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- PDB-6htq: Stringent response control by a bifunctional RelA enzyme in the p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6htq
タイトルStringent response control by a bifunctional RelA enzyme in the presence and absence of the ribosome
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 19
  • (50S ribosomal protein ...) x 27
  • 16S rRNA
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • A/R-tRNA
  • E-tRNA
  • GTP pyrophosphokinase
  • P-tRNA
キーワードRIBOSOME / Structure of bifunctional Rel on B. subtilis 70S
機能・相同性
機能・相同性情報


GTP diphosphokinase / GTP diphosphokinase activity / guanosine tetraphosphate biosynthetic process / positive regulation of rRNA processing / nucleoid / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / kinase activity ...GTP diphosphokinase / GTP diphosphokinase activity / guanosine tetraphosphate biosynthetic process / positive regulation of rRNA processing / nucleoid / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / kinase activity / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / mRNA binding / GTP binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RelA/SpoT, AH and RIS domains / RelA/SpoT, AH and RIS domains / RelA/SpoT family / RelA/SpoT, TGS domain / ACT domain / HD domain / Region found in RelA / SpoT proteins / RelA/SpoT / Region found in RelA / SpoT proteins / ACT domain ...RelA/SpoT, AH and RIS domains / RelA/SpoT, AH and RIS domains / RelA/SpoT family / RelA/SpoT, TGS domain / ACT domain / HD domain / Region found in RelA / SpoT proteins / RelA/SpoT / Region found in RelA / SpoT proteins / ACT domain / TGS domain / ACT domain profile. / ACT domain / HD domain profile. / ACT-like domain / TGS-like / TGS domain profile. / TGS / HD domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Beta-grasp domain superfamily / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Nucleotidyltransferase superfamily / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / : / : / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S16
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / GTP pyrophosphokinase / Small ribosomal subunit protein uS11 ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / GTP pyrophosphokinase / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS14B / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL31
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
Bacillus subtilis (枯草菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Wilson, D.N. / Abdelshahid, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
ドイツ
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for Regulation of the Opposing (p)ppGpp Synthetase and Hydrolase within the Stringent Response Orchestrator Rel.
著者: Patrick Pausch / Maha Abdelshahid / Wieland Steinchen / Heinrich Schäfer / Fabio Lino Gratani / Sven-Andreas Freibert / Christiane Wolz / Kürşad Turgay / Daniel N Wilson / Gert Bange /
要旨: The stringent response enables metabolic adaptation of bacteria under stress conditions and is governed by RelA/SpoT Homolog (RSH)-type enzymes. Long RSH-type enzymes encompass an N-terminal domain ...The stringent response enables metabolic adaptation of bacteria under stress conditions and is governed by RelA/SpoT Homolog (RSH)-type enzymes. Long RSH-type enzymes encompass an N-terminal domain (NTD) harboring the second messenger nucleotide (p)ppGpp hydrolase and synthetase activity and a stress-perceiving and regulatory C-terminal domain (CTD). CTD-mediated binding of Rel to stalled ribosomes boosts (p)ppGpp synthesis. However, how the opposing activities of the NTD are controlled in the absence of stress was poorly understood. Here, we demonstrate on the RSH-type protein Rel that the critical regulative elements reside within the TGS (ThrRS, GTPase, and SpoT) subdomain of the CTD, which associates to and represses the synthetase to concomitantly allow for activation of the hydrolase. Furthermore, we show that Rel forms homodimers, which appear to control the interaction with deacylated-tRNA, but not the enzymatic activity of Rel. Collectively, our study provides a detailed molecular view into the mechanism of stringent response repression in the absence of stress.
履歴
登録2018年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0270
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 23S ribosomal RNA
B: 5S ribosomal RNA
C: 50S ribosomal protein L2
D: 50S ribosomal protein L3
E: 50S ribosomal protein L4
F: 50S ribosomal protein L5
G: 50S ribosomal protein L6
J: 50S ribosomal protein L13
K: 50S ribosomal protein L14
L: 50S ribosomal protein L15
M: 50S ribosomal protein L16
N: 50S ribosomal protein L17
O: 50S ribosomal protein L18
P: 50S ribosomal protein L19
Q: 50S ribosomal protein L20
R: 50S ribosomal protein L21
S: 50S ribosomal protein L22
T: 50S ribosomal protein L23
U: 50S ribosomal protein L24
V: 50S ribosomal protein L27
W: 50S ribosomal protein L28
X: 50S ribosomal protein L29
Y: 50S ribosomal protein L30
1: 50S ribosomal protein L32
2: 50S ribosomal protein L33 1
3: 50S ribosomal protein L34
4: 50S ribosomal protein L35
5: 50S ribosomal protein L36
Z: 50S ribosomal protein L31
a: 16S rRNA
b: 30S ribosomal protein S2
c: 30S ribosomal protein S3
d: 30S ribosomal protein S4
e: 30S ribosomal protein S5
f: 30S ribosomal protein S6
g: 30S ribosomal protein S7
h: 30S ribosomal protein S8
i: 30S ribosomal protein S9
j: 30S ribosomal protein S10
k: 30S ribosomal protein S11
l: 30S ribosomal protein S12
m: 30S ribosomal protein S13
n: 30S ribosomal protein S14
o: 30S ribosomal protein S15
p: 30S ribosomal protein S16
q: 30S ribosomal protein S17
r: 30S ribosomal protein S18
s: 30S ribosomal protein S19
t: 30S ribosomal protein S20
v: P-tRNA
x: GTP pyrophosphokinase
u: A/R-tRNA
w: E-tRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,190,60953
ポリマ－2,190,60953
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
手法PISA

