[日本語] English
万見
- PDB-6jsi: Co-purified Fatty Acid Synthase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jsi
タイトルCo-purified Fatty Acid Synthase
要素
  • (Fatty acid synthase subunit alpha脂肪酸合成酵素) x 2
  • Fatty acid synthase subunit beta脂肪酸合成酵素
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / co-purified / ACP domains / AT domains
機能・相同性
機能・相同性情報


: / fatty-acyl-CoA synthase system / : / fatty-acyl-CoA synthase activity / fatty acid synthase complex / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / palmitoyltransferase activity / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase ...: / fatty-acyl-CoA synthase system / : / fatty-acyl-CoA synthase activity / fatty acid synthase complex / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / palmitoyltransferase activity / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / (3R)-3-hydroxypalmitoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / (3R)-3-hydroxymyristoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid synthase activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / long-chain fatty acid biosynthetic process / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / lipid droplet / magnesium ion binding / ミトコンドリア / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Fatty acid synthase, meander beta sheet domain / Fatty acid synthase subunit beta, N-terminal domain / : / N-terminal domain in fatty acid synthase subunit beta / Fatty acid synthase meander beta sheet domain / Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, fungi / Fatty acid synthase subunit alpha, acyl carrier domain / Fatty acid synthase subunit alpha Acyl carrier domain / Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, central domain / Fatty acid synthase alpha subunit, yeast ...Fatty acid synthase, meander beta sheet domain / Fatty acid synthase subunit beta, N-terminal domain / : / N-terminal domain in fatty acid synthase subunit beta / Fatty acid synthase meander beta sheet domain / Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, fungi / Fatty acid synthase subunit alpha, acyl carrier domain / Fatty acid synthase subunit alpha Acyl carrier domain / Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, central domain / Fatty acid synthase alpha subunit, yeast / Fatty acid synthase subunit beta/Fas1-like, helical / Fatty acid synthase type I, helical / Fatty acid synthase type I helical domain / 脂肪酸合成酵素 / N-terminal of MaoC-like dehydratase / N-terminal half of MaoC dehydratase / Starter unit:ACP transacylase / Starter unit:ACP transacylase in aflatoxin biosynthesis / Holo-[acyl carrier protein] synthase / Phosphopantetheine-protein transferase domain / MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily / HotDog domain superfamily / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site. / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Aldolase-type TIM barrel / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Fatty acid synthase subunit beta / Fatty acid synthase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Qiu, S.W. / Liu, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Basic Research Program of China (973 Program) 中国
引用ジャーナル: J Mol Cell Biol / 年: 2019
タイトル: Modulation of fatty acid synthase by ATR checkpoint kinase Rad3.
著者: Shuwan Qiu / Sheng Liu / Zannati Ferdous Zaoti / Xuejuan Wang / Gang Cai /
履歴
登録2019年4月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年4月24日Group: Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_refine_id

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-9882
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9882
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Fatty acid synthase subunit beta
A: Fatty acid synthase subunit alpha
C: Fatty acid synthase subunit alpha
F: Fatty acid synthase subunit beta
D: Fatty acid synthase subunit alpha
H: Fatty acid synthase subunit alpha
G: Fatty acid synthase subunit beta
E: Fatty acid synthase subunit alpha
I: Fatty acid synthase subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,187,9019
ポリマ－1,187,9019
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area21160 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area549230 Å2

-
要素

#1: タンパク質 Fatty acid synthase subunit beta / 脂肪酸合成酵素


分子量: 200852.922 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P07149*PLUS
#2: タンパク質 Fatty acid synthase subunit alpha / 脂肪酸合成酵素


分子量: 186482.422 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P19097*PLUS
#3: タンパク質 Fatty acid synthase subunit alpha / 脂肪酸合成酵素 / Fatty acid synthase sr2 helices


