J. / Wen, A. / Feng, Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2020 タイトル: Structural basis of Mfd-dependent transcription termination. 著者: Jing Shi / Aijia Wen / Minxing Zhao / Sha Jin / Linlin You / Yue Shi / Shuling Dong / Xiaoting Hua / Yu Zhang / Yu Feng / 要旨: Mfd-dependent transcription termination plays an important role in transcription-coupled DNA repair, transcription-replication conflict resolution, and antimicrobial resistance development. Despite ...Mfd-dependent transcription termination plays an important role in transcription-coupled DNA repair, transcription-replication conflict resolution, and antimicrobial resistance development. Despite extensive studies, the molecular mechanism of Mfd-dependent transcription termination in bacteria remains unclear, with several long-standing puzzles. How Mfd is activated by stalled RNA polymerase (RNAP) and how activated Mfd translocates along the DNA are unknown. Here, we report the single-particle cryo-electron microscopy structures of T. thermophilus Mfd-RNAP complex with and without ATPγS. The structures reveal that Mfd undergoes profound conformational changes upon activation, contacts the RNAP β1 domain and its clamp, and pries open the RNAP clamp. These structures provide a foundation for future studies aimed at dissecting the precise mechanism of Mfd-dependent transcription termination and pave the way for rational drug design targeting Mfd for the purpose of tackling the antimicrobial resistance crisis. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6m6a.cif.gz | 651.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6m6a.ent.gz | 513.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6m6a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/6m6a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/6m6a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 35056.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHR6, ポリメラーゼ #2: タンパク質 | | 分子量: 125436.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q8RQE9, ポリメラーゼ #3: タンパク質 | | 分子量: 170997.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q8RQE8, ポリメラーゼ #4: タンパク質 | | 分子量: 11533.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q8RQE7, ポリメラーゼ |
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-タンパク質 , 1種, 1分子 M
#5: タンパク質 | 分子量: 109874.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 遺伝子: mfd, TT_C0533 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q72KB4, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 TN
#6: DNA鎖 | 分子量: 19290.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) |
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#7: DNA鎖 | 分子量: 19366.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) |
-非ポリマー , 2種, 3分子
#8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-MG / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Thermus thermophilus transcription-coupled DNA repair complex タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) |
緩衝液 | pH: 7.9 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 59 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 24037 / 対称性のタイプ: POINT |