-
要素

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 ABavuw

#1: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 948665.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: GenBank: 1150402534
#2: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 36157.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: GenBank: 1150402534
#30: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 496854.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: GenBank: 225184640
#50: RNA鎖 P-tRNA


分子量: 28094.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
#52: RNA鎖 A/R-tRNA


分子量: 24486.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
#53: RNA鎖 E-tRNA


分子量: 24140.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

+
50S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 CDEFGJKLMNOPQRSTUVWXY12345Z

#3: タンパク質 50S ribosomal protein L2 / BL2


分子量: 29674.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rplB, BSU01190
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P42919
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / BL3


分子量: 22375.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rplC, BSU01160
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P42920
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22222.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rplD, BSU01170
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P42921
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L5 / BL6


分子量: 19789.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rplE, BSU01280
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P12877
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L6 / BL10


分子量: 19124.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rplF, BSU01310
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P46898
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16017.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rplM, BSU01490
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P70974
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13175.288 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rplN, BSU01260
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P12875
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15410.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rplO, BSU01350
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P19946
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15320.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rplP, BSU01230
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P14577
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L17 / BL15 / BL21


分子量: 13643.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rplQ, BSU01440
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P20277
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L18 / BL16


分子量: 12993.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rplR, BSU01320
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P46899
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13416.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rplS, BSU16040
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: O31742
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13408.813 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rplT, BSU28850
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P55873
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L21 / BL20


分子量: 11164.886 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rplU, BSU27960
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P26908
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12035.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rplV, BSU01210
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P42060
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10387.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rplW, BSU01180
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P42924
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L24 / 12 kDa DNA-binding protein / BL23 / HPB12


分子量: 10921.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rplX, BSU01270
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P0CI78
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L27 / BL24 / BL30


分子量: 8956.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rpmA, BSU27940
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P05657
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 6367.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rpmB, yloT, BSU15820
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P37807
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7598.849 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rpmC, BSU01240
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P12873
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L30 / BL27


分子量: 6519.599 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rpmD, BSU01340
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P19947
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6184.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rpmF, BSU15080
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: O34687
#25: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33 1


分子量: 5786.696 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rpmGA, rpmG1, BSU24900
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P56849
#26: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5271.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rpmH, BSU41060
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P05647
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7320.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rpmI, BSU28860
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P55874
#28: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / BL38 / Ribosomal protein B / Ribosomal protein II


分子量: 4318.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rpmJ, BSU01400
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P20278
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 7159.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rpmE, BSU37070
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: Q03223

-
30S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 bcdefghijklmnopqrst

#31: タンパク質 30S ribosomal protein S2 / BS1 / Vegetative protein 209 / VEG209


分子量: 25027.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rpsB, BSU16490
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21464
#32: タンパク質 30S ribosomal protein S3 / BS3 / BS2


分子量: 23032.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rpsC, BSU01220
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21465
#33: タンパク質 30S ribosomal protein S4 / BS4


分子量: 22250.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rpsD, BSU29660
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21466
#34: タンパク質 30S ribosomal protein S5 / BS5


分子量: 17362.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rpsE, spcA, BSU01330
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21467
#35: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / BS9


分子量: 10723.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rpsF, BSU40910
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21468
#36: タンパク質 30S ribosomal protein S7 / BS7


分子量: 16885.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rpsG, BSU01110
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21469
#37: タンパク質 30S ribosomal protein S8 / BS8


分子量: 14770.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rpsH, BSU01300
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P12879
#38: タンパク質 30S ribosomal protein S9 / BS10


分子量: 13748.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rpsI, BSU01500
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21470
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S10 / BS13


分子量: 10856.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rpsJ, tetA, BSU01150
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21471
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S11 / BS11


分子量: 11946.558 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rpsK, BSU01420
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P04969
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S12 / BS12


分子量: 14988.358 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rpsL, fun, strA, BSU01100
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21472
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S13 / BS14


分子量: 12374.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rpsM, BSU01410
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P20282
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S14 / 30S ribosomal protein S14 type Z / 30S ribosomal protein S14-1 / BS-A


分子量: 7132.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rpsN1, rpsN, rpsNA, rpsZ, BSU01290
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P12878
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S15 / BS18


分子量: 10124.599 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rpsO, BSU16680
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21473
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S16 / BS17


分子量: 9893.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rpsP, BSU15990
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21474
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S17 / BS16


分子量: 9863.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rpsQ, BSU01250
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P12874
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S18 / BS21


分子量: 7387.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rpsR, BSU40890
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21475
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S19 / BS19


分子量: 8990.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rpsS, BSU01200
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21476
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S20 / BS20


分子量: 9121.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rpsT, yqeO, BSU25550
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21477

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タンパク質 , 1種, 1分子 x

#51: タンパク質 GTP pyrophosphokinase / (p)ppGpp synthase / ATP:GTP 3'-pyrophosphotransferase / ppGpp synthase I


分子量: 39164.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: relA, BSU27600
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: O54408, GTP diphosphokinase

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
由来(組換発現)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 2.4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 650054 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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