分子量: 8631.504 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P19097
配列の詳細The depositors know the complete sequence for this protein, but they don't know if the residue ...The depositors know the complete sequence for this protein, but they don't know if the residue numbers of UNK is correct positions. The complete sequence is as follows. chain B,F,G MDAYSTRPLTLSHGSLEHVLLVPTASFFIASQLQEQFNKILPEPTEGFAADDEPTTPAEL VGKFLGYVSSLVEPSKVGQFDQVLNLCLTEFENCYLEGNDIHALAAKLLQENDTTLVKTK ELIKNYITARIMAKRPFDKKSNSALFRAVGEGNAQLVAIFGGQGNTDDYFEELRDLYQTY HVLVGDLIKFSAETLSELIRTTLDAEKVFTQGLNILEWLENPSNTPDKDYLLSIPISCPL IGVIQLAHYVVTAKLLGFTPGELRSYLKGATGHSQGLVTAVAIAETDSWESFFVSVRKAI TVLFFIGVRCYEAYPNTSLPPSILEDSLENNEGVPSPMLSISNLTQEQVQDYVNKTNSHL PAGKQVEISLVNGAKNLVVSGPPQSLYGLNLTLRKAKAPSGLDQSRIPFSERKLKFSNRF LPVASPFHSHLLVPASDLINKDLVKNNVSFNAKDIQIPVYDTFDGSDLRVLSGSISERIV DCIIRLPVKWETTTQFKATHILDFGPGGASGLGVLTHRNKDGTGVRVIVAGTLDINPDDD YGFKQEIFDVTSNGLKKNPNWLEEYHPKLIKNKSGKIFVETKFSKLIGRPPLLVPGMTPC TVSPDFVAATTNAGYTIELAGGGYFSAAGMTAAIDSVVSQIEKGSTFGINLIYVNPFMLQ WGIPLIKELRSKGYPIQFLTIGAGVPSLEVASEYIETLGLKYLGLKPGSIDAISQVINIA KAHPNFPIALQWTGGRGGGHHSFEDAHTPMLQMYSKIRRHPNIMLIFGSGFGSADDTYPY LTGEWSTKFDYPPMPFDGFLFGSRVMIAKEVKTSPDAKKCIAACTGVPDDKWEQTYKKPT GGIVTVRSEMGEPIHKIATRGVMLWKEFDETIFNLPKNKLVPTLEAKRDYIISRLNADFQ KPWFATVNGQARDLATMTYEEVAKRLVELMFIRSTNSWFDVTWRTFTGDFLRRVEERFTK SKTLSLIQSYSLLDKPDEAIEKVFNAYPAAREQFLNAQDIDHFLSMCQNPMQKPVPFVPV LDRRFEIFFKKDSLWQSEHLEAVVDQDVQRTCILHGPVAAQFTKVIDEPIKSIMDGIHDG HIKKLLHQYYGDDESKIPAVEYFGGESPVDVQSQVDSSSVSEDSAVFKATSSTDEESWFK ALAGSEINWRHASFLCSFITQDKMFVSNPIRKVFKPSQGMVVEISNGNTSSKTVVTLSEP VQGELKPTVILKLLKENIIQMEMIENRTMDGKPVSLPLLYNFNPDNGFAPISEVMEDRNQ RIKEMYWKLWIDEPFNLDFDPRDVIKGKDFEITAKEVYDFTHAVGNNCEDFVSRPDRTML APMDFAIVVGWRAIIKAIFPNTVDGDLLKLVHLSNGYKMIPGAKPLQVGDVVSTTAVIES VVNQPTGKIVDVVGTLSRNGKPVMEVTSSFFYRGNYTDFENTFQKTVEPVYQMHIKTSKD IAVLRSKEWFQLDDEDFDLLNKTLTFETETEVTFKNANIFSSVKCFGPIKVELPTKETVE IGIVDYEAGASHGNPVVDFLKRNGSTLEQKVNLENPIPIAVLDSYTPSTNEPYARVSGDL NPIHVSRHFASYANLPGTITHGMFSSASVRALIENWAADSVSSRVRGYTCQFVDMVLPNT ALKTSIQHVGMINGRKLIKFETRNEDDVVVLTGEAEIEQPVTTFVFTGQGSQEQGMGMDL YKTSKAAQDVWNRADNHFKDTYGFSILDIVINNPVNLTIHFGGEKGKRIRENYSAMIFET IVDGKLKTEKIFKEINEHSTSYTFRSEKGLLSATQFTQPALTLMEKAAFEDLKSKGLIPA DATFAGHSLGEYAALASLADVMSIESLVEVVFYRGMTMQVAVPRDELGRSNYGMIAINPG RVAASFSQEALQYVVERVGKRTGWLVEIVNYNVENQQYVAAGDLRALDTVTNVLNFIKLQ KIDIIELQKSLSLEEVEGHLFEIIDEASKKSAVKPRPLKLERGFACIPLVGISVPFHSTY