+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jjd | |||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of giant freshwater prawn Macrobrachium rosenbergii nodavirus (MrNV) full VLP | |||||||||||||||||||||||||||
![]() | Capsid protein | |||||||||||||||||||||||||||
![]() | VIRUS LIKE PARTICLE / Giant freshwater prawn Macrobrachium rosenbergii / T=3 icosahedral particle / Double-stranded RNA virus / Canonical jelly-roll beta-barrel fold | |||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | Viral coat protein subunit / Capsid protein alpha![]() | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å | |||||||||||||||||||||||||||
![]() | Chang, W.H. / Wang, C.H. / Lin, H.H. / Lin, S.Y. / Chong, S.C. / Wu, Y.Y. | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of giant freshwater prawn Macrobrachium rosenbergii nodavirus (MrNV) full VLP 著者: Chang, W.H. / Wang, C.H. / Lin, H.H. / Lin, S.Y. / Chong, S.C. / Wu, Y.Y. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 214.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 171 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 46.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 | ![]()
| x 60
2 |
|
3 | ![]()
| x 5
4 | ![]()
| x 6
5 | ![]()
|
対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41480.641 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CA / |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Viruses / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 7.452 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE | ||||||||||||||||||||
天然宿主 | 生物種: Macrobrachium rosenbergii / 株: Taiwan strain | ||||||||||||||||||||
ウイルス殻 | 名称: capsid protein / 直径: 400 nm / 三角数 (T数): 3 | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 120000 X / Calibrated defocus min: 330 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3370 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 37 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 実像数: 1353 |
画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 |
-
解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 8856 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 8856 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient |