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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jnf | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the translocator of the outer mitochondrial membrane | ||||||||||||||||||
![]() | (Mitochondrial import receptor subunit ...) x 5 | ||||||||||||||||||
![]() | TRANSLOCASE / alpha/beta translocator / membrane protein complex / Protein import / mitochondria | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() mitochondrial outer membrane translocase complex assembly / mitochondrial outer membrane translocase complex / protein import into mitochondrial matrix / protein transmembrane transport / protein targeting to mitochondrion / protein insertion into mitochondrial outer membrane / porin activity / pore complex / protein transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport ...mitochondrial outer membrane translocase complex assembly / mitochondrial outer membrane translocase complex / protein import into mitochondrial matrix / protein transmembrane transport / protein targeting to mitochondrion / protein insertion into mitochondrial outer membrane / porin activity / pore complex / protein transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial outer membrane / mitochondrion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.81 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Araiso, Y. / Tsutsumi, A. / Suzuki, J. / Yunoki, K. / Kawano, S. / Kikkawa, M. / Endo, T. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the mitochondrial import gate reveals distinct preprotein paths. 著者: Yuhei Araiso / Akihisa Tsutsumi / Jian Qiu / Kenichiro Imai / Takuya Shiota / Jiyao Song / Caroline Lindau / Lena-Sophie Wenz / Haruka Sakaue / Kaori Yunoki / Shin Kawano / Junko Suzuki / ...著者: Yuhei Araiso / Akihisa Tsutsumi / Jian Qiu / Kenichiro Imai / Takuya Shiota / Jiyao Song / Caroline Lindau / Lena-Sophie Wenz / Haruka Sakaue / Kaori Yunoki / Shin Kawano / Junko Suzuki / Marilena Wischnewski / Conny Schütze / Hirotaka Ariyama / Toshio Ando / Thomas Becker / Trevor Lithgow / Nils Wiedemann / Nikolaus Pfanner / Masahide Kikkawa / Toshiya Endo / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: The translocase of the outer mitochondrial membrane (TOM) is the main entry gate for proteins. Here we use cryo-electron microscopy to report the structure of the yeast TOM core complex at 3.8-Å ...The translocase of the outer mitochondrial membrane (TOM) is the main entry gate for proteins. Here we use cryo-electron microscopy to report the structure of the yeast TOM core complex at 3.8-Å resolution. The structure reveals the high-resolution architecture of the translocator consisting of two Tom40 β-barrel channels and α-helical transmembrane subunits, providing insight into critical features that are conserved in all eukaryotes. Each Tom40 β-barrel is surrounded by small TOM subunits, and tethered by two Tom22 subunits and one phospholipid. The N-terminal extension of Tom40 forms a helix inside the channel; mutational analysis reveals its dual role in early and late steps in the biogenesis of intermembrane-space proteins in cooperation with Tom5. Each Tom40 channel possesses two precursor exit sites. Tom22, Tom40 and Tom7 guide presequence-containing preproteins to the exit in the middle of the dimer, whereas Tom5 and the Tom40 N extension guide preproteins lacking a presequence to the exit at the periphery of the dimer. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 185.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 138.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9851MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 1.9 TB Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of yeast TOM complex [micrographs - multiframe]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Mitochondrial import receptor subunit ... , 5種, 10分子 AFBGCHDIEJ
#1: タンパク質 | 分子量: 42071.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: S288c / 遺伝子: TOM40 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 6876.955 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: S288c / 遺伝子: TOM7 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 18481.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: S288c / 遺伝子: TOM22 / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5993.924 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: S288c / 遺伝子: TOM5 / 発現宿主: ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 6410.460 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: S288c / 遺伝子: TOM6 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 1種, 1分子 ![](data/chem/img/46E.gif)
#6: 化合物 | ChemComp-46E / ( |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: TOM complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 5.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 279 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 124653 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 立体化学のターゲット値: CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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