LMNGVKPFKSFLKKNIIKENVKVARLAGKYIPNLTAKPFQVTKEYFQDVYDLTGSEPIKE IIDNWEKYEQS chain A,D,E MKPEVEQELAHILLTELLAYQFASPVRWIETQDVFLKDFNTERVVEIGPSPTLAGMAQRT LKNKYESYDAALSLHREILCYSKDAKEIYYTPDPSELAAKEEPAKEEAPAPTPAASAPAP AAAAPAPVAAAAPAAAAAEIADEPVKASLLLHVLVAHKLKKSLDSIPMSKTIKDLVGGKS TVQNEILGDLGKEFGTTPEKPEETPLEELAETFQDTFSGALGKQSSSLLSRLISSKMPGG FTITVARKYLQTRWGLPSGRQDGVLLVALSNEPAARLGSEADAKAFLDSMAQKYASIVGV DLSSAASASGAAGAGAAAGAAMIDAGALEEITKDHKVLARQQLQVLARYLKMDLDNGERK FLKEKDTVAELQAQLDYLNAELGEFFVNGVATSFSRKKARTFDSSWNWAKQSLLSLYFEI IHGVLKNVDREVVSEAINIMNRSNDALIKFMEYHISNTDETKGENYQLVKTLGEQLIENC KQVLDVDPVYKDVAKPTGPKTAIDKNGNITYSEEPREKVRKLSQYVQEMALGGPITKESQ PTIEEDLTRVYKAISAQADKQDISSSTRVEFEKLYSDLMKFLESSKEIDPSQTTQLAGMD VEDALDKDSTKEVASLPNKSTISKTVSSTIPRETIPFLHLRKKTPAGDWKYDRQLSSLFL DGLEKAAFNGVTFKDKYVLITGAGKGSIGAEVLQGLLQGGAKVVVTTSRFSKQVTDYYQS IYAKYGAKGSTLIVVPFNQGSKQDVEALIEFIYDTEKNGGLGWDLDAIIPFAAIPEQGIE LEHIDSKSEFAHRIMLTNILRMMGCVKKQKSARGIETRPAQVILPMSPNHGTFGGDGMYS ESKLSLETLFNRWHSESWANQLTVCGAIIGWTRGTGLMSANNIIAEGIEKMGVRTFSQKE MAFNLLGLLTPEVVELCQKSPVMADLNGGLQFVPELKEFTAKLRKELVETSEVRKAVSIE TALEHKVVNGNSADAAYAQVEIQPRANIQLDFPELKPYKQVKQIAPAELEGLLDLERVIV VTGFAEVGPWGSARTRWEMEAFGEFSLEGCVEMAWIMGFISYHNGNLKGRPYTGWVDSKT KEPVDDKDVKAKYETSILEHSGIRLIEPELFNGYNPEKKEMIQEVIVEEDLEPFEASKET AEQFKHQHGDKVDIFEIPETGEYSVKLLKGATLYIPKALRFDRLVAGQIPTGWNAKTYGI SDDIISQVDPITLFVLVSVVEAFIASGITDPYEMYKYVHVSEVGNCSGSGMGGVSALRGM FKDRFKDEPVQNDILQESFINTMSAWVNMLLISSSGPIKTPVGACATSVESVDIGVETIL SGKARICIVGGYDDFQEEGSFEFGNMKATSNTLEEFEHGRTPAEMSRPATTTRNGFMEAQ GAGIQIIMQADLALKMGVPIYGIVAMAATATDKIGRSVPAPGKGILTTAREHHSSVKYAS PNLNMKYRKRQLVTREAQIKDWVENELEALKLEAEEIPSEDQNEFLLERTREIHNEAESQ LRAAQQQWGNDFYKRDPRIAPLRGALATYGLTIDDLGVASFHGTSTKANDKNESATINEM MKHLGRSEGNPVIGVFQKFLTGHPKGAAGAWMMNGALQILNSGIIPGNRNADNVDKILEQ FEYVLYPSKTLKTDGVRAVSITSFGFGQKGGQAIVVHPDYLYGAITEDRYNEYVAKVSAR EKSAYKFFHNGMIYNKLFVSKEHAPYTDELEEDVYLDPLARVSKDKKSGSLTFNSKNIQS KDSYINANTIETAKMIENMTKEKVSNGGVGVDVELITSINVENDTFIERNFTPQEIEYCS AQPSVQSSFAGTWSAKEAVFKSLGVKSLGGGAALKDIEIVRVNKNAPAVELHGNAKKAAE EAGVTDVKVSISHDDLQAVAVAVSTKK

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Co-purified Fatty acid sythase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 1 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: D3 (2回x3回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3692 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 4.7 Å

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る