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万見
- PDB-6iij: Cryo-EM structure of CV-A10 mature virion -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iij
タイトルCryo-EM structure of CV-A10 mature virion
要素
  • VP1
  • VP2
  • VP3
  • VP4
キーワードVIRAL PROTEIN / Coxsackievirus A10 / Mature virion
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral capsid / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SPHINGOSINE / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Chen, J.H. / Ye, X.H. / Cong, Y. / Huang, Z.
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2019
タイトル: Coxsackievirus A10 atomic structure facilitating the discovery of a broad-spectrum inhibitor against human enteroviruses.
著者: Jinhuan Chen / Xiaohua Ye / Xue-Yang Zhang / Zhengdan Zhu / Xiang Zhang / Zhijian Xu / Zhanyu Ding / Gang Zou / Qingwei Liu / Liangliang Kong / Wen Jiang / Weiliang Zhu / Yao Cong / Zhong Huang /
要旨: Coxsackievirus A10 (CV-A10) belongs to the species A and is a causative agent of hand, foot, and mouth disease. Here we present cryo-EM structures of CV-A10 mature virion and native empty particle ...Coxsackievirus A10 (CV-A10) belongs to the species A and is a causative agent of hand, foot, and mouth disease. Here we present cryo-EM structures of CV-A10 mature virion and native empty particle (NEP) at 2.84 and 3.12 Å, respectively. Our CV-A10 mature virion structure reveals a density corresponding to a lipidic pocket factor of 18 carbon atoms in the hydrophobic pocket formed within viral protein 1. By structure-guided high-throughput drug screening and subsequent verification in cell-based infection-inhibition assays, we identified four compounds that inhibited CV-A10 infection in vitro. These compounds represent a new class of anti-enteroviral drug leads. Notably, one of the compounds, ICA135, also exerted broad-spectrum inhibitory effects on a number of representative viruses from all four species (A-D) of human enteroviruses. Our findings should facilitate the development of broadly effective drugs and vaccines for enterovirus infections.
履歴
登録2018年10月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-9674
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9674
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,7805
ポリマ－94,4814
非ポリマー2991
水00
1
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,686,828300
ポリマ－5,668,858240
非ポリマー17,97060
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 474 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)473,90225
ポリマ－472,40520
非ポリマー1,4975
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 569 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)568,68330
ポリマ－566,88624
非ポリマー1,7976
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 VP1


分子量: 33088.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス)
参照: UniProt: A0A1B3Z4Y8
#2: タンパク質 VP2


分子量: 27741.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス)
参照: UniProt: A0A1B3Z4Y8
#3: タンパク質 VP3


分子量: 26187.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス)
参照: UniProt: A0A1B3Z4Y8
#4: タンパク質 VP4


分子量: 7464.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス)
参照: UniProt: A0A1B3Z4Y8
#5: 化合物 ChemComp-SPH / SPHINGOSINE


分子量: 299.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO2

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Coxsackievirus A10 / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#4 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 8 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.10.1_2155: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 13273 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0086515
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.8438906
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.2465178
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0551002
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061156

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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