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万見
- PDB-6lt4: AAA+ ATPase, ClpL from Streptococcus pneumoniae: ATPrS-bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lt4
タイトルAAA+ ATPase, ClpL from Streptococcus pneumoniae: ATPrS-bound
要素ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit
キーワードCHAPERONE / AAA+ ATPase / ClpL / Streptococcus pneumoniae
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
UVR domain / UVR domain profile. / ClpA/B, conserved site 2 / Chaperonins clpA/B signature 2. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein ...UVR domain / UVR domain profile. / ClpA/B, conserved site 2 / Chaperonins clpA/B signature 2. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae serotype 2
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Kim, G. / Lee, S.G. / Han, S. / Jung, J. / Jeong, H.S. / Hyun, J.K. / Rhee, D.K. / Kim, H.M. / Lee, S.
資金援助 韓国, 3件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2018R1A2B6004367 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2017R1A5A1014560 韓国
Rural Development AdministrationPJ01367602 韓国
引用ジャーナル: FASEB J / 年: 2020
タイトル: ClpL is a functionally active tetradecameric AAA+ chaperone, distinct from hexameric/dodecameric ones.
著者: Gyuhee Kim / Seong-Gyu Lee / Seungsu Han / Jaeeun Jung / Hyeong Seop Jeong / Jae-Kyung Hyun / Dong-Kwon Rhee / Ho Min Kim / Sangho Lee /
要旨: AAA+ (ATPases associated with diverse cellular activities) chaperones are involved in a plethora of cellular activities to ensure protein homeostasis. The function of AAA+ chaperones is mostly ...AAA+ (ATPases associated with diverse cellular activities) chaperones are involved in a plethora of cellular activities to ensure protein homeostasis. The function of AAA+ chaperones is mostly modulated by their hexameric/dodecameric quaternary structures. Here we report the structural and biochemical characterizations of a tetradecameric AAA+ chaperone, ClpL from Streptococcus pneumoniae. ClpL exists as a tetradecamer in solution in the presence of ATP. The cryo-EM structure of ClpL at 4.5 Å resolution reveals a striking tetradecameric arrangement. Solution structures of ClpL derived from small-angle X-ray scattering data suggest that the tetradecameric ClpL could assume a spiral conformation found in active hexameric/dodecameric AAA+ chaperone structures. Vertical positioning of the middle domain accounts for the head-to-head arrangement of two heptameric rings. Biochemical activity assays with site-directed mutagenesis confirmed the critical roles of residues both in the integrity of the tetradecameric arrangement and activities of ClpL. Non-conserved Q321 and R670 are crucial in the heptameric ring assembly of ClpL. These results establish that ClpL is a functionally active tetradecamer, clearly distinct from hexameric/dodecameric AAA+ chaperones.
履歴
登録2020年1月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0967
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit
B: ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit
C: ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit
D: ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit
E: ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit
F: ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit
G: ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit
H: ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit
I: ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit
J: ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit
K: ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit
L: ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit
M: ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit
N: ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,101,71970
ポリマ－1,086,38714
非ポリマー15,33156
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit


分子量: 77599.094 Da / 分子数: 14 / 変異: E193A/E526A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 2 (strain D39 / NCTC 7466) (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: clpL, SPD_0308 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2ZMB9
#2: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物...
ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: AAA+ ATPase, chaperone / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 1.1 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DARK FIELD
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: phenix.real_space_refine / バージョン: 1.18.2_3874 / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 49797 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 118.27 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.005569300
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.831493926
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.047610962
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.003912320
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.50019660

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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