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- PDB-6ic4: Cryo-EM structure of the A. baumannii MLA complex at 8.7 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ic4
タイトルCryo-EM structure of the A. baumannii MLA complex at 8.7 A resolution
要素
  • ABC transporter ATP-binding protein
  • ABC transporter permease
  • Toluene tolerance efflux transporter (ABC superfamily, PerI-bind)
  • Ttg2E
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Membrane protein Antibiotic resistance ABC transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipid transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / membrane => GO:0016020 / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
ABC transport permease subunit MlaE, Proteobacteria / ABC transporter permease MalE / Permease MlaE / STAS domain / Mce/MlaD / MlaD protein / STAS domain / STAS domain superfamily / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain ...ABC transport permease subunit MlaE, Proteobacteria / ABC transporter permease MalE / Permease MlaE / STAS domain / Mce/MlaD / MlaD protein / STAS domain / STAS domain superfamily / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ABC transporter ATP-binding protein / Ttg2E / Toluene tolerance efflux transporter (ABC superfamily, PerI-bind) / Intermembrane phospholipid transport system permease protein MlaE
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.7 Å
データ登録者Bergeron, J.R. / Kollman, J.M.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: The Mla system and glycerophospholipid transport to the outer membrane.
著者: Cassandra Kamischke / Junping Fan / Julien Bergeron / Hemantha D Kulasekara / Zachary D Dalebroux / Anika Burrell / Justin M Kollman / Samuel I Miller /
要旨: The outer membrane (OM) of Gram-negative bacteria serves as a selective permeability barrier that allows entry of essential nutrients while excluding toxic compounds, including antibiotics. The OM is ...The outer membrane (OM) of Gram-negative bacteria serves as a selective permeability barrier that allows entry of essential nutrients while excluding toxic compounds, including antibiotics. The OM is asymmetric and contains an outer leaflet of lipopolysaccharides (LPS) or lipooligosaccharides (LOS) and an inner leaflet of glycerophospholipids (GPL). We screened transposon mutants and identified a number of mutants with OM defects, including an ABC transporter system homologous to the Mla system in We further show that this opportunistic, antibiotic-resistant pathogen uses this multicomponent protein complex and ATP hydrolysis at the inner membrane to promote GPL export to the OM. The broad conservation of the Mla system in Gram-negative bacteria suggests the system may play a conserved role in OM biogenesis. The importance of the Mla system to OM integrity and antibiotic sensitivity suggests that its components may serve as new antimicrobial therapeutic targets.
履歴
登録2018年12月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toluene tolerance efflux transporter (ABC superfamily, PerI-bind)
B: Toluene tolerance efflux transporter (ABC superfamily, PerI-bind)
C: Toluene tolerance efflux transporter (ABC superfamily, PerI-bind)
D: Toluene tolerance efflux transporter (ABC superfamily, PerI-bind)
E: Toluene tolerance efflux transporter (ABC superfamily, PerI-bind)
F: Toluene tolerance efflux transporter (ABC superfamily, PerI-bind)
G: ABC transporter permease
H: ABC transporter permease
I: ABC transporter ATP-binding protein
J: ABC transporter ATP-binding protein
K: Ttg2E
L: Ttg2E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,31712
ポリマ－246,31712
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
Toluene tolerance efflux transporter (ABC superfamily, PerI-bind)


分子量: 19916.736 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: ttg2C, SAMEA104305283_00402 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A334XBW3
#2: タンパク質 ABC transporter permease / Putative phospholipid ABC transporter permease protein MlaE / Toluene tolerance efflux ABC transporter


分子量: 27209.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: ttg2B, mlaE, A7M79_03105, A7M90_14775, A7N09_05510, Aba7804_03380, Aba810CP_02080, APD06_03860, AZE33_17930, B4R90_07005, B9X95_19830, BGC29_10505, C2U32_12245, C3415_18770, CAS83_02490, ...遺伝子: ttg2B, mlaE, A7M79_03105, A7M90_14775, A7N09_05510, Aba7804_03380, Aba810CP_02080, APD06_03860, AZE33_17930, B4R90_07005, B9X95_19830, BGC29_10505, C2U32_12245, C3415_18770, CAS83_02490, CHQ89_09020, CPI82_03200, DCD77_11945, IX87_12245, LV38_01098, SAMEA104305242_00211, SAMEA104305261_03368, SAMEA104305271_02119, SAMEA104305341_02652, SAMEA104305343_00596, SAMEA104305351_00191, SAMEA104305385_01589
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V5V9F4
#3: タンパク質 ABC transporter ATP-binding protein / Phospholipid ABC transporter ATP-binding protein MlaF / Toluene tolerance efflux transporter (ABC ...Phospholipid ABC transporter ATP-binding protein MlaF / Toluene tolerance efflux transporter (ABC superfamily / ATP-bind)


分子量: 25554.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: ttg2A, A7M79_03110, A7M90_14770, A7N09_05505, AB719_19875, Aba810CP_02075, B4R90_07000, B9X91_22285, BGC29_10510, BWP00_03605, C3415_18775, C7G90_12995, CBE85_06065, CEJ63_09375, CPI82_ ...遺伝子: ttg2A, A7M79_03110, A7M90_14770, A7N09_05505, AB719_19875, Aba810CP_02075, B4R90_07000, B9X91_22285, BGC29_10510, BWP00_03605, C3415_18775, C7G90_12995, CBE85_06065, CEJ63_09375, CPI82_03205, CSB70_3297, IX87_12250, NCTC13305_02842, SAMEA104305208_00091, SAMEA104305242_00212, SAMEA104305271_02118, SAMEA104305318_02181, SAMEA104305341_02651, SAMEA104305343_00597, SAMEA104305351_00192, SAMEA104305385_01588
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A086HZU3
#4: タンパク質 Ttg2E


分子量: 10644.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: SAMEA104305318_02185 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A333U4T6

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: MlaBDEF / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 100 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 8.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 14000 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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