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- PDB-6ifr: Type III-A Csm complex, Cryo-EM structure of Csm-NTR, ATP bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ifr
タイトルType III-A Csm complex, Cryo-EM structure of Csm-NTR, ATP bound
要素
  • (Type III-A CRISPR-associated RAMP protein ...) x 3
  • (Type III-A CRISPR-associated protein ...) x 2
  • (type III-A CRISPR-Cas interference complex, ...) x 2
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Csm complex / Type III-A / CRISPR-Cas system
機能・相同性
機能・相同性情報


exonuclease activity / transferase activity / endonuclease activity / defense response to virus / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Csm4, C-terminal / CRISPR Csm4 C-terminal domain / CRISPR-associated protein Csm5 / CRISPR-associated protein, Csm2 Type III-A / Csm2 Type III-A / CRISPR-associated RAMP Csm3 / CRISPR type III-associated RAMP protein Csm4 / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 / Csm1, subunit domain B / Csm1 subunit domain B ...Csm4, C-terminal / CRISPR Csm4 C-terminal domain / CRISPR-associated protein Csm5 / CRISPR-associated protein, Csm2 Type III-A / Csm2 Type III-A / CRISPR-associated RAMP Csm3 / CRISPR type III-associated RAMP protein Csm4 / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 / Csm1, subunit domain B / Csm1 subunit domain B / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / HD domain / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / HD domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3 / CRISPR system Cms protein Csm4 / CRISPR system Cms protein Csm5 / CRISPR system Cms protein Csm2 / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A)
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus thermophilus ND03 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者You, L. / Ma, J. / Wang, J. / Zhang, X. / Wang, Y.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Structure Studies of the CRISPR-Csm Complex Reveal Mechanism of Co-transcriptional Interference.
著者: Lilan You / Jun Ma / Jiuyu Wang / Daria Artamonova / Min Wang / Liang Liu / Hua Xiang / Konstantin Severinov / Xinzheng Zhang / Yanli Wang /
要旨: Csm, a type III-A CRISPR-Cas interference complex, is a CRISPR RNA (crRNA)-guided RNase that also possesses target RNA-dependent DNase and cyclic oligoadenylate (cOA) synthetase activities. However, ...Csm, a type III-A CRISPR-Cas interference complex, is a CRISPR RNA (crRNA)-guided RNase that also possesses target RNA-dependent DNase and cyclic oligoadenylate (cOA) synthetase activities. However, the structural features allowing target RNA-binding-dependent activation of DNA cleavage and cOA generation remain unknown. Here, we report the structure of Csm in complex with crRNA together with structures of cognate or non-cognate target RNA bound Csm complexes. We show that depending on complementarity with the 5' tag of crRNA, the 3' anti-tag region of target RNA binds at two distinct sites of the Csm complex. Importantly, the interaction between the non-complementary anti-tag region of cognate target RNA and Csm1 induces a conformational change at the Csm1 subunit that allosterically activates DNA cleavage and cOA generation. Together, our structural studies provide crucial insights into the mechanistic processes required for crRNA-meditated sequence-specific RNA cleavage, RNA target-dependent non-specific DNA cleavage, and cOA generation.
履歴
登録2018年9月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年12月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年12月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年12月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年12月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年12月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02018年12月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年12月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年12月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.22019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.12025年4月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: database_2 / em_admin / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update
改定 1.42025年9月17日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: em_admin / pdbx_validate_close_contact ...em_admin / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _em_admin.last_update
改定 1.22025年9月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Group: Experimental summary / Data content type: EM metadata / カテゴリ: em_admin / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9656
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type III-A CRISPR-associated protein Csm1
D: Type III-A CRISPR-associated protein Csm2
C: Type III-A CRISPR-associated protein Csm2
G: Type III-A CRISPR-associated RAMP protein Csm3
F: Type III-A CRISPR-associated RAMP protein Csm3
E: Type III-A CRISPR-associated RAMP protein Csm3
B: Type III-A CRISPR-associated RAMP protein Csm4
H: Type III-A CRISPR-associated RAMP protein Csm5
N: type III-A CRISPR-Cas interference complex, crRNA
J: type III-A CRISPR-Cas interference complex, NTR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)291,75214
ポリマ－290,68910
非ポリマー1,0634
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area46640 Å2
ΔGint-279 kcal/mol
Surface area86520 Å2

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要素

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Type III-A CRISPR-associated protein ... , 2種, 3分子 ADC

#1: タンパク質 Type III-A CRISPR-associated protein Csm1


分子量: 86976.734 Da / 分子数: 1 / 変異: D16N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus ND03 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2U2M0F3
#2: タンパク質 Type III-A CRISPR-associated protein Csm2


分子量: 14848.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus ND03 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
遺伝子: csm2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2U2M049

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Type III-A CRISPR-associated RAMP protein ... , 3種, 5分子 GFEBH

#3: タンパク質 Type III-A CRISPR-associated RAMP protein Csm3


分子量: 24584.855 Da / 分子数: 3 / 変異: D33N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus ND03 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
遺伝子: csm3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2U2M035
#4: タンパク質 Type III-A CRISPR-associated RAMP protein Csm4


分子量: 33828.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus ND03 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
遺伝子: csm4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2U2M037
#5: タンパク質 Type III-A CRISPR-associated RAMP protein Csm5


分子量: 41102.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus ND03 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
遺伝子: csm5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2U2M038

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Type III-A CRISPR-Cas interference complex, ... , 2種, 2分子 NJ

#6: RNA鎖 type III-A CRISPR-Cas interference complex, crRNA


分子量: 11392.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptococcus thermophilus ND03 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
#7: RNA鎖 type III-A CRISPR-Cas interference complex, NTR


分子量: 13937.306 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptococcus thermophilus ND03 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)

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非ポリマー , 2種, 4分子

#8: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Csm-NTR complex, ATP bound / タイプ: COMPLEX / 詳細: type III-A CRISPR-Cas interference complex / Entity ID: #1-#7 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.29 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Streptococcus thermophilus ND03 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: BL21(DE3)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 60 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 54012